Categoría: journal club

La riqueza filogenética bacteriana oculta a plena vista

Desde hace ya algunas décadas, el marcador molecular usado por excelencia para clasificar bacterias es el gen de RNA ribosomal 16S que una vez transcrito forma parte del ribosoma bacteriano. Por esta razón, muchos estudios prospectan este marcador por medio de amplicones de PCR para conocer la diversidad taxonómica de comunidades bacterianas. Aunque este método…
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El microbioma core del frijol

La agricultura requiere un uso eficiente de los recursos disponibles y la microbiota que habita el suelo puede ser útil para contribuir a la intensificación de la agricultura. La selección de un microbioma benéfico para las plantas podría ayudar en el mejoramiento de la productividad agrícola. Para lograr esto, es necesario comprender las relaciones entre…
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Efecto de la lluvia sobre las comunidades microbianas de pastizales

Los pastizales mediterráneos suelen tener condiciones climáticas cambiantes, con veranos secos y calurosos e inviernos moderados. A pesar de ser comunidades microbianas resilientes a fluctuaciones en cuanto a humedad a lo largo de las estaciones y los años, en plazos cortos (días) y después de rehidratar, las comunidades microbianas responden rápidamente a cambios en la…
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En búsqueda de genes clave en Cellvibrio para la colonización de la rizósfera y el rizoplano

Cellvibrio es un género de Gammaproteobacterias que se ha encontrado en diversos ambientes como el suelo, el agua, el intestino de caracoles y raíces de plantas. En el caso de las raíces, se le ha encontrado enriquecido en muestras de rizósfera y de rizoplano del género Citrus, donde podría ser relevante puesto que posee la…
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Comunidades sintéticas para proteger a las plantas del estrés hídrico

Los autores de éste trabajo evaluaron el efecto de una comunidad sintética obtenida con anterioridad en el fenotipo de tres varieades distintas de maíz. La comunidad sintética se obtuvo a partir de aislados del microbioma de raíz y tallo de la caña de azúcar. Para evaluar dichos efectos, se creo un sistema de monitoreo compuesto…
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Manipulación del microbioma por patógenos de plantas

Para establecerse los microorganismos patógenos secretan una amplia diversidad de proteínas efectoras que facilitan la colonización del huésped a través de diversos mecanismos. Los efectores de patógenos son pequeñas proteínas ricas en cisteína que se secretan durante la colonización para manipular la fisiología del huésped o la regulación de las respuestas inmunitarias de éste.  El…
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El choque entre comunidades microbianas

A veces cuando dos comunidades microbianas entran en contacto por primera vez, ocurre un fenómeno al que se le ha llamado “coalescencia de comunidades” y da lugar a una nueva comunidad. Es de gran importancia entender cómo las estructuras de interacción de las comunidades parentales determinan el resultado de la coalescencia. Mientras que el papel…
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Los efectos de la relación planta-polinizador sobre el microbioma de néctar

Los microorganismos pueden diseñar el ecosistema alterando el ambiente dentro de la flor y, como consecuencia, las relaciones con los polinizadores. Dentro de estas alteraciones se encuentra la concentración de azúcar en néctar, modificaciones en su composición, alteraciones en la temperatura de la flor y la emisión de volátiles que pueden influir en la preferencia…
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Péptidos antibiofilm

Xylella fastidiosa es una bacteria gramnegativa que habita el xilema de las plantas, causa importantes enfermedades en las plantas y  representa una gran amenaza para la agricultura en todo el mundo. La creciente propagación de X. fastidiosa puede estar relacionada con muchos factores, como las condiciones climáticas óptimas para su crecimiento, su fácil propagación a…
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Patrones globales del microbioma de suelo superficial

Estudios acerca de la distribución biogeográfica de microorganismos se han enfocado más que nada en grupos taxonómicos específicos y no se han evaluado los patrones globales y el impacto de las interacciones bióticas en la biogeografía microbiana. En este estudio se utilizó metagenómica y secuenciación de los genes 16S, 18S e ITS, química de suelos…
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Transmisión vertical en el microbioma del abejorro

El microbioma intestinal de abejas y abejorros se caracteriza por comunidades sencillas pero con una alta diversidad a nivel de cepa. Además se ha observado que entre estas cepas pueden haber diferencias en la presencia y ausencia de genes que podrían ser muy importantes a nivel funcional para sobrevivir en este ambiente. En este trabajo,…
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Microbioma fúngico del sapo boreal a través de su ciclo de vida

Debido a la falta de información sobre la fracción fúngica del microbioma de los sapos, los autores de éste trabajo analizaron amplicones de la región ITS de sapos boreales (Anaxyrus boreas boreas) en su medio y diferentes estadios de desarrollo: huevo, renacuajo, metamorfos, subadultos y adultos. Además de buscar patrones en la diversidad de la…
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Búsqueda de ortólogos funcionales por medio de modelos ocultos de Markov

Las bases de datos de la Enciclopedia de Kyoto de Genes y Genomas (KEGG) son ampliamente usadas para analizar genomas y metagenomas bacterianos por su información detallada y la posibilidad de analizar rutas metabólicas visualmente. En el portal de internet de esta institución, existen servicios de anotación de secuencias como son el BlastKoala, GhostKoala y…
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Caracterización genómica de una bacteria vampiro que asecha en el agua salada

Las bacterias pertenencientes al grupo CPR (“Candidate Phyla Radiation”) suelen presentar genomas y células pequeñas, algunas de menos de 1 Mbp y 0.2 μm. Recientemente Moreira y colaboradores (2021), analizaron el genoma de una especie del grupo a la que nombraron Vampirococcus lugosii, en honor a Bela Lugosi, actor reconocido por su famosa interpretación de…
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Team bacteria

Dentro de sus hábitats los microorganismos no se presentan aislados, sino que interactúan con otras especies.  Las moléculas secretadas a menudo juegan un papel crucial en estas interacciones microbianas para garantizar la supervivencia. Dentro de este marco ecológico, muchos rasgos microbianos solo pueden establecerse mediante la cooperación de varios organismos. En este sentido, algunas moléculas…
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