20 de Febrero: High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity.
Loman, N. J., Constantinidou, C., Chan, J. Z. M., Halachev, M., Sergeant, M., Penn, C. W., Robinson, E. R., et al. (2012). High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity. Nature reviews. Microbiology, 10(9), 599–606. doi:10.1038/nrmicro2850
Here, we take a snapshot of the high-throughput sequencing platforms, together with the relevant analytical tools, that are available to microbiologists in 2012, and evaluate the strengths and weaknesses of these platforms in obtaining bacterial genome sequences. We also scan the horizon of future possibilities, speculating on how the availability of sequencing that is ‘too cheap to metre’ might change the face of microbiology forever.
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Mucho hemos leído y escuchado sobre secuenciación y secuencias de genomas, sin embargo, aunque sepamos el fundamento químico e incluso algunos datos bioinformáticos, son contadas las personas que piensan en cifras monetarias o marcas de equipos. Este artículo es un acierto para acercarnos a este tópico desde diferentes aspectos. Si bien, la selección del equipo dependerá mucho tanto de los recursos de cada laboratorio así como del objetivo de las secuenciaciones que se realizarán y un balance costo/beneficio; el racionalizar las verdaderas ventajas y desventajas que presentaría cada plataforma para los objetivos particulares que perseguimos es importante.
Usualmente se preparan bibliotecas de clonas del templado. En la estrategia conocida como ‘shotgun sequencing’ los clones se seleccionan al azar, se obtienen lecturas de los extremos y se ensamblan para obtener la secuencia final. Para ello, se requiere tener el DNA templado en la cantidad y calidad adecuada y luego este DNA debe ser fragmentado (el largo dependerá de la plataforma elegida para secuenciar). Dentro de los métodos de fragmentación presentados, los enzimáticos son los más resientes y aparentemente una buena alternativa de los métodos mecánicos y el artículo no menciona limitaciones en cuanto a costos. Igualmente se plantea la diferencia entre los soportes en que estará fijado el templado que estará en función del equipo o plataforma a utilizar.
Dentro de los métodos de secuenciación más usados están el sistema Solexa, 454, el Ion Torrent y SOLiD.
El Solexa, está caracterizado por el uso de los cuatro nucleótidos marcados con fluorescencia de diferente color. Los nucleótidos tienen terminaciones reversibles que permiten que cada ciclo del proceso de secuenciación ocurra con los 4 nucleótidos. El 454 se basa en la síntesis de la cadena complementaria por medio de la DNA polimerasa y la posterior identificación de las secuencias se realiza por un sistema basado en pirosecuenciación, a través de la producción de pirofosfato. El sistema Ion Torrent tiene un principio similar pero utiliza un chip de silicon modificado para detectar el ion de hidrógeno liberado cuando la polimerasa incorpora la base.
Otro sistema mencionado es el SOLiD y se basa en la secuenciación por ligación. Ocurren varias rondas de hibridación y ligación con 16 dinucleótidos marcados con sondas de 4 colores distintos. Al usar un código de color cada posición es evaluada dos veces lo que aumenta drásticamente la discriminación entre errores de secuencia.
Ahora bien, otro tópico importante es el almacenaje y el manejo de la información obtenida de la secuenciación. El alineamiento si se tienen secuencias de referencia resulta un buen recurso pero si se tiene un genoma nuevo es posible el requerir ensamblar de novo (aunque los errores de la secuenciación tendrán su impacto). El que el artículo refiera herramientas disponibles y que son comúnmente usadas es muy bueno porque pocas veces estamos familiarizados con otras posibilidades. Finalmente, todo esto dará como fruto la información que será compartida con la comunidad a través de bases de datos como el GenBank.
El objetivo de este trabajo es el de darnos una aproximación a las diferentes plataformas de secuenciación considerando factores como la longitud de las lecturas, su tiempo de corrida o cantidad de información proporcionada.
Desde los comienzos de la genómica uno de los objetivos ha sido el obtener secuencias de alta calidad a un bajo precio por lo cual se ha dado un gran impulso a las llamadas tecnologías de nueva generación, siendo una de las metas el secuenciar el genoma humano a un costo de US$1,000.
A grandes rasgos las plataformas de secuenciación se pueden clasificar en dos grupos, aquellos dependientes de la generación de librerías de clonas y las nuevas plataformas de secuenciación de una sola molécula sin necesidad de amplificación. Para el primer tipo, posterior a la generación de la librería se debe hacer una extracción y purificación de DNA, seguido de una fragmentación. Este último paso es de importancia porque se requiere que estos fragmentos generados aleatoriamente sobrelapen, para que una vez hecha la secuenciación, los fragmentos puedan ser ensamblados para formar contigs.
Otro de los puntos importantes que son mencionados en este trabajo es el saber qué tipo de proyecto se va a realizar, para de esta manera hacer una selección meditada sobre cual tecnología se va a utilizar, pues por ejemplo si se va a realizar una secuenciación y ensamble de novo debemos considerar una plataforma que introduzca el menor número de errores pues éstos tendrían un mayor impacto al momento de realizar el ensamble, así como una mayor cobertura para disminuir en la medida de lo posible el efecto de estos errores.
Siguiendo el paso lógico, el desarrollo de todas estas plataformas ha impulsado la generación de anotadores automáticos tales como RAST, sin embargo al emplear este tipo de servicios debemos estar conscientes de que al ser anotaciones automatizadas nos podremos encontrar con errores en las bases de datos que se van propagando entre los genomas secuenciados.
Considero que en general este artículo cumplió con el objetivo de hacer una revisión breve y concisa de las distintas plataformas de secuenciación, pues no solo nos hablan de su existencia, sino que además podemos comparar entre todas ellas y hacer una elección más adecuada creo yo, dependiendo del tipo de información que queramos obtener.
Finalmente, al igual que en el artículo de Wooley (2010), se toca la cuestión de que hoy en día más que una limitante en las tecnologías de secuenciación, a lo que nos enfrentaremos es al problema de almacenar y darle un significado biológico a los datos obtenidos, para el primer caso se plantea la posibilidad de que en un futuro sería más fácil secuenciar nuevamente en lugar de almacenar pero esto no sería del todo viable por ejemplo para muestras ambientales pues las condiciones no serían las mismas; en cuanto al segundo problema, es algo en lo que aún hay mucho por definir.
Control de Lectura.
El título realmente me parece muy apropiado, porque como se señala al inicio, la abundancia de plataformas e instrumentos para secuenciar y analizar datos moleculares, realmente representa una confusión, sobre todo cuando los estudiantes se comienzan a adentrar a este mundo.
El artículo me parece de mucha utilidad: presenta una descripción de las técnicas de secuenciación , examina su practicidad y los costos.
Las plataformas con alto rendimiento de secuenciación se pueden dividir en dos grupos, en función del tipo de templado que se usa:
1.- La primera y quizá la más ampliamente utilizada, depende de templados amplificados clonalmente (Template Amplification Technologies). Esta técnica se resume esquemáticamente en la figura 1. La preparación de la biblioteca comienza con la extracción y purificación del ADN. Continúa con la fragmentación, etiquetado, amplificación y secuenciación.
2.- Plataformas de secuenciación de una sola molécula: determinan la secuencia de una sola molécula particular sin amplificación (Illumina sequencing plataform, Ion Torrent sequencing plataform, SOLiD plataform & pltaform from complete genomics, The HeliScope Single-Molecule Sequencer).
Entre estas dos plataformas hay una variación considerable en su desempeño, rendimiento, longitud de lectura y tasa de error, así como otros aspectos que afectan su costo y tiempo.
La elección de alguna de estas plataformas, depende fundamentalmente de la eficiencia costo/tiempo. Un aspecto interesantísimo que se muestra en la tabla 2, es que los diferentes equipo de secuenciación, pueden crear dificultades con los datos generados de una misma región; esto suma más aspectos a considerar al elegir una plataforma de trabajo. Todas estas tecnologías han revolucionado la microbiología, al hacer accesible una enorme cantidad de datos moleculares, que tienen un amplio campo de aplicación. Se espera que las plataformas sean cada vez más baratas, que los métodos de preparación de las bibliotecas sean más fáciles y que la secuenciación aumente su rendimiento.
La era de la genómica entre los microbiólogos inició en 1995 con la secuenciación del primer genoma bacteriano utilizando la tecnología de Sanger. En 2005, diez años después surge la secuenciación de siguiente generación, la cual es más rápida y más barata que la secuenciación por Sanger. Esto significa que la secuenciación se hace más accesible conforme avanza el tiempo, lo cual con seguridad cambiara la forma en la que los microbiólogos trabajan.
¿En que consiste la secuenciación? En general hay tres pasos básicos; hacer una librería, amplificar y secuenciar, sin embargo hay variaciones dependiendo de la plataforma. Lo primero que uno tiene que hacer es obtener DNA de buena calidad, una vez que se ha cumplido esto lo siguiente es fragmentarlo, para este paso existen diversas formas de hacerlo ya sea por métodos mecánicos o enzimáticos, escoger alguno muchas veces dependerá del presupuesto con el que se cuente. A los fragmentos formados se les agrega un adaptador para después amplificar. En el siguiente paso los fragmentos se pueden inmovilizar sobre una superficie solida (illumina), o utilizar la estrategia basada en el PCR por emulsión (454) o en algunas tecnologías es posible saltar este paso he iniciar directamente la secuenciación (PacBio).
En cuanto a la química de la secuenciación. Ilumina utiliza nucleótidos fluorescentes, las placas son lavadas con los diferentes nucleótidos a la vez, produciendo una señal cada vez que se añade una base. Para 454 y Ion Torrent los nucleótidos se van adicionando uno a la vez, cuando hay una base complementaría entre el templado y el DNA se libera un fosfato y un ion de hidrógeno, si ninguna base es complementaría se detiene un momento (la polimerasa) para seguir con el siguiente nucleótido. En 454 la señal se lee como un destello de luz que es derivado de una cascada enzimática, en el caso de Ion Torrent se trata de un chip de silicio que detecta los iones hidrógeno que se desprenden al agregarse una base.
Escoger que plataforma utilizar, dependerá de que se busque hacer y del presupuesto con el que se cuente. Si lo que uno quiere es conocer la mayor diversidad a nivel de 16S en una muestra dada quizá lo mejor sea utilizar Ilumina, sin embargo si se piensa ensamblar un genoma de novo la mejor opción quizá siga siendo 454.
Finalmente, las tecnologías de secuenciación seguirán avanzando y el costo ira disminuyendo de tal forma que obtener secuencias sea quizá algo común en cualquier laboratorio. La microbiología con la metagenomica y la genómica comparada seguirán avanzando de tal suerte que en pocos años cambiara radicalmente la forma en que se entiende la microbiología y quizá nos permita generar teorías que apliquen en general a la forma en la que entendemos la vida.
La Metagenómica es una nueva tecnología que está siendo utilizada de manera importante en el estudio de la Microbiología, generando una revolución importante es los alcances de diferentes estudios, ya sean ecológicos, taxonómicos, epidemiológicos, etc. Para su aplicación, diferentes empresas se han dedicado a diseñar diferentes equipos que desarrollan este tipo de análisis. Con estos avances se han generado avances prometedores sobre la diversidad y ecología microbiana. La competencia que se generado entre estas compañías ha ayudado en la mejoría de esta tecnología, disminuyendo de manera considerable los costos y el tiempo para la obtención de resultados. A pesar de esto, no existe un consenso para su desarrollo y análisis por la variedad de métodos que se han generado, complicando la interconexión y uso de toda esta información.
El fundamento del funcionamiento de cada uno de los equipos es muy variado, a pesar de que todos tienen el mismo objetivo. Estas diferencias han hecho que algunos de estos equipos generen resultados que son más adecuados para algunos estudios; sin embargo, una de las cuestiones que se debe tener en cuenta son los costos que implican el poder obtener y optimizar las condiciones para que funcionen de forma óptima. Esto es una limitante importante para una gran cantidad de laboratorios que no cuentan con los recursos y la infraestructura necesaria para la obtención de estos equipos. Sin embargo, con los avances en las técnicas de secuenciación los costos han ido disminuyendo, permitiendo que muchos laboratorios puedan pagar por un servicio de metagenómica.
Un hecho que sí es importante es que con todos avances tecnológicos va a empezar una nueva era en la ciencia ya que podrán lograr alcances que antes eran inimaginables, lo cual podría cambiar la manera en que se realizan los trabajos de investigación, como se ha observado en la Microbiología.
Las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento se encuentran bajo constante desarrollo, lo anterior está directamente relacionado con el mejoramiento del software que procesa la señal, las reacciones químicas que son la base de la detección de la señal, la obtención de reads de mayor longitud y la disminución de los costos de secuenciacion y de las propias plataformas. Estas últimas son el tema central de este artículo, en el cual se mencionan las diferentes plataformas de secuenciación disponibles hasta el momento y se hace una breve comparación entre ellas, tomando en cuenta las reacciones en las cuales se basan, las longitud de los reads que se pueden obtener, costos, ventajas, desventajas, asi como las características en común. Con esta información, el lector se puede discernir entre utilizar una plataforma u otra, y posteriormente , elegir las diferntes estrategias que se tienen para ensamblar los reads dependiendo de la longitud de estos últimos. Lo anterior es de gran utilidad ya que permite crear un criterio de selección para la persona esta interesada en trabajar con alguna plataforma de secuenciación, y de esta forma, comparar y ver las opciones que más le convienen para los fines que desea. Finalmente los autores mencionan lo que es ya sabido: las plataformas de secuenciación se mejoran constantemente hacia un precio más accesible, con métodos de preparación de librerías más sencillos, y hacia un mejor rendimiento de secuenciación, sin embargo las dificultades que se tienen que superar son bastantes, siendo uno de ellas el acordar un formato común para compartir los datos entre la comunidad cientifica, lo cual todavía no ha sido resuelto, además de la caracterización detallada de los datos con el fin de detectar errores y sesgos en cada una de las plataformas.
High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity
Da un análisis de las herramientas disponibles para la investigación de los microbiólogos de la siguiente década, con la llegada de la secuenciación de alto rendimiento (siguiente generación) ha disminuido potencialmente el costo de secuenciación. Por lo que ha aumentado la disponibilidad de numerosas plataformas que parecen realizar lo mismo pero con diferencias esenciales. Aquí parece diferenciar dos tipos de plataformas, las que depende de la formación de librerías de clonas, a partir de la amplificación de una molécula de DNA. Y la llegada de nuevas plataformas que determinan la secuencia de simples moléculas sin amplificación alguna. De forma general para todas las plataformas se necesita la preparación de las librerías y la purificación de DNA. Uno de los métodos utilizados es la secuenciación de Shotgun, que selecciona fragmentos que deben ser abundantes proveyendo una comprensiva cobertura del genoma, la fragmentación del DNA se podía hacer de 2 formas mecánico o enzimático, de manera mecánica los fragmentos debían ser reparados y purificados antes de unirlos a específicos adaptadores, que formaban el primer enlace (plantilla) para su posterior amplificación. La fragmentación por enzimas es más rápida y fácil para procesar los fragmentos. La tagmentacion es una herramienta innovadora a base de transpotasa que de un solo paso fragmenta el DNA y lo incorpora a la secuencia del tags, tomando el lugar de los adaptadores. La amplificación de las plantillas “planas” unen los fragmentos terminales del DNA para formar moléculas circulares, que serán fragmentadas ´por segunda vez proporcionando información de la localización de las secuencias y facilitando el ensamblaje. La secuenciación de pares terminales es similar solo que los fragmentos de DNA que son secuenciados no necesita pasos adicionales para la preparación de las librerías de clonas. La plataforma de illumina tiene este tipo de método. Ion Personal tiene una secuencia bidireccional que requiere remover un chip después de la corrida inicial, un paso de digestión, y una segunda corrida de la primera secuenciación. Para el paso de amplificación las moléculas son inmovilizadas en una superficie sólida que mantiene los fragmentos espacialmente separados, los clusters son generados por un puente de amplificación en la celda de flujo. En la química de la secuenciación difieren las distintas plataformas en el uso de flourescencias, cascadas enzimáticas, o iones. Hay dos importantes análisis que se deben hacer al momento de secuenciar, 1) leer lo que pueda ser alineado, 2) conocer la referencia de secuencia. La elección de la estrategia depende de la longitud de lectura obtenida y la disponibilidad de una buena referencia. Aunque es recomendable ensamblar de novo cuando se delimita un nuevo patógeno o cepa. Que pueden ser comparados usando Mauve y Mugsy. Las plataformas tienen un índice de error con el que se debe tener cuidado, este puede ser originado desde la secuenciación o los fragmentos amplificados. Hay bases de datos que permiten alineamientos libres para construir las filogenias, todas estas herramientas podrían cambiar la dirección de las herramientas computacionales.
El advenimiento de la metagenómica (así como la explosión de estudios genómicos presenciada en los últimos años) ha sido posible, en gran parte, gracias al desarrollo de tecnologías de secuenciación. En menos de una década han surgido un conjunto de plataformas de alto rendimiento que han superado, en costos y tiempo, las capacidades establecidas por el método convencional de Sanger. Este artículo presenta un resumen de la variedad de alternativas con las que cuentan los investigadores (especialmente, los microbiólogos) para realizar estudios que involucren secuenciación. Los autores abordan, de manera general, los pasos requeridos para cada una de las tecnologías: la preparación de las librerías (la cantidad de DNA que se necesita, métodos de fragmentación), la amplificación de templados (en fase sólida o en emulsión) y la secuenciación (por terminación reversible, por pirosecuenciación, por detección de iones de hidrógeno o por ligación). Adicionalmente, examinan las opciones bioinformáticas con las que se pueden analizar los datos obtenidos: el armado de novo o el mapeo a un genoma de referencia.
Desde mi punto de vista, el principal aporte de este artículo es el par de cuadros comparativos que ofrece. En el primero, se desglosan los aspectos técnicos de cada una de las plataformas; en el segundo, se aborda la aplicabilidad de éstas para estudios específicos en bacteriología. Considerando que la mayoría de los investigadores no son especialistas en genómica, este tipo de información (digerida y directa) es imprescindible al momento de tomar una decisión sobre el tipo de tecnología que más conviene adquirir.
El articulo es una breve revisión de los métodos modernos que se emplean en la práctica microbiológica, como secuenciación de metagenomas, además de una comparación costo-beneficio de diferentes dispositivos para secuencia y la tecnología que usan. La velocidad y la disminución de precio de éstas técnicas se ha optimizado de una forma espectacular, siendo mas rápida de lo predicho por la Ley de Moore, la que dice que el poder computacional se dobla cada aproximadamente 18 meses. Me parece extraordinario que se contemple la posibilidad de secuenciar un genoma por un dolar.
En general, la secuenciación que se usa hoy en día es de segunda generación. Esto quiere decir que es la segunda ola de innovación de tecnología de secuenciación después de la secuenciación de Sanger. Estos métodos involucran la purificación del ADN, la fragmentación y amplificación de estos fragmentos y su posterior incorporación en un vector y secuenciación y ensamble en un genoma coherente, lo que requiere métodos informáticos. Cada uno de estos pasos se logra con diferentes técnicas; por ejemplo, la fragmentación del ADN se puede hacer con ultrasonido o con nucleasas, mientras que la secuenciación se hace con pirosecuenciación o métodos como secuenciación por ligamiento. Viendo la caja 1 y la tabla 1, una de las cosas que me queda clara es que la secuenciación para cosas como metagenómica sigue siendo cara, sin embargo, la perspectiva de poder hacer cosas como identificar especies de bacterias o cepas patógenas hace que la adquisición de esta tecnología sea útil para cosas como servicios de salud. Además en la caja 2, el hecho de que mencionen un secuenciador de tamaño de una USB por un precio francamente bajo, quiere decir que hay potencial para que haya saltos pronunciados en las tecnologías de secuenciación dentro de los próximos cinco o diez años (lo cual abre inquietantes posibilidades de uso no ético de esta tecnología), por lo que creo que el panorama sólo va a mejorar.
Las plataformas de secuenciación se pueden dividir en dos grupos según el tipo de templado que se usa para hacer las reacciones de secuenciación. Las más comunes dependen de la generación de librerías de templados amplificados clonalmente, pero recientemente se ha implementado la secuenciación a partir de una sola molécula, que permite secuenciar moléculas únicas sin necesidad de amplificar.
Actualmente todas las plataformas de secuenciación siguen un proceso de tres pasos: preparación de la librería, amplificación del templado y secuenciado y para todas es necesario evaluar la calidad de la librería antes de proceder a la amplificación y para esto existen varios instrumentos (2100 Bioanalyzer, fluorómetros como el NanoDrop 3300 o el Qubit y cualquier PCR cuantitativo).
En cuanto a la química de la secuenciación, todas las plataformas siguen el mismo principio básico pero difieren en algunos detalles y en la forma de leer las secuencias. La plataforma Illumina usa terminadores reversibles, que son nucleótidos marcados con fluorescencia y sus grupos 3’OH protegidos y cada vez que se encuentra una base complementaria en el templado se incorpora un terminador que luego es desprotegido. Las plataformas 454 y Ion Torrent no usan terminadores, y 454 usa pirosecuenciación, donde la presencia de pirofosfato se indica con luz visible, cuyo orden e intensidad son graficados.
Para escoger una plataforma hay de dos, los instrumentos de última generación y los bench-top, que son los accesibles para un laboratorio. Los primeros ofrecen muchas lecturas y muy largas pero a costos altísimos, y se pueden obtener miles de genomas bacterianos por corrida. Los instrumentos bench-top tienen precios más accesibles y son capaces de secuenciar un genoma en días.
El análisis de datos puede ser de dos formas, las lecturas se pueden alinear (mapear) contra una secuencia conocida o se pueden ensamblar de novo; la elección de estrategia depende de la longitud de la lectura obtenida. Para evaluar variación genética entre cepas relacionadas, por ejemplo, lo más eficiente es mapear, pero si se tienen lecturas de regioens repetitivas o de partes del genoma que no se encuentran en la secuencia referencia el mapeo es problemático. El ensamblaje de novo se usa cuando se tiene un nuevo patógeno o una nueva cepa de uno ya conocido.
La secuenciación masiva ha abierto muchas puertas y ha permitido el avance de áreas como la epidemiología genómica, evolución microbiana; ha dado la oportunidad de hacer perfiles basados en secuencias, de evaluar la metagenómica de comunidades microbianas complejas, etc. Promete un gran impacto en la clínica pero principalmente en la microbiología, que pintará un panorama muy diferente del que conocemos actualmente.
Control de lectura 15
High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity Loman, N. J., Constantinidou, C., Chan, J. Z. M., Halachev, M., Sergeant, M., Penn, C. W., Robinson, E. R., et al. (2012). High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity. Nature reviews. Microbiology, 10(9), 599–606. doi:10.1038/nrmicro2850
La era de la genómica ha venido a revolucionar el mundo de las ciencias genómicas. El parteaguas para la microbiología fue en 1995 cuando se secuenció el primer genoma bacteriano. Una década más tarde, con el advenimiento de novedosas plataformas de secuenciación se hn reducido los costos y tiempos de secuenciación, facilitando la obtención de genomas completos de bacterias. Del método Sanger a High-throughput fue un gran salto. En esta generación de de métodos de secuenciación hay un sin fin de opciones que facilitan la ontención de genomas completos en poco tiempo. Éste artíuculo nos ofrece un abanico de opciones de plataformas de secuenciación, con sus ventajas y desventajas. Se ha avanzado mucho en el desarrollo deéstas tecnólogías, y aun se sigue en la carrera a mejorar la eficiencia y reducir costos (hasta $1 USD), en unos años vendrá la tercera generación tecnológica de secuenciación , lo cual representará más avances en la investigación.
High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity
Nicholas J. Loman1, Chrystala Constantinidou1, Jacqueline Z. M. Chan1, Mihail Halachev1, Martin Sergeant1, Charles W. Penn1, Esther R. Robinson2 and Mark J. Pallen1
Este artículo, pretende dar una visión rápida pero crítica en cuanto a los métodos de secuenciación de ADN de alta eficiencia, desde el punto de vista de todas las herramientas analíticas, las plataformas y las nuevas posibilidades.
Ubica la lector desde que se obtuvo el primer genoma de una bacteria con el método de Sanger, el cual se obtuvo con una gran inversión de tiempo y dinero y de ahora, con las nuevas propuestas tecnológicas, se han superado algunas de estas limitantes pero han impuesto nuevos retos, entre estos seleccionar la opción adecuada teniendo en cuenta aspectos como: acercamiento a lo que se desea de una secuencia (las diversas formas de obtener y procesar el material-amplificación, secuenciación), Plataformas (equipos, eficiencia, covertura y programas adecuados que permitan el manejo confiable y el procesamiento rápido de la información), las líneas de flujo (pipelines) o protocolos que se usan (ensamblajes respecto de un genoma de referencia, ensamblajes de novo) . Lo anterior con el objetivo de lograr desde un draft o borrador hasta la obtención de un genoma completo.
Sin embargo, el costo y la velocidad de procesamiento de esta información, se constituyen en los principales retos actuales, pero nos llama a la reflexión de cómo ha cambiado y seguirá evolucionando la microbiología, permitiéndonos conocer en profundidad un microorganismo con interés médico o biotecnológico, ubicarlo en su contexto, bien si apareció décadas atrás o es una necesidad actual.
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