20 de marzo: The oral metagenome in health and disease
Belda-Ferre, P., Alcaraz, L. D., Cabrera-Rubio, R., Romero, H., Simón-Soro, A., Pignatelli, M., & Mira, A. (2011). The oral metagenome in health and disease. The ISME journal, 1(11), 46–56. doi:10.1038/ismej.2011.85
The oral cavity of humans is inhabited by hundreds of bacterial species and some of them have a key role in the development of oral diseases, mainly dental caries and periodontitis. We describe for the first time the metagenome of the human oral cavity under health and diseased conditions, with a focus on supragingival dental plaque and cavities. Direct pyrosequencing of eight samples with different oral-health status produced 1 Gbp of sequence without the biases imposed by PCR or cloning. These data show that cavities are not dominated by Streptococcus mutans (the species originally identified as the ethiological agent of dental caries) but are in fact a complex community formed by tens of bacterial species, in agreement with the view that caries is a polymicrobial disease. The analysis of the reads indicated that the oral cavity is functionally a different environment from the gut, with many functional categories enriched in one of the two environments and depleted in the other. Individuals who had never suffered from dental caries showed an over-representation of several functional categories, like genes for antimicrobial peptides and quorum sensing. In addition, they did not have mutans streptococci but displayed high recruitment of other species. Several isolates belonging to these dominant bacteria in healthy individuals were cultured and shown to inhibit the growth of cariogenic bacteria, suggesting the use of these commensal bacterial strains as probiotics to promote oral health and prevent dental caries.
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Me parece muy interesante el comparar las comunidades bacterianas presentes en la cavidad oral en diferentes estados de salud a través del estudio de la placa dental ya que los problemas por caries están principalmente vinculados con Streptococcus mutans y otras especies que son acidogénicas y acidofílicas, sin embargo, como parte de los resultados que se muestran parece haber una mayor diversidad taxonómica envuelta en este asunto.
Se menciona la relevancia del uso de la pirosecuenciación directa de las muestras comparando contra aproximaciones hechas con anterioridad que se habían basado en la secuenciación de amplificados del gen rRNA. De modo que trabajando con la pirosecuenciación ampliaron la capacidad de análisis para poder comparar el repertorio genético total de la comunidad tanto en pacientes sin antecedentes de caries (sanos) así como pacientes con caries activas o que anteriormente presentaron caries pero que ya fueron tratadas.
Así, para estimar la diversidad microbiana se optó por la asignación de grupo taxonómico por la alineación de reads con secuencias de 16S rRNA registradas en bases de datos, igualmente por medio del algoritmo de LCA (lowest common ancestor) para clasificar los reads a nivel taxonómico y por medio del sistema de binning por phymmBL (que también efectúa la asignación taxonómica para reads cortos, diseñado particularmente para metagenomas). Del contraste de los resultados de estos tres métodos se aprecia que con los datos del 16S rRNA obtenidos de la secuenciación del metagenoma resulta suficiente para describir los principales grupos taxonómicos presentes (sin clonar o sin los sesgos que pudiera implicar la PCR, por ejemplo por el límite de detección). Y aunque el número de muestras es bajo (6 individuos en total), se pueden apreciar diferencias entre la diversidad en una boca sana en comparación con una cavidad oral con problemas, incluso sugiriéndose la posibilidad de la prevalencia de ciertas especies muy particulares en individuos sin caries. Esto ya que de la comparación de los metagenomas con genomas de referencia se observan diferencias entre las especies que parecen comunes en individuos con y sin caries.
También se evaluó el potencial funcional de la microbiota con lo que se pudo apreciar que de acuerdo al estado de salud del paciente se formaban clusters con algunas funciones interesantes (potenciales antimicrobianos) sobrerrepresentadas en individuos sin caries. Así, la asociación de la presencia de cierto tipo de bacterias y este tipo de funciones asociadas en personas que no han padecido caries dio pie a aislar aquellos géneros más abundantes en estas muestras en busca de compuestos bioactivos potenciales contra bacterias cariogénicas (esta vez por medio de técnicas de microbiología clásica). 16 cepas mostraron halos de inhibición en las pruebas y fueron identificadas como estreptococos (PCR 16S rRNA, con 96-99% de identidad). Interesante será el investigar qué tipo de compuestos están generando.
En este trabajo se analizó el metagenoma de la cavidad oral bajo tres condiciones, la primera es la de los denominados controles sanos, individuos que no han desarrollado caries a lo largo de su vida, la segunda categoría comprende a individuos que han sido presentado caries en el pasado y que presentan un numero bajo de caries activas al momento del muestreo, y finalmente están los individuos que presentan un alto número de caries activas y una mala higiene bucal.
Una vez obtenidas las secuencias, éstas fueron comparadas con 1117 genomas referencia para de esta manera identificar representantes de las distintas especies. Adicionalmente las secuencias fueron subidas al MG-RAST para ser analizadas.
Para estimar la diversidad presente en las muestras, las secuencias del 16S rRNA fueron asignadas taxonómicamente, asignando como nuevos OTUs a aquellas secuencias con una identidad entre el 80% y 95% con secuencias conocidas. Posteriormente se empleó un algoritmo LCA para clasificar los reads, y finalmente se empleó el phymmBL, un protocolo de binning para asignar taxonómicamente los reads con los datos. Al analizar los resultados obtenidos de estos datos se encontró que los genes 16S son una buena aproximación para describir los grupos taxonómicos principales sin la necesidad de clonar o amplificar por PCR.
En lo que respecta a la composición bacteriana, se encontró que los Bacilli y las Gamma-Proteobacterias son más comunes en individuos sanos, mientras que los Clostridiales y Bacteroidetes lo son en muestras aisladas de caries. En contraste a lo esperado, no se identificaron secuencias de alguno de los hongos comúnmente asociados a la cavidad oral, lo cual sugiere que si bien, pueden ser identificados por PCR, no son lo suficientemente abundantes para ser detectados por la metodología empleada en este trabajo.
Un dato que me llamó la atención es que si bien, hay una composición distinta en las comunidades bacterianas dependiendo de la salud bucal, existen algunas especies que fueron encontradas en todas las muestras, pero aun así presentan diferencias entre las cepas, esto principalmente a nivel de islas genómicas. Esta observación es relevante pues nos hace recordar que para conocer más a fondo la diversidad que estamos estudiando, es necesario trabajar más allá de los genes empleados tradicionalmente, pues de otra manera podemos estar perdiendo información.
Control de Lectura.
El contexto en el que se describe y justifica este trabajo me parece muy interesante. La salud bucal se relaciona también con problemas de úlceras estomacales, cáncer gástrico o enfermedades cardiovasculares, por ese motivo ha resultado importante poner atención al escaso cuidado de la salud bucal a nivel mundial.
No existe un solo agente responsable de la salud bucal, sino que se trata de todo un ecosistema complejo, del cual ha sido muy difícil aislar y cultivar los distintos microorganismos, por lo cual se ha dificultado el estudio de las comunidades microbianas de la cavidad oral.
Pero ahora, las técnicas de metagenómica y el desarrollo de las tecnologías de secuenciación.
Se muestrearon un total de 25 individuos, con distintos status de salud bucal. En relación a la asignación taxonómica surgió algo interesante y contrario a lo que se pensaba anteriormente (que una o algunas especies eran las responsables de la salud bucal); en realidad la diversidad de bacterias es muy grande, aunque las densidades de la mayoría de las especies es baja; las proporciones relativas de cada grupo taxonómico son distintas (basadas en el gen 16S rRNA). Sin embargo, dentro de la diversidad encontrada en la salud y en la enfermedad, hay una tendencia: los bacilos y las gamma-proteobacterias son más comunes en la salud y en la enfermedad predominan taxa anaeróbicos como Clostridiales y Bacteroidetes. También se identificaron algunos taxa relacionados con enfermedades específicas (i.e. Trichomonas tenax).
Al parecer la diversidad funcional esta relacionada con la condición de salud y enfermedad; las familias de genes relacionadas con el estrés osmótico y oxidativo están bien representadas. También, varias categorías funcionales están sobre representadas en los individuos sin caries que no se corresponden con las funciones sobre representadas en los individuos con caries.
En resumen existen diferencias importantes entre los individuos sanos y enfermos, que se reflejan en la composición taxonómica y funcional; de hecho se sugiere que en los individuos que nunca han tenido caries, se pueden encontrar reservorios genéticos de compuestos anticaries y probióticos, que promueven la salud y previenen la caries dental.
¿Qué hicieron?
Obtuvieron muestras bucales de estados de salud variable y secuenciaron DNA metagenómico por pirosecuenciación 454. Pudieron comparar el repertorio genético completo de las comunidades bacterianas presentes en las muestras en diferentes condiciones.
¿Cómo?
Las muestras de placa dental se dividieron en tres grupos según el número de caries del sujeto más un grupo control (sin caries). Obtuvieron reads de longitud suficiente para asignar funciones a una fracción significativa del metagenoma. La diversidad bacteriana en las muestras se estimó por tres métodos: 1) Los reads de los genes de 16S rRNA, se asignaron a diferentes niveles taxonómicos y se construyeron gráficas de rarefacción y obtuvieron entre 70 y 120 géneros en las muestras. 2) Usaron un algoritmo LCA para clasificar los reads que confirmó lo detectado anteriormente pero mostró que hay más grupos de los ya identificados. 3) Usaron el procedimiento de binning para asignar taxonómicamente 1.94 millones de sus reads y los resultados fueron consistentes con la distribución taxonómica ya obtenida pero de nuevo aparecieron nuevos grupos.
¿Qué encontraron?
En sujetos sanos hay predominantemente Bacilos y gamma Proteobacterias y en sujetos con caries son más típicas bacterias anaeróbicas. En las muestras provenientes directamente de una cavidad prácticamente no encontraron Bacilos, y otros géneros como Rothia o Aggregatibacter parecen ser específicos a muestras de bocas sanas. Búsquedas contra especies eucariontes mostraron muy pocos hits significativos. Para cuantificar la presencia de especies particulares en el metagenoma usaron el reclutamiento de secuencia, compararon sus metagenomas contra 1117 genomas completos y pudieron estimar la abundancia de especies en sus muestras que fueran cercanas a las de referencia; encontraron que Aggregatibacter era una de las especies con mayor nivel de reclutamiento en individuos sanos, lo que confirma el resultado que se había obtenido por amplificación. Las gráficas obtenidas por reclutamiento permiten apreciar diferencias a nivel de cepas, que serían pasadas por alto con estudios de 16S rRNA, y además indican que casi no hay dominancia de un grupo. Juntando LCA y binning encontraron que además de asignar taxonomía pueden asignar funciones y predecir así el papel ecológico o metabólico de cada grupo de bacterias. Hicieron un análisis funcional más detallado usando sistemas de clasificación como SEED, Tigrfam y un CoA y obtuvieron patrones de clustering similares con los tres sistemas.
¿Qué concluyen?
Con pirosecuenciación directa se pueden evitar los errores que implica la amplificación por PCR. Aunque de pocos individuos, obtienen secuencias suficientes para resaltar diferencias entre sanos y no sanos a nivel taxonómico y funcional.
La importancia de este estudio,radica en que es el primer acercamiento en utilizar amplicones del 16S en la microbiota oral (placa dental), bajo diferentes condiciones de salud dental(presencia de caries),con el fin comparar el repertorio genético de las comunidades bacterianas asociadas a este hábitat. A pesar de que en el estudio se utilizó un tamaño de muestra bajo, se observan diferencias importantes a nivel taxonómico y funcional entre las muestras obtenidas en sitios con y sin caries. Se sugiere que en los individuos cuya placa dental nunca ha sufrido caries, pueden contar con bacterias «protectoras» siendo un reservorio genético para nuevos componentes anticaries y probiotico. Sus resultados se soportan al utilizar tres diferentes métodos para estimar la diversidad de todas las muestras, y se observa que el numero de genes de 16S, secuenciados, fueron suficientes para describir los grupos taxonómicos principales de las muestras. Sin embargo, los datos de este estudio, se basan en metagenomas de solo dos cavidades orales,para lo cual sería interesante ampliar el numero de individuos y de cavidades y sitios orales, para hacer análisis mas amplios. Por lo tanto, este trabajo representa un estudio previo acerca de las comunidades microbianas asociadas a la placa dental, las cuales son cruciales para entender el desarrollo de enfermedades dentales.
Control de lectura 25
The oral metagenome in health and desease Belda-Ferre, P., Alcaraz, L. D., Cabrera-Rubio, R., Romero, H., Simón-Soro, A., Pignatelli, M., & Mira, A. (2011). The oral metagenome in health and disease. The ISME journal, 1(11), 46–56. doi:10.1038/ismej.2011.85
El estado de compromiso inmunológico está asociado a cambios en la estructura y composición de la microbiota del ser humano, por ejemplo cuando nos enfermamos de diarrea. En este artículo a través de la metagenómica se observó mediante análisis de correspondencia que la microbiota de personas sin caries es muy distinta a la de las personas con problemas de caries en diferentes estados de enfermedad. Además vieron como la funcionalidad de las comunidades cambia, hicieron una búsqueda en el COG para ver que proteínas se expresan por los diferentes organismos. Además de clustering y heatmap comparando a los seis voluntarios con perfiles de estomago de adultos humanos. La parte de aplicación es muy interesante pues hicieron estudios con aislados bacterianos, montaron un ensayo de antagonismo competitivo en la búsqueda de bacterias que inhiban el crecimiento de las cariogénicas como una medida de tratamiento para la caries. Este es un buen enfoque en el que se combinan las dos visiones, la metagenómica o no dependiente de cultivo y la clásica o dependiente de cultivo. El problema igual que en el articulo anterior es que obtienen mucho DNA humano en la obtención de muestras. Deben mejorar sus técnicas de toma de muestras.
El estudio se realizó dentro del ecosistema de la cavidad oral de 6 individuos adultos que fueron agrupados dentro de 3 grupos (2 individuos nunca habían presentado caries en toda su vida, 2 tenían curaciones de las caries y presentaban pocas caries en actividad, y los últimos 2, presentaban muchas caries activas durante el estudio). Las muestras fueron tomadas a partir de la superficie de los dientes. Se obtuvo un 1Gpb de DNA de la secuenciación que fueron después limpiadas del DNA humano quedando solo 842Mpb. Para poder determinar la diversidad dentro de las muestras utilizaron tres herramientas, una emparejamiento de read del gen 16S rRNA, que mostraba una imagen similar a los métodos que se basan en PCR. A partir de curvas de rarefacción e índices de diversidad genética. La segunda herramienta fue la utilización del algoritmo de LCA, clasificando todos los read para dar aciertos con la bases de datos a nivel taxonómico para las asignaciones que eran ambiguas. Por último, se utilizó binning de PhymmBL, un procedimiento para asignar a las 1.94 millones de reads. Para los tres métodos mostraron diferencias en la composición bacteriana entre individuos saludables y enfermos. Principalmente la tendencia de Bacillus y Gammaproteobacteria fueron comunes para los individuos saludables, mientras que los Clostridiales y Bacteroidetes (taxas anaeróbicas) son más frecuentes en individuos enfermos. Aggregatibacter es una de las especies prevalecientes de individuos que no tenían presencia de caries. La presencia de Streptococcus gardonii y Leptotrichia buccalis fueron abundantes en individuos con caries. Y la cepa Veillonella párvula, parecía presente en todas las muestras aunque en individuos sin caries presentaba una isla génica sin reclutamiento en la posición 2066-2094pb. Mientras que los individuos con caries si tenian un reclutamiento en esta posición que involucra proteínas hipotéticas y una enzima (amino-fosforil-transferasa) y genes involucrados en la toma de DNA. A través de la asignación taxonómica por los algoritmos LCA y PhymmBL es que pudieron también asignar que rol ecológico o metabólico tenía cada grupo. Para el grupo de Bacilli involucraban una porción de genes en mecanismos de defensa, y metabolismo de carbohidratos. En Clostridiales presentaban genes de motilidad celular o transducción de señales. Después utilizaron una comparación de todos los reads contra bases de datos de dominios de subsistemas, y un análisis de correspondencia CoA, para ocho muestras de acuerdo a su asignación funcional delos reads que se agrupaban de manera similar para los distintos subsistemas de clasificación. Los metagenomas se agruparon independientemente unos de otros, para grupos con caries se agrupaban juntos, mostrando que tenían un grupo de funciones codificantes. Después compararon el ambiente oral con el gástrico, resultaron ser ecosistemas muy diferenciados tanto en función como en taxa, aunque hay evidencias de que se generó transferencia horizontal de genes que podría ligar ambos ecosistemas a pesar de las diferencias, por ejemplo la función de toma de azucares y su asimilación. Regresando a los genes representados en individuos saludables involucra bacteriocinas y polisacáridos capsulares y extracelulares. Y para los individuos con caries activas involucra fermentación de ácidos mezclados y toma de DNA. De dos individuos con un estado temprano de caries y uno avanzado se extrajo DNA de los dientes. Se ha considerado desde hace tiempo que los Streptococcus mutans son los principales agentes etiológicos de las caries dentales. Sin embargo, algunos trabajos basados en PCR y junto con este metagenoma demuestran que no hay mucha abundancia de tal cepa. Sino que pueden estar asociado a la presencia de otras bacterias como Veillonella, Propionibacterium , Atopobium, Lactobacillus, Bifidobacterium, que en altas condiciones de glucosa producen acido. Estos resultados podrían indicar que las caries son una enfermedad polimicrobiana. La presencia de algunas bacterias dominantes en individuos que nunca han presentado caries, deja una sugerencia de que hay algunas especies bacterianas que tienen un efecto antagonista contra bacterias cariogenicas.
Un artículo de investigación original. En este se hace un análisis del microbioma de la boca. Las investigaciones previas han mostrado heterogeneidad en las comunidades bucales de las personas. Una pregunta natural es si hay una asociación del tipo de comunidad que encontramos y el estado de salud de la boca. Se usó un estudio del perfil metagenómico (metodología preferida por razones ya mencionadas como la posibilidad de identificar especies novedosas y sobre todo muestreas las que no pueden ser cultivadas) de muestras tomadas de la boca de 25 voluntarios, tomándose atención a todos los dientes y demás partes de la boca, tomándose dos muestras especiales de las cavidades con caries. Después de secuenciar se filtraron secuencias artificiales y humanas. Usando los algoritmos Nucmer y Promer, se compararon las secuencias que quedaron contra referencias. Para obtener el perfil funcional se usó una clasificación basada en buscar con RPSBlast contra la base de datos de dominios protéicos, clusters de ortólogos y Tigrfam, además de usar SEED a través del MG-RAST. Para obtener filogenias se usó 16s alineando con BLASTn. En ambos casos se usó un valor de asociación relativamente permisivo (desde 80%), me parece que tiene sentido, porque compararon contra referencias ya existentes de genomas bucales, con lo cual ser un poco laxo para encontrar nuevas secuencias es lo más adecuado. Entre los resultados está el hecho de que las curvas de rarefacción mostraron que todavía hay diversidad sin clasificar; y sobre todo, que hay perfiles de composición bacterianos dependiendo de la salud bucal, por ejemplo, sobrerrepresentación de Aggregatibacter y Streptococcus sanguis en individuos sanos y Streptococcus gordonii y Leptotrichia buccalis en individuos enfermos con caries. Otro resultado importante es la presencia de más grupos funcionales relacionados con péptidos con propiedades antibacteriales. En especial, en las cavidades parece haber gran diversidad de bacterias. También se analizó la posibilidad de que ciertos perfiles bacterianos, en sujetos que parecen no sufrir de caries nunca, estuvieran relacionados con esto. Para esto se cultivaron muestras de 10 de éstos individuos y se ampliaron y secuenciaron, comparándose con los perfiles anteriores de gente sana. El resultado fue que, efectivamente, hay una relación entre ciertas especies de bacterias y en tener buena salud bucal.
Si bien se sabe que la cavidad oral está habitada por un gran número de especies bacterianas y que algunas de ellas están implicadas en el desarrollo de caries y enfermedades, este artículo es el primero enfocado en la descripción del metagenoma presente. Existen varios factores que han impedido este tipo de estudios: la complejidad presente en éste ecosistema, la dificultad para determinar un solo agente etiológico como responsable de la enfermedad periodontal y la imposibilidad en el cultivo de muchos de los organismos presentes en la cavidad bucal.
El estudio se llevó a cabo en tres grupos de personas: aquellas con salud bucal excelente, unas con algunas caries y otras con pésima higiene bucal. Se muestrearon 2 zonas en particular: supragingival y la subgingival.
Mediante pirosecuenciación se obtuvieron 1Gbp de datos de las 8 muestras, el porcentaje de contaminación con DNA humano varió entre 0.5 a 40% y en un caso particular hasta 70%, al filtrar esta información se redujo a 842 Mbp y se lograron obtener lecturas de buena calidad. Se estimó la diversidad microbiana mediante la asignación de los genes 16S del RNAr a diferentes niveles taxonómicos y también con la elaboración de curvas de rarefacción, con las que se estimó la presencia de entre 73 y 120 géneros presentes por muestra . Este resultado fue similar al obtenido mediante PCR aunque algunos grupos estaban más representados.
El análisis de los géneros presentes en las muestras mostró una correlación entre el estado bucal de la persona y el tipo de bacterias presentes. En personas saludables existe un consorcio en el que están presentes géneros como Rothia o Aggregatibacter , éste último también prevalece en individuos sin caries. De manera sorprendente, no se detectaron RNAs ribosomales para Candida u otros hongos, lo que podría ser indicativo de la baja abundancia de éstos.
Para el caso de los individuos con caries las bacterias más abundantes fueron Streptococcus gordonii y Leptotrichia buccalis. Al realizar un análisis de funciones, es decir: evaluar qué cosas pueden hacer las especies presentes, se observó que algunas funciones que podrían funcionar como defensa para los dientes están sobre representadas en aquellos individuos con buena salud bucal y en los individuos con mala salud bucal las funciones se agrupaban, lo que sugiere que este fenómeno es el resultado de la redundancia funcional.
El trabajo desarrollado en este artículo abre la puerta a ver la enfermedad dental desde un punto de vista distinto, al contrario de lo que se ha planteado durante muchos años de buscar un solo agente causal. Debe ponderarse la posibilidad de que un conjunto de bacterias en una forma secuencial puedan ser la causa de estas enfermedades por lo que el tratamiento de éstas debería cambiar a otro enfoque en el que se empleen los datos obtenidos por secuenciación masiva de última generación para proponer vacunas nuevas y medicamentos que ataquen aquellas rutas metabólicas o compuestos centrales para las bacterias pro-caries.
En este artículo se quería hacer un análisis del metagenoma oral en individuos sanos y con caries; me parece que a pesar de tener una «n» muy pequeña, 2 individuos por condición, pudieron obtener diferencias claras en el tipo de microorganismos que habitan en la boca.
En el artículo nos muestran la diversidad que tienen, la cual la obtuvieron a partir de la secuenciación de rRNA 16S, comparándola con resultados previos (Bik, et. al), con los metadatos, se hicieron análisis de correspondencia entre los individuos, sanos, tratados, con caries, y de las cavidades.
Con este estudio los autores pueden sugerir que en los individuos que nunca han presentado caries pueden tener un reservorio genético de compuestos anticaries y probióticos, mientras que en el caso de los individuos con caries la presencia de cepas mutantes de Streptococci puedan estar siendo las responsables de las fases iniciales de una infección por caries.
Así como lo reconocen los autores que el número de individuos analizados es pequeño, puede ser un buen precedente para estudios posteriores en el tratamiento de las enfermedades orales.
Los microorganismos tienen la capacidad de poder habitar cualquier sitio que tengas las condiciones minímas para desarrollarse, esto incluye su interacción con una gran variedad de organismos con los que han desarrollado interacciones complejas e indispensables para ambos. La caracterización de la diversidad microbiana que se alberga en nuestro cuerpo ha sido el objeto de estudio de diversos grupos de investigación. Desde hace mucho tiempo se sabe que la cavidad oral es un espacio en el que viven una gran cantidad de microorganismos, pero su descripción ha estado sesgada a un grupo muy reducido que están relacionados al desarrollo de enfermedades, como la caries. Estas primeras descripciones han sido realizadas con diferentes herramientas moleculares básicas, pero los resultados que han generado no han tenido la suficiente resolución para conocer la microbiota oral total. En este trabajo utilizan la metagenómica para realizar una descripción más real de dichos microorganismos, para lo cual seleccionan individuos con diferentes condiciones de salud oral, entre los que se encuentran individuos que nunca han desarrollado caries. La cantidad de información obtenida en secuencias fue suficiente para hacer una buena descripción de dicha microbiota, la cual diferente a lo que se había observado con la amplificación por PCR. Estos resultados mostraron que los individuos sanos contenian grupos de microorganismos diferentes a los observados en aquellos que tenían problemas de caries a diferentes niveles. Con lo anterior se observo que este hábitat microbiano es muy diverso, con una gran catidad de bacterias que nunca han sido aisladas; sin embargo, una gran proporción de esta microbiota se encuentra en densidades bajas. A nivel taxonómico y funcional, se observo que estas bacterias eran diferentes a las que se identificaron en la cavidad estomacal; por lo que son dos hábitats independientes, pero entre los que pueden ocurrir eventos de transferencia horizontal de material genético. A nivel funcional, dichas bacterias se agrupan de acuerdo a la salud de los individuos; sobresaliendo la presencia de una gran cantidad de genes asociados a bacteriocinas en los individuos sanos, lo cual podría ser de gran importancia en la regulación de las poblaciones de los microorganismos causantes de enfermedades y que además podrían ser consideradas como modelos para el desarrollo de productos para el cuidado de la salud oral. Con esto se pudo escudriñar en las complejas redes de interacción que ocurren en dicho hábitat, identificando el papel que juegan algunas de estas bacterias. Por otro lado, se pudo definir que la caries es una enfermedad que se desarrolla por la interacción de diferentes bacterias, lo cual debe ser considerado en las estrategias que se utilizan para prevenir su desarrollo.
En este articulo se hizo el metagenoma de la región oral del cuerpo humano para seis individuos algunos de ellos sanos y otros enfermos. Con el análisis de secuencias encontraron grupos discretos tanto en cuanto a la diversidad y la función metabólica según el tipo de muestra (pacientes enfermos o sanos). La comparación con el ecosistema intestinal refleja claras diferencias en las posibilidades metabólicas, lo que habla de la diferencia clara de ecosistemas; por ejemplo se encuentran mejor representadas en los intestinos las proteínas de adhesión mientras que en el metagenoma oral se encuentran mejor representadas las rutas encargadas de la respuesta al estrés. Por lo que estudios de este tipo resultan relevantes no solo por su importancia para entender la dinámica ecológica de las comunidades microbianas sino que también sientan bases para entender como las microbiota se relaciona con las diversas enfermedades (en un sentido medico).
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