Tarea 8: Blast (Fecha límite de entrega: 27 de Octubre)
Es necesario que hayas tomado notas en la clase y además te recomiendo revisar los siguientes enlaces:
http://es.wikipedia.org/wiki/BLAST
http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1734/#blast.fn5
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/
Tarea:
¿Qué es el NCBI?
¿Qué es Genbank?
¿Qué es Pubmed?
De lo que leiste de BLAST
¿Qué es un HSP?
¿Qué es el e-value?
¿Qué es un P-value?
¿Qué es un gap?
¿Qué es una matriz PAM?
¿Qué es una matriz BLOSUM?
¿Qué es el formato fasta?
¿Para qué gen codifica la siguiente secuencia?
CTTAATATGTGATCAGGAATGATCATGACTGGAAACAGTGTTATTTGTGGTAGCTATAGGGTAGGTAAGG
TTTTCAGCCTGTTTTAGGTTTCTTGAACTAAAATTCCTTCTGCTGTCTTCTAAGTCAATATTGGCAGCTA
TTTCTGACAATTGGTAGTTCTTTGTAACTTTTTACCTATGACTATAACATTTTTGACTTTCAGAAGAATT
TGCTAAAATGTGTTCCCCGGTGGGTTGTTGTTTTTCAACCTAAACCTAGCTGCTTTTTCCAGTCACTTAT
CCGTATTGGAAGCTCAAAATGCAAATATACAGTAGGCCTAAAATATTGCCTGGTTTGAAAAGTGTTTAAA
ATATTTGAATCATTTTTATAGTAAACATTTACTCTCATCAGGACCTAGAAGGGGAACATTTTAATTTTTT
TTCTTTTCCCTTTTCACAGTCTTCCTTCAACATTCATTACCTTTTTACATATCGGAGTTTTCATCTGTTC
AAAGTTTGTGTTTACAGTGTGTTTATATAGTTTAGATTATAATTACCATACTGAAATATAATTGTTTCAG
AATTGAGTCAGTGGTGAGAATGAAAGCCATCTGGTATGATAACTGAATCCAATTTTTCTTTTACGGAGAA
TTTCTTTGAAATGTAGCTTATCTCAGAAATAGGGATTTAGTAACCAATCAGAGTTTTCTTTGTCAAGGTT
GTTTTTCTTTTTAAAGTCACATTTGGTCCCAGTAATAATACCAATGTTGGTACAAGTTATCTCAGGTTGT
GAAGCATTTTTCCCAAGTCATCTCAGGTTGTGAAGCATTTTCCCAAGTAGCATTTAATTTTATTCTTGCA
ATAGCCCAAGGAGTCTGGCAGGGTGAATGGCAAGAGAAGGAAACAGGTTCAGGTAGAGTGGTTAGCCCAA
GGTGGCTCTGCTTATATACACAACTGGTAGTAGAAACCCAGCCTCCTGACTTAGTTCATTGTTTTTCTTT
TCACTGCCCTGTGCTATGTCAAAAACCCCATGATTACAAGAGTTGTATTACAACCCTTCACAATAAGGTT
ACTGTCCACAAGCTTTTCTTGTGATCCTTTTCTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTGAGATGGATTCTCTGTCA
CCCAGGCTGGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCCTTGT
GATCCTTTTCTAAAAAGTTAAATATTTAAGGAAAAAACCACATTCTTGTCACACTGCCAGGTTAGTCGTT
CTTTGATATCTTGCCTGGACTTTATCCAAAAAATCCGTTTCAAAAATTCACATTTAGAGCTAAGTGTAGT
GGCTCACGCCTGTAATCCCGGTCGAGGCAGATGGATCACTTGAGGTCAGGACTTCAAGACCAGCCTGGGC
AATATGGTGAAACCCCTTCCCTACCAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGTGTGGCAGCACGCGCCTGTAG
TCCCAGCTACTTGGAATGCTGAGGCACAAGAATCACTTCAATCCGAGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAA
GACCACACCACTGCACTCCAGCCTGAGCAGCAGAGTGAGTGAGACTCCATCTCCAAAAAAAAAAAAAAAG
GTTCACATTCAGAAGAAAGCTAAAGGCCGGGTATAGTAGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAG
CCGAAGCAGGAAGATTGCTTGATGCCAGGCATTCAAGACCAGCATGGGCATCATAGTGAGATCCTGTCTC
TACAAAAATTAATTAACATTAAAAATTAAAAAGATGGCTGGCATGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGTA
¿A qué especie corresponde?
¿En qué otras especies lo encuentras?
¿Cuál es la secuencia en aminoácidos de la proteína predicha?
Da al menos dos citas que obtengas de Pubmed para esta proteína.
English: Logo of the United States National Center for Biotechnology Information, a part of the National Library of Medicine, itself part of the National Institutes of Health. Français : Logo du NCBI (Photo credit: Wikipedia)
