Posgrado: Lectura Martes 25 de Febrero

5 comentarios

1. Carlos Joaquín Pavón Vázquez dice:

   24 febrero, 2014 a las 7:54 AM

   Voy a ser sincero: para mí la necesidad de tener conocimientos decentes de informática es un mal necesario. Durante el posgrado y durante la carrera las lecciones que más he disfrutado es donde aprendo algo acerca de un proceso biológico; la revisión de métodos y bioinformática siempre ha sido para mí un tanto árida.
   Sin embargo, estoy consciente del vital papel de la actualización de métodos explotando los recursos bioinformáticos. El avance conceptual en biología depende en gran medida del avance metodológico, y el avance metodológico depende en gran medida del avance bioinformático. Es así que todo biólogo que se interese por campos donde se maneje tanta información que debe ser analizada con herramientas computacionales debe poseer un conocimiento básico de bioinformática. El peor error que podemos cometer al momento de inferir realidades biológicas es basar nuestras hipótesis en análisis que no sabemos que hacen a ciencia cierta. La robustez de las teorías está dada por la robustez de los experimentos (análisis) que las sustentan.
   Por esta razón considero enormemente benéfico el que se favorezca la creación de paquetes acordes a las necesidades de los investigadores desenvolviéndose en distintos ramos. Considero que debe favorecerse la facilidad de instalación y uso de los paquetes de software. Esto no implica que cualquier análisis se convierta en «dar un clic», sino que el investigador tenga control pleno y fácil acceso a los parametros que desea manipular. Esto ahorrará gran cantidad de tiempo que el investigador puede invertir en responder preguntas de relevancia biológica; tiempo que de otra manera ocuparía en aprender las habilidades informáticas necesarias para correr los análisis.

2. Adriana Uscanga Castillo dice:

   24 febrero, 2014 a las 3:39 PM

   Las distribuciones de sistemas operativos libres y gratuitas tienen el potencial de cambiar la manera de hacer ciencia en el mundo. Pienso que a eso se refieren los autores en la parte de “Unifying a community”, en donde explican que estos proyectos facilitan la transferencia de conocimiento entre comunidades. La idea de que los programas y el mismo sistema operativo no sean privativos, brinda la posibilidad de aumentar el acceso a software robusto para analizar datos y, sobretodo, a compartir los programas y la información.
   A pesar de que esta posibilidad ya existe, yo pienso que no ha sido realmente explotada. Y no entiendo del todo la razón, por un lado puede ser el hábito de que los programas son como una caja negra para la mayoría de los usuarios y no nos hemos esforzado (ni se nos brinda una enseñanza formal en las escuelas) para entender más sobre cómputo y regresar a la línea de comandos y entender por qué y cómo funcionan los programas se ve muy complicado para algunos; por otro lado pienso que el hecho de que haya intereses económicos involucrados en el desarrollo tecnológico y científico ha bloqueado el que distribuciones libres y gratuitas llegue a más usuarios. Generalmente el usuario, por curiosidad o necesidad, es quien buscando llega al mundo del software libre, pero no es una opción que esté realmente al alcance de todos. Esto es realmente una lástima, porque pienso que se limita el potencial que estas herramientas tienen para el desarrollo de la ciencia y el conocimiento en general.
   Pienso que entre más gente sea usuario de software libre el proyecto puede seguir creciendo. Me parece sumamente necesario también que exista la posibilidad de una enseñanza de cómputo formal en las escuelas (al menos las de ciencia), y que estas abarquen los distintos sistemas operativos y distribuciones existentes.

3. Laura Figueroa dice:

   24 febrero, 2014 a las 5:37 PM

   Durante el desarrollo de la genómica se han incorporado herramientas para facilitar el procesamiento de datos, pues se ha vuelto indispensable el desarrollo de nuevos recursos informáticos en software que aumenten la velocidad de análisis.
   El uso de las herramientas de software libre se ha incrementado debido a su amplia capacidad de respuesta, actualización continua, poder computacional, flexibilidad y apertura de los controladores, posibilidad de intercambio, además del soporte del open source community.
   El uso y abundancia de las versiones y paquetes bio-informáticos más utilizados ha procurado la formación de plataformas “ad hoc” con los paquetes que faciliten la integración y la permeabilidad de herramientas especializadas que la comunidad científica necesita.
   La popularidad de estas nuevas técnicas favorecen la estabilidad, enriquecen y diversifican los paquetes y librerías, facilitan su uso, aumentan la frecuencia de actualizaciones y para la comunidad científica, facilitan la integración de datos y el intercambio de datos.
   Bio-Linux pretende conjuntar de manera amena los paquetes bio-informáticos y ofreciendo 1)Un sistema operativo completo y especializado, 2) paquetería de software preinstalada, 3) Soporte y enriquecimiento de los usuarios a partir de las facilidades de la open source community.

4. Guillermo Sánchez de la Vega dice:

   27 febrero, 2014 a las 7:58 AM

   Famine to feast: Open software for biologists (Field et al 2006)

   Existe una dependencia diaria de almacenar y analizar datos optimizando costos y sobre todo los beneficios de estas actividades. Siempre es importante tener los sistemas y equipos adecuados, que tengan las mejores plataformas de cómputo posibles. Lo anterior depende en gran medida del usuario, pues las necesidades de velocidad, estabilidad, seguridad y la capacidad de integrarse a redes son muy variadas. Como una alternativa a las plataformas en los que se deben pagar licencias de uso, se encuentran los softwares libres. El artículo nos ofrece una visión rápida sobre las bondades de ciertos programas de uso libre, en particular Biolinux como base en las ciencias genómicas.

   Comúnmente se habla de sistemas de cómputo ideales, sin embargo este depende de lo que el usuario necesita en términos de requerimiento, costo y disponibilidad. Con el desarrollo de las ciencias Oomicas o de la vida, se ha hecho necesaria una síntesis de datos con la mayor rapidez posible.

   La aparición de diferentes softwares libres ayuda en la solución de problemas a bajo costo, siendo Linux el más popular, bajo el cual se encuentra diferentes proyectos y programas, como el caso de biolinux, el cual permite optimizar tiempo y espacio en los procesos de análisis de datos. Ante la creciente y diversa oferta de plataformas de análisis, siempre es útil unificar criterios que permitan comparaciones más eficientes.

5. Alejandra Gutiérrez dice:

   27 febrero, 2014 a las 2:05 PM

   Actualmente, el avance de las disciplinas científicas está dado sustancialmente por las innovaciones en el campo de la bioinformática. Los recursos con los que se cuenta para el análisis de los datos son muy importantes pues prevén los algoritmos adecuados (o más próximos) para poder aprovechar al máximo la información biológica con la que contamos. Hace falta concientizar (alentar y capacitar) a la comunidad científica a utilizar sistemas operativos/programas de creaciones “caseras” y muchas veces pensadas en pro del avance en ciertos campos. Es el desconocimiento, y en ocasiones la aparente dificultad en el proceso de instalación así como en la familiarización con las plataformas lo que hace renuente al usuario a explorar posibilidades que en el fondo, son más amigables y que en muchas veces se ajustan mejor a sus necesidades. Ahora más que nunca debido las exigencias y los avances en el campo de la bioinformática hace falta promover de manera más determinante que los grupos de trabajo sean multidisciplinarios debido a que muchas veces las deficiencias dadas por la formación del científico o el análisis y/o proceso informático correcto de los datos retrasa la producción dentro del campo. Es muy cierto que hay perder el miedo a manejar de una mejor manera nuestros recursos informáticos y empezar a pensar de una manera más redonda….es decir, hablar dentro de las áreas relacionadas con un lenguaje más claro y entendible porque si bien es cierto que la informática nos resuelve muchas cosas también nos da dolores de cabeza que nos hacen seguir “encriptados” en un estado de negación hacia las tecnologías disponibles.

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