Bioinformática 7
Alineamientos múltiples
Primero, quiero un control de lectura de http://132.247.90.91/bioinfo/1994_Thompson_Clustal.pdf
De las familias de proteínas que encontraste en el ejercicio anterior (cd-hit o blast).
1. Identifica una familia de entre 40-50 copias en el proteoma de una especie.
2. Genera un archivo multifasta con las secuencias de proteínas de esa especie, prueba con el comando fastacmd o blastdbcmd
3. Utiliza las siguientes herramientas para hacer un alineamiento múltiple de proteínas: clustalw,clustalx,muscle y mafft
4. Abre los archivos de los alineamientos en los siguientes visualizadores: seaview, jalview, clustalx
¿Hay diferencias entre los distintos alineadores que utilizaste?
¿Qué diferencias hay entre seaview, jalview y clustalx?
Pega un vínculo en dropbox o copy a tus archivos de alineamientos
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