Bioinformática 17 de noviembre

Ejercicios de RNAseq.

Vamos a utilizar R y Bioconductor. El ejercicio de hoy consiste en tratar de llevar a cabo el análisis de RNAseq descrito a continuación:

http://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/

Traten de trabajar con los ejemplos incluidos en los paquetes. Si descargan los fastq y hacen los alineamientos desde cero pueden tardar mucho tiempo. Tengan cuidado de descargar solamente los archivos necesarios. Lean bien el tutorial antes de ponerse a hacer cada parte. Comienza desde:  Locating alignment files

Bioconductor y algunas librerias de R se encuentran ya instaladas en el Linux que se les proporcionó. Si necesitan instalar paquetes o Bioconductor completo sigan las instrucciones: http://www.bioconductor.org/install/

Si necesitan instalar paquetes de R desde ubuntu hay varias formas, una es invocando install.packages(«nombre_del_paquete») desde R. También es posible usando apt-get install (necesitan permisos administrativos).

Lo que hay que entregar (hasta la tarde del próximo domingo 22) es la bitácora de trabajo y las figuras generadas, todo en un archivo pdf de forma individual, aunque lo pueden trabajar por equipos.

Los tutorales, de R que se comentaron en clase son:
http://swirlstats.com/students.html
http://tryr.codeschool.com