Tn-seq: Una aproximación para estudiar la adecuación y la interacción genética en microorganismos

Tn-seq se basa en la construcción de una biblioteca saturada con inserciones de transpones. Después de la selección de biblioteca (sometiendo a los mutantes a una condición determinada) los cambios en la frecuencia de inserción de cada mutante se determinan al secuenciar en masse de las regiones flanco de las inserciones. Estos cambios en la frecuencia se utilizan para calcular la adecuación de cada mutante. En este trabajo se construyó una biblioteca con el transposon mariner y se determinó la adeucación para cada gen de Streptococcus pneumoniae y se buscó la interacción con 5 genes, logrando obtener una red de interacciones.

Obtenido de Opijnen, 2009.

Bibliografia:

Tim van Opijnen, Kip L Bodi & Andrew Camilli (2009) Tn-seq: high-throughput parallel sequencing for fitness and genetic interaction studies in microorganisms. Nature methods 6:10