2017 Bioinformática práctica 22 de agosto
Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium
Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo).
De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente:
Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/24/3/319.full
Contesta el siguiente cuestionario.
Aquí se encuentra un manual de los comandos de BLAST en formato PDF
Actividades:
1. Formatear bases de datos (para blast) de nucleótidos de un par de archivos ffn que se elijan. (buscar qué comando y calificadores se utilizan para este fin).
2. Formatear bases de datos de aminoácidos (para blast) de otro par de archivos faa que se elijan. (buscar qué comando y calificadores se utilizan para este fin).
3. ¿Qué información aparece con el comando blastall?
4. Corre un blastn con 10 genes que escojas de los archivos ffn contra las bases de datos ffn generadas en (1)
5. Experimenta distintos formatos de salida:
0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = XML Blast output,
6 = tabular,
7 = tabular with comment lines,
8 = Text ASN.1,
9 = Binary ASN.1,
10 = Comma-separated values,
11 = BLAST archive format (ASN.1)
6. Corre un BLASTX entre un archivo de nucléotidos y alguna de las bases de datos de aminoácidos.
7. ¿Qué es el calificador num_threads?
8. Aumenta el valor de num_threads a 2; Vuelve a correr el BLASTX del paso 6 ¿Qué diferencia notas? *solo si tienes más de 1 procesador en tu computadora o virtualbox
9. Del artículo de Moreno-Hagelsieb que revisaste, ¿para qué versión de BLAST está hecho? ¿Cuántas existen?
10. ¿Cuál es la función del comando legacy_blast / legacy_blast.pl?
11. ¿Cómo correrías un BLAST bidireccional?
12. ¿Qué diferencia hay entre blastn y blastall -p blastn?
Pega tus respuestas y el historial de lo que has hecho en la última sección del siguiente formulario, que contiene las preguntas de teoría
