Comparando manzanas y naranjas? Secuenciación de alto rendimiento y su impacto en los análisis de microbioma
La secuenciación de alto redimiendo consta múltiples protocolos. Para cada uno de estos se han desarrollado varias metodologías, lo cual puede significar que los resultados de un estudio no puedan ser comparables con los de otro.
En este paper comparan el impacto de estas metodologías en las misma data. Observan que el factor con el mayor efecto en la diversidad de las muestras es la plataforma de secuenciación (comparan HiSeq, MiSeq y Ion PGM). Este efecto se observa en menor magnitud para metagenomas por shotgun. No obstante, observan un efecto grande en la elección del software el ensamblaje y asignación taxonómica. También observan que aunque MiSeq y Ion PGM proveen información valuable, para lugrar una máxima calidad de análisis y rescatar la diversidad bacteriana se requiere una plataforma que provea mayor profundidad de secuenciamiento como el HiSeq. Para amplicones por su parte, observan un efecto importante (menor que el bias por la plataforma empleada) en la región del gen 16sRNA que la variación entre sujetos.
Recomiendan que los laboratorios con intereses particulares en cientos microbios y ambientes optimicen y empleen protocolos similares a fin de reducir este sesgo.
