Secuenciando DNA a lo gigante con Nanoporos
Hace tiempo que me gustaría tener uno de estos aparatejos. En la carrera de secuenciación masiva de DNA la secuenciación mediante nanoporos ha sido un anhelo, comenzó casi como mito y anunciado con mucha premura, luego lo hicieron disponible a centros de secuenciación establecidos y ahora está a la venta libre.
Los nanoporos son una fusión entre la biología y el estado sólido (electrónica) donde se utilizan proteínas que forman poros y quedan embebidas en una matriz de estado sólido que tiene cambios de potencial eléctrico cuando pasan cosas a través del poro. El cambio del potencial eléctrico se puede calibrar por cada una de las bases del DNA y de esta forma se lee. Una de las ventajas de los nanoporos es que se puede secuenciar DNA con todo y cosas pegadas, cosas como modificaciones epigenéticas y que no se requieren pasos previos de amplificaciòn del material a secuenciar (PCR).
En el artículo de Jain y compañía se demuestra una prueba de concepto de la secuenciación de algo tan grande como un genoma humano (3200 Mb) utilizando nanoporos. Los resultados se ven espectaculares y se generaron lecturas de hasta 882,000 pb!! El desempeño del aparato es de 450 bases/segundo, la salida está entre ~0.5 y 5.5 x 10^9 pares de bases, lo que es algo variable.
Mucho del software para el análisis de los datos se está desarrollando, desde el llamado de bases… Contrastan resultados contra la competencia (PacBio) y validan calidades con llamado de SNPs a chips de Illumina. También hacen secuenciación por bisulfito y lo comparan con bases metiladas detectadas por nanopore. En fin se ve super buena la cosa y hay que hacerlo con la debida precaución si se consigue un aparatejo de estos ya que estos papers son para vender la idea.
Referencia:
Delgado-baquerizo, Manuel, Angela M Oliverio, Tess E Brewer, Alberto Benavent-gonzález, David J Eldridge, Richard D Bardgett, Fernando T Maestre, Brajesh K Singh, and Noah Fierer. 2018. “Bacteria Found in Soil” 325: 320–25. https://www.nature.com/articles/nbt.4060
