Búsqueda de diversidad genómica en distintos linajes de poblaciones bacterianas
En un intento de romper las barreras y limitaciones de las comparaciones entre secuencias del gen rRNA 16S para definir unidades taxonómicas ecológicamente relevantes, McMahon y colaboradores investigan los patrones de heterogeneidad genómica a nivel de poblaciones bacterianas en metagenomas de lagos a lo largo de 5 años, utilizando 33 genomas correspondientes a dos linajes de Alphaproteobacteria y Actinobacteria obtenidos de dichos ambientes que son empleados referencia para el reclutamiento de lecturas metagenómicas y un análisis de Identidad nucleotídica genómica. Los autores encontraron que existe variabilidad en cuanto a la abundancia de los distintos linajes a través de la serie temporal y que algunos linajes (Alphaproteobacteria) particulares son muy estables a través del tiempo, mientras que otros (Actinobacteria) se encuentran menos diferenciados genéticamente, formando poblaciones más discretas.
En general, los autores muestran un método que permite diferenciar a distintos linajes bacterianos dentro de comunidades bacterianas complejas, siempre y cuando se cuente con la información genómica de distintas cepas necesaria para realizar su identificación.
Referencia:
Garcia, S. L., Stevens, S. L., Crary, B., Martinez-Garcia, M., Stepanauskas, R., Woyke, T., … & McMahon, K. D. (2017). Contrasting patterns of genome-level diversity across distinct co-occurring bacterial populations. The ISME journal, 1.
