Categoría: cursos_pasados_bioinfo

Ensamblado $wget https://github.com/dzerbino/velvet/archive/master.zip Entra al directorio donde descargaste Velvet. Descomprime velvet (unzip) entra a velvet-master lee el contenido de README.txt compila el programa entra al directorio tests ¿Cuántas secuencias tiene el archivo reads.fq.gz? Ejecuta el siguiente comando: $fastqc reads.fq.gz Ejecuta: $firefox reads.fq_fastqc/fastqc_report.html ¿Qué se genera?   Ejecuta: $evince ../Manual.pdf & $ ../velveth ensamble 31 -fastq.gz -short reads.fq.gz $../velvetg…
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Estimad@s, Para la siguiente clase les pido que traigan descargados los siguientes archivos: $wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz $wget http://eddylab.org/software/ssu-align/ssu-align-0.1.1.tar.gz $wget http://132.247.90.91/bioinfo/cog.tar.gz Instalar glimmer: $sudo apt-get install tigr-glimmer    

Fecha límite de entrega el domingo 4 de septiembre a las 23:00 El ejercicio de hoy es clave para comprender como organizar la información genómica, en particular las familias de genes/proteínas. Es una actividad por equipos de al menos 2, máximo 3 personas (obligatorio, no se califican trabajos individuales). Primero hay que hacer algunas lecturas:…
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Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974QUFIeEI5YkpGbTg/view?usp=sharing Loading…

Estimad@s alumnos: Por favor, completen el siguiente tutoral de Linux: http://ryanstutorials.net/linuxtutorial/ Este es una muy buena opción sobre el sistema que estamos utilizando: https://help.ubuntu.com/community/Beginners/BashScripting Los que ya tengan algún tipo de experiencia en Linux, pueden adelantar la lectura de Blast: https://www.dropbox.com/s/y5imiep2ksfyks4/Problem%20solving%20handbook%20in%20computational%20biology%20and%20bioinformatics.BLAST.pdf?dl=0   Loading…  

Estimad@s estudiantes: En la primer sesión se tiene que instalar un sistema que tenga un shell. Pueden descargar la imagen para quemar un DVD o instalar el sistema en USB, se puede correr una sesión en vivo (sin tener que modificar nada de tú máquina) o instalar el sistema operativo en tú máquina del siguiente…
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