Bioinformática (posgrado)1 de Septiembre
Llena el formulario de abajo con los comandos que utilizaste y las respuestas a lo que se pide:
*Lecturas para la siguiente sesión:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10195279
*Lectura del BLAST
*Puedes consultar los manuales y las aplicaciones disponibles en:
http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/index.html
- Utiliza wossname y encuentra programas que te permitan evaluar y manipular secuencias.
- Busca un programa dentro de EMBOSS que te permita hacer una tabla de uso de codones a partir de los archivos .ffn
- ¿Cuál es el codón de paro más frecuente en Agrobacterium?
- Las secuencias de genes codificantes tienen seis marcos de lectura posibles, ¿qué programa de emboss utilizarías para ver esto? Pruebalo en el primer gen del archivo NC_015508.ffn
- Si queremos buscar la información básica de cuántos genes, %GC y los nombres de las secuencias en los arhivos .ffn que programa de EMBOSS utilizarías? ¿Qué información extra da?
- Para traducir sus secuencias de los archivos .ffn a aminoácidos EMBOSS tiene varias opciones experimenta con ellas y menciona que comando elegiste y porqué.
- Identifica con grep que secuencias codifican para ABC transporter permeases en los archivos .faa
- Busca un programa con emboss que te permita extraer los ABC transporter permeases (de todos los .faa) y transfierelos a un archivo nuevo.
- Selecciona la primer y última secuencia del nuevo archivo con los aa de las ABC permeasas y di ¿Qué longitud tienen? ¿Qué identificador tienen?
- Selecciona la última secuencia y genera un nuevo archivo que contenga dos veces la misma secuencia. Haz un dotplot contra si misma, varìa el tamaño del filtro de 1 a 10. ¿Qué pasa con el aumento en el filtro?
- Selecciona 2 secuencias (distintas) de ABC transporters y ejecuta un alineador local en EMBOSS,
- Con las mismas 2 secuencias (paso 11) busca y ejecuta un alineador Global.
- ¿Cuál es la diferencia entre las salidas de ambos tipos de alineamientos?
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