Bioinformática 20 octubre 2015
Predicción de genes codificantes
Ejercicio
1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf
2. Entra al directorio /usr/share/glimmer3/scripts
g3-from-scratch.csh get-motif-counts.awk not-acgt.awk
g3-from-training.csh glim-diff.awk upstream-coords.awk
g3-iterated.csh match-list-col.awk
Describe que es lo que está haciendo cada uno de los scripts *.csh en el directorio.
3. Busca, que es un modelo interpolado de Markov
4. Selecciona un archivo fna (de Agrobacterium) de un cromosoma y corre la predicción de genes. ¿Qué archivos se generan?
Predicción de genes no codificantes
1. Descarga el código fuente de tRNAScanSE:
wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz
, el artículo lo puedes consultar en: http://nar.oxfordjournals.org/content/25/5/0955.abstract?sid=c28dd9c3-943e-44d4-99fe-15ee8a5ac051
2. Descomprime el archivo
3. Entra al directorio de tRNAscan-SE
4. Ejecuta un ls -lh y guarda la salida a un archivo
5. Ejecuta el comando
make
6. Ejecuta el comando
make install
7. vuelve a hacer un ls -lh y guarda la salida a un nuevo archivo
8. Utiliza el comando diff y di que diferencia hay entre el archivo (4) y (7)
9. Ejecuta tRNAScan sobre el cromosoma elegido anteriormente en (4; ejercicio 1)
10. Del artículo que bajaste en 1 describe con tus palabras la figura 1
11. De las opciones de tRNAScan, que diferencia hay entre usar el calificador -i y -C?
12. ¿Qué es un modelo de covarianza?
13. Con el calificador -f genera la predicción de las estructuras secundarias.
14. Copia 1 secuencia generada en (13) y pegala en el siguiente servidor:
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
Usa los parámetros por defecto y manda una búsqueda
15. Copia la primer figura de los análisis generados en 14 y comparala con los archivos generados en (13).
Búsqueda y alineamiento estructural de los 16S rRNA
1. Descarga SSU-align ftp://selab.janelia.org/pub/software/ssu-align/ssu-align-0.1.tar.gz
2. Descomprime el archivo, entra a la carpeta
3. Lee las instrucciones de instalación (cat INSTALL)
4. Para instalar sin permisos de ROOT (su, sudo):
./configure –prefix=/home/$TU_USUARIO/bin
5. Instala, ten cuidado de actualizar ~/.bashrc con las instrucciones que salen al final de la instalación
6. Concatena todos los archivos frn
7. Corre ssu-align sobre los archivo frn
8. Ejecuta ssu-draw sobre la carpeta generada en (7)
9. Explora los archivos generados en la carpeta. Haz una lista del contenido de cada archivo en la carpeta, lo que entiendas que puede ser.
10. Visualiza el pdf generado y que es lo que se observa.
11. Compara tus respuestas de (9) con lo que dice el manual: ftp://selab.janelia.org/pub/software/ssu-align/Userguide.pdf
