DNA/RNA-SIP para analizar los flujos de nutrientes en comunidades de microorganismos.

A través de sus exudados la planta recluta microorganismos del suelo, estos pueden ser una fuente de carbón o moléculas de señalizacion. Por medio de la técnica de DNA/RNA-SIP se pueden utilizar isótopos marcados para conocer los flujos de elementos (C, P o N) en la rizósfera.

Por ejemplo, 13CO2 se utiliza como sustrato, es fijado fotosintéticamente y transferido al suelo a través de exudados de las raíces, la comunidad de la rizósfera involucrada en la asimilación de exudados de la raíz se enriquece de 13C y puede separarse con centrifugación por gradiente de densidad; en combinación con  enfoques moleculares como secuenciación del gen 16S rRNA o metaproteomica se puede evaluar la composición y las actividades de esta fracción de la comunidad.

Este método puede ser una herramienta valiosa para evaluar los miembros de la comunidad que están involucrados en el flujo de nutrientes en este sistema o degradando algún compuesto en especial, también podría ser útil para la búsqueda de genes con potencial biotecnológico.

Referencia.

Haichar, F. E. Z., Heulin, T., Guyonnet, J. P., & Achouak, W. (2016). Stable isotope probing of carbon flow in the plant holobiont. Current Opinion in Biotechnology, 41, 9–13. http://doi.org/10.1016/j.copbio.2016.02.023