Planta y suelo afectan al ensamblado de la comunidad de bacterias
En este trabajo Reese y colaboradores plantean un experimento de mesocosmos en un gradiente latitudinal amplio, que son 7 puntos desde el norte de Estados Unidos (Syracuse), hasta el sur por la costa este (Florida). Adicional a las condiciones latitudinales se hacen múltiples manipulaciones del suelo inicial, asì como múltiples tratamientos de la vegetación a crecer. Las manipulaciones de suelo involucran combinaciones de suelo-arcilla-arena en distintas proporciones, mientras que las manipulaciones vegetales son con dos tipos de pastos dominantes y una tercer condición donde se deja germinar a las semillas durmientes. El objetivo era emular las condiciones de sucesión ecológica en un campo de cultivo viejo.
En su primer resultado ven variación de la alfa diversidad entre sitios, pero no entre tratamientos, cabe mencionar que esto fue hecho solamente por Shannon y por riqueza:
Pero, cuando analizan la diversidad beta mediante ordenamientos si ven diferencias en la composiciòn de la comunidad:
Cabe mencionar que la diversidad alfa de forma local puede estar influenciada artificialmente, ya que los tratamientos de suelos fueron hechos con distintos tipos de suelos que consiguieron localmente, los suelos eran de origen comercial y eran de distintas marcas.
Lo que pienso que es importante de este estudio es que tienen un diseño que permite separar efectos del suelo y de la comunidad vegetal que ellos dividen como factores bióticos y abióticos. Dentro de los parámetros fisicoquímicos miden una serie de cationes de forma cuidadosa y el objetivo de ellos es entender que variables fisicoquímicas son mejores predictores del ensamblado de comunidades microbianas. En este sentido hacen un trabajo de hacer correlaciones de abundancia de phyla con las variables fisicoquímicas que midieron y tener valores de correlaciones de Spearman para cada variable, pienso que hacen un buen trabajo con estas mediciones.
Concluyen que las diferencias enla composición del suelo son tan importantes como la comunidad vegetal par el establecimiento de la comunidad microbiana de bacterias y arqueas. Recomiendo este trabajo para entender como presentar comparaciones de múltiples variables. En la parte microbiológica me quedo con ganas de ver análisis más en detalle, ya que todas las comparaciones se quedan a nivel de phyla, además de que todas las aseveraciones funcionales son muy vagas por lo mismo: «Actinobacteria are generally considered to be copiotrophic and tipically increase in response to soil fertilization». Pienso que es un buen mensaje para la comunidad de gente trabajando en ensamble de comunidades microbianas de suelo, pero se queda muy corto en el análisis microbiológico de lo que están viendo. El trabajo que hicieron en síntesis de información en la introducción y la discusión, con la gran cantidad de referencias es muy útil para los que trabajamos en estos temas.
Referencia:
Reese, A. T., Lulow, K., David, L. A., & Wright, J. P. (2017). Plant community and soil conditions individually affect soil microbial community assembly in experimental mesocosms. Ecology and Evolution, (July), 1–10. http://doi.org/10.1002/ece3.3734
