Divergencia del microbioma entre diferentes especies
La influencia del genotipo de hospedero, el ambiente y del tipo de suelo se han reportado como fuentes de variación de las comunidades microbianas en las raíces de las plantas. En este artículo Schlaeppi y colaboradores se dedicaron a investigar la diversidad de la microbiota con un enfoque filogenético a través de tres especies del genero Arabidopsis y la especia Cardamine hirsuta como grupo externo.
Los autores colectaron muestras de raíz de Arabidopsis thaliana y C. hirsuta en dos sitios. En paralelo usaron uno de estos suelos para cultivar A. thaliana, Arabidopsis halleri, Arabidopsis lyrata y C. hirsuta. De ambos experimentos secuenciaron amplicones del gen 16S rRNA para obtener los grupos taxonómicos de cada muestra. Todos sus análisis se basaron en los miembros de la comunidad más abundantes, definidos como aquellos OTUs con al menos 20 secuencias en al menos una muestra. Para comparar la diversidad entre muestras usaron métricas de UniFrac.
Los resultados sugieren que las condiciones ambientales fueron la mayor fuente de variación, ya que las muestras se agruparon de acuerdo al lugar de donde fueron tomadas.
Posteriormente los autores analizaron las comunidades de las especies probadas en el experimento bajo condiciones controladas. Para esto utilizaron un análisis canónico de coordenadas principales (CAP) donde observaron que las comunidades de A. thaliana eran más similares a las de A. lyrata que a las de A. halleri, a opuesto a lo que sugería su filogenia. Sin embargo, todas las muestras de Arabidopsis fueron más similares entre las diferentes ellas que contra C. hirsuta.
Las Actinobacterias mostraron una fuerte influencia entre las especies de Arabidopsis y C. hirsuta. Por otro lado la abundancia de Bacteroidetes explica la diferenciación de A. halleri y el resto de las especies.
Los autores concluyen que si bien parece existir una influencia filogenética en el reclutamiento de comunidades entre Arabidopsis y C. hirsuta este fenómeno no se observa entre las especies de Arabidopsis y podría deberse a que A. thaliana y A. lyrata habitan ambientes similares a diferencia de A. halleri.
Referencia:
Schlaeppi, K., Dombrowski, N., Oter, R. G., van Themaat, E. V. L., & Schulze-Lefert, P. (2014). Quantitative divergence of the bacterial root microbiota in Arabidopsis thaliana relatives. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(2), 585-592.
