Posgrado: Lectura 10 abril

2 comentarios

1. Carlos Joaquín Pavón Vázquez dice:

   9 abril, 2014 a las 10:02 AM

   Considero que el gran aporte del artículo es hacer énfasis en el aporte que confiere la secuenciación dirigida de microorganismos en el marco de la metagenómica. Si no se hace la caracterización de genomas individuales no será posible asignar con confianza a un taxón los genomas obtenidos mediante metagenómica. El esfuerzo que esto implica es inmenso, pero es necesario si queremos llegar a tener un conocimiento decente (ya no digamos bueno) de la biodiversidad microbiana.
   Creo que es el aporte cuantitativo lo que hace al artículo digno de Nature. Cualitativamente hablando considero que el artículo no plantea nada novedoso: hace uso de métodos genómicos y filogenéticos estándar. Sin embargo, esto no impidió que obtuvieran resultados sorprendentes. Particularmente me parecen interesantes las novedades metabólicas reportadas. La transferencia horizontal eucarionte->procarionte me parece un fenómeno muy interesante y valdría la pena estudiar a fondo los mecanismos involucrados.
   Aunque sin duda se hace un aporte a la caracterización de la «materia oscura microbiana», me parece que los métodos están sesgados hacia la secuenciación de microorganismos que tengan un parecido mínimo con lo conocido. Se deben implementar métodos novedosos para poder descubrir y caracterizar microorganismos que quizás no contengan los «elementos conservados» de los cuales dependemos para secuenciar y realizar comparaciones.

2. Laura Figueroa dice:

   10 abril, 2014 a las 8:34 AM

   Ampliar la cobertura e identificar la diversidad de microorganismos ha sido objetivos de la microbiología, sin embargo, para el avance y reconocimiento de gran parte de la diversidad de microorganismos (organismos no cultivables) no han tenido grandes avances. El avance tecnológico con la secuenciación de célula única ha facilitado ampliar la resolución, y su identificación.
   El estudio Rinke pretende vislumbrar las relaciones filogenéticas a partir del aumento en la definición genética de análisis; es un estudio profundamente descriptivo sobre bacterias y archeas, a partir de la colecta en nueve lugares y de la secuenciación l genoma completo para inferir las relaciones filogenéticas entre 15 taxones con genes de copia única.
   Después de revisar el artículo uno, me gusto que corroboraran las reconstrucciones de las secuencias concatenadas con las filogenias de los genes. Sin embargo, y no sé si es por que tengo conocimiento nulo sobre las relaciones evolutivas en bacterias, pero me causa mucha curiosidad la manera de determiner los limites taxonómicos en estos microorganismos, ¿es acaso que de tener mayor información sobre los organismos hace a los taxónomos ser “splitters”?, ¿es que si las bacterias fueran “más conocidas” podríamos clasificar mejor al grupo, me refiero a tener mas características que una secuencia o determinada posición de un codon, es de verdad importante una definición taxonómica basada en la posición de un codon de paro?
   Después de revisar ya varios artículos de genómica caígo en mayores dudas sobre las técnicas, se sigue una moda por ocupar estas ponderosas resoluciones para contestar preguntas a este nivel filogenetico, y creo que: es importante su aplicación para el reconocimiento de la biota, sin embargo para las cuestiones filogeneticas no se deberían abandonar a los marcadores clasicos como el 16S, el 28S, citocromo b y el ITS creo que al momento podemos interpretar mejor estos resultados y que estas herramientas genómicas serán de gran utilidad cuando reconozcamos esa “material oscura” que aún está rodeando al genoma.

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