Bioinformática 13 de octubre
Alineamientos múltiples de secuencias.
1. Descarga el siguiente archivo:
Son algunas secuencias de transportadores ABC (OpuAC)
2. Intenta alinear las secuencias con clustalw, clustalx, muscle y mafft
3. Visualiza el resultado en seaview, jalview y clustalx (guarda las pantallas)
4. Con Seaview guarda el alineamiento en todos los formatos posibles (Mase, Phylip, Clustal, MSF, Fasta, Nexus). Copia los encabezados al formulario. ¿Qué diferencias hay en el formato?
5. Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento del paso (2) en hmmer, explora las funciones relacionadas a hmmer:
hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat
hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch
hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim
El manual de hmmer puedes consultaro en:
ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf
7. Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de markov, sube el modelo generado al siguiente servidor:
Descarga el archivo PNG generado
Contesta:
¿Qué residuos pueden ser los más relevantes y en qué posición del alineamiento se encuentran?
8. Utilizando el modelo generado en (5). Haz una búsqueda en los proteomas de los Agrobacterium y di cuantos transportadores OpuAC están presentes en el proteoma del género.
9. Con la primer secuencia del archivo descargado (1) haz un psi-blast de 8 interacciones y describe la diversidad de especies que se pueden encontrar y las funciones probables. Esto correrlo en el servidor del ncbi ( http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome )
10. Sube un vínculo de un archivo PDF (puedes irlo generando en LibreOffice Writer) en el siguiente formulario. La fecha límite de entrega es el domingo 18 de octubre (8 p.m.)
