Obtención de genomas a partir de secuencias metagenómicas

El trabajo se realizó con una muestra tomada de un biorreactor de lodos activados. El DNA se extrajo por medio de dos técnicas y se obtuvieron secuencias metagenómicas para cada técnica. Al comparar los niveles de cobertura de los scaffolds obtenidos en cada técnica, se obtuvieron agrupamientos que corresponden a bins de genomas putativos. Posteriormente, se realizó un análisis de componentes principales con base en la frecuencia de tetranucléotidos, para distinguir los bins que estuvieran compuestos por varias especies. Una vez definidas las lecturas que pertenecen a cada bin, es posible extraerlas y tratarlas como genomas independientes que se ensamblan por separado. Como resultado del trabajo, se obtuvieron 13 genomas, entre los cuales se encuentra el Phylum candidato TM7, que fue caracterizado a nivel metabólico y recibió una posible asignación taxonómica.

Albertsen, M. et al. Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes. Nature Biotechnol. 6, 533–538 (2013)