Anotación con M5NR
Actividades:
- Leer el artículo del M5NR
- Descargar el archivo con los archivos de esta clase
- La base de datos de anotación es el archivo clase.fasta que es una versión local del M5NR
- Utilizar el proteoma de Agrobacterium H13
- Sigue las siguientes instrucciones
Prueba hacer un heatmap con las funciones recien anotadas:
El heatmap se puede definir como: Una representación gráfica de datos donde los valores individuales se contienen en una matriz representada como colores (definición completa aquí). Es muy útil para analizar y agrupar, lo uso principalmente para comparar perfiles de genes, especies. Un par de ejemplos de la vida real (http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/332/figure/F4 , http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/332/figure/F3 este es muy parecido al que vamos a obtener aquí).
Pasos previos, instalar R y las bibliotecas gplots y RColorBrewer Desde R para instalar las bibliotecas:
install.packages("gplots")
install.packages("RColorBrewer")
1. Cargar el archivo:
histericograma <- read.table ("heat.data", header=TRUE, row.names=1, sep="\t")
El archivo usado para este heatmap es este: ARCHIVO), sustituirlo por el archivo que uno quiera analizar.
2. Cargar las bibliotecas:
library (gplots) library (RColorBrewer)
3. Asignar una paleta de color:
coloritos <- colorRampPalette(brewer.pal(9, "PuOr"))
4. Primer plot:
heatmap.2 (as.matrix(histericograma), key=T, symkey=F, trace="none", scale="column",
col=coloritos, dendrogram = c("column"), Rowv=T, keysize=2, cexRow=0.5, cexCol=0.5)
