Actividades: Leer el artículo del M5NR Descargar el archivo con los archivos de esta clase La base de datos de anotación es el archivo clase.fasta que es una versión local del M5NR Utilizar el proteoma de Agrobacterium H13 Sigue las siguientes instrucciones Cargando… Prueba hacer un heatmap con las funciones recien anotadas: …
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Las herramientas y programas listados a continuación serán utilizadas para resolver los ejercicios: pandaseq fastqc fastx_trimmer qiime: assign_taxonomy.py, make_otu_table.py, biom convert R phyloseq: plot_bar, plot_ordination Documentación: http://qiime.org/scripts/index.html https://joey711.github.io/phyloseq/tutorials-index.html Ejercicios. Descarga los archivos que utilizaremos para esta sesión: https://drive.google.com/drive/folders/0B4yYJADlEqTnQW9kckpvbGlrYms?usp=sharing 1. Utilizando la herramienta fastx_trimmer recorta las lecturas crudas de amplicones (R1_sub_pe.fastq y R2_sub_pe.fastq) para que tengan…
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Alineamiento de genomas Vamos a hacer alineamientos entre todos los genomas de las especies de Agrobacterium y tratar de determinar quienes son los más parecidos entre sí (visualmente). Para este objetivo vamos a utilizar el programa MUMmer. Consulte la publicación de MUMmer 3: Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C,…
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Vamos a practicar los conceptos de filogenia. Los datos a utilizar los pueden descargar de la siguiente dirección: Después de descargarlos podemos comenzar con un clásico de los análisis filogenéticos: Phylip. Pueden revisar este manual que hizo nuestro amigo el Dr. Pablo Vinuesa: http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/Cursos2RMBF/PDFs/C1/Tutorial_Pablo_Vinuesa_uso_paqute_Phylip.pdf Hagan los pasos hasta conseguir un arbol de NJ Ahora bien,…
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El día de hoy quiero que hagan un ejercicio de genómica comparativa, un diagrama de Venn comparando el número de proteínas compartidas por al menos 4 especies de Agrobacterium que están analizando. Sugerencias: 1. Utiliza BLASTp para hacer tus comparaciones. 2. La clave está en los identificadores. 3. Un formato tabular de reporte de BLAST…
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1. A partir de los resultados del ejercicio de agrupamiento en familias de proteínas de una de las especies de Agrobacterium (28 de agosto), reproduce la figura 9 del artículo de Pushker et al., 2004. Realiza la anotación con las base de datos de COG (https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTndnBfV1Y3akI4QjQ/view?usp=sharing) utilizando como criterio de corte 30% de identidad y…
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Predicción de genes codificantes Ejercicio 1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf 2. Busca, que es un modelo interpolado de Markov 3. Selecciona un archivo fna (de Agrobacterium) de un cromosoma y corre la predicción de genes. Baja el siguiente script en la carpeta en la que estes trabajando: https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974M25Wb3Zndkt6QkU/view?usp=sharing Cambia sus permisos a ejecutable:…
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