¿Heredabilidad del microbioma?
En genética clásica existen índices como el de heredabilidad. La heredabilidad, en un sentido clásico es medir el nivel de variación en rasgos fenotípicos en una población que se debe a variación genética. Osea, la variación explicada por genética, no el azar o factores ambientales.
Está imagen es fantástica para explicar la heredabilidad:
“Studies of heritability ask questions such as how much genetic factors play a role in differences in height between people. This is not the same as asking how much genetic factors influence height in any one person.”
En genética también existe un debate interminable en nature vs nurture. En este artículo se aborda que el microbioma intestinal humana no está asociada con ancestría del hospedero, además de que la constitución genética del hospedero tiene un rol mínimo en el establecimiento del microbioma. En este estudio prueban 1046 humanos con distintos grados de parentesco (desde 1° a 4° nivel). Por el otro lado, muestran que gente sin relación genética pero que comparten el mismo hogar (habitat) comparten más microbioma (20% de la varianza explicada) y que esta variabilidad se explica más por consumo de alimentos, fármacos y otras variables metabólicas.
Para determinar la heredabilidad por parte del hospedero se hizo mediante el análisis de SNPs, variables metabólicas y medidas antropométricas; por parte del microbioma este se caracterizo por medio de secuenciación de amplicones y metagenomas totales. Sin embargo, por lo que muestran en el artículo la variabilidad de esto solo fue a nivel taxonómico y por ahí se menciona que lo hicieron también con genes, pero no queda claro si se quedaron solamente con los que pudieron ser anotados para hacer correlaciones. Luego se correlacionaron las variables del microbioma con SNPs.
También desarrollan un índice que dice que tan heredable es un microbioma, pero ellos mismos mencionan que se debe de usar con cuidado, como una medida correlativa que puede ser confusa por efectos de interpretación con medidas ambientales.
Referencia:
Rothschild D., Weissbrod O., Barkan E., Kurilshikov A., Korem T., Zeevi D., Costea PI., Godneva A., Kalka IN., Bar N., Shilo S., Lador D., Vila AV., Zmora N., Pevsner-Fischer M., Israeli D., Kosower N., Malka G., Wolf BC., Avnit-Sagi T., Lotan-Pompan M., Weinberger A., Halpern Z., Carmi S., Fu J., Wijmenga C., Zhernakova A., Elinav E., Segal E. 2018. Environment dominates over host genetics in shaping human gut microbiota. Nature. DOI: 10.1038/nature25973.
