Microbioma más allá de la tumba
Existe evidencia de que los cementerios podrían ser potenciales reservorios de patógenos multirresistentes. Esto debido a análisis cultivables de microorganismos pero poco se sabe de la composición total del microbioma en estas zonas. Son de interés también ya que los cementerios podrían ser sitios de riesgo potencial para las poblaciones aledañas y los cuerpos de agua. Esto debido a las constantes actividades de excavación que podrían generar filtraciones en los cuerpos de agua.
En este estudio se analizó la composición de dos cementerios en sudáfrica, los cuales difieren de composición de suelo y no se encontraban próximos. La característica más fuerte es que se encuentran cercanos a capillas y a cuerpos de agua. 500 g de suelo fueron extraídos de cada sitio por triplicado tomando suelo de la superficie (10 cm) y a dos metros de profundidad. Desde el proceso de la toma de muestras se vieron diferencias ya que en uno de los dos sitios las características del suelo hicieron que las muestras tuvieran que ser tomadas con ayuda de un taladro.
Los triplicados fueron mezclados eventualmente en laboratorio y se extrajo el ADN para luego amplificar el gen 16S y se secuenció por Ilumina.
Se obtuvieron secuencias de los dos sitios (dos para Fontein y cuatro para Maitland). Salvo dos muestras una de cada sitio la mayor abundancia de lecturas se encontró a los dos metros de profundidad. La composición de bacterias fue de Proteobacteria (36.6%) y Actinobacteria (34.4%) y ambas fueron las más abundantes para todas las muestras, seguido de Acidobacteria (6.1%) y Firmicutes (5.4%). A nivel de género Pseudomonas y Rhodococcus son los más dominantes en muestras a 2 metros mientras que Prauserella y Staphylococcus fueron las más abundantes en muestras de superficie. En general para casi todas las muestras Pseudomonas, Corynebacterium y Staphylococcus fueron los géneros más abundantes. Los dos sitios fueron diferentes en composición
También generaron un perfil de funciones de los OTUs con PICRUSt asociando una variedad de enzimas a diferentes enfermedades humanas como cáncer, problemas cardiovasculares, enfermedades del sistema inmune, neurológicas, infecciones etc. En general estos resultados fueron más abundantes a los dos metros que en la superficie.
Entre las explicaciones para estas diferencias hablan de la accesibilidad al oxígeno y la porosidad del mismo. En cementerios explican que el movimiento del suelo es constante lo cual habla de la accesibilidad del mismo para las bacterias y también de la mayor humedad encontrada a 2 metros. Otro punto que tocan es la corrosión del metal de los ataúdes que resulta en compuestos tóxicos que pueden tener efecto en la composición del microbioma del suelo
Los autores señalan el problema creciente de suelos próximos a cementerios y también en general a zonas urbanas dada la posible acumulacion de microorganismos resistentes a antibióticos y señalan la particularidad de que los suelos profundos aunque tienen una abundancia mayor son menos diversos encontraron en ellos perfiles funcionales asociados a diferentes enfermedades humanas.
Abia, A. L. K., Alisoltani, A., Ubomba-Jaswa, E., & Dippenaar, M. A. (2019). Microbial life beyond the grave: 16S rRNA gene-based metagenomic analysis of bacteria diversity and their functional profiles in cemetery environments. Science of the Total Environment, 655, 831–841. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.11.302
