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Clasificando lecturas metagenómicas con base en sus polipéptidos predichos con Kaiju

Una de las cuestiones más importantes en el análisis de datos metagenómicos es la inferencia de la composición de la comunidad microbiana, es decir las abundancias relativas de los organismos muestreados. Tradicionalmente, este se lleva a cabo alineando las lecturas o contigs con secuencias genómicas o de proteínas en bases de datos. Sin embargo, con…
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Diversidad de bacterias, arqueas y hongos en una cronosecuencia de restauración

En el estudio de la restauración ecosistémica, poco se sabe de la diversidad de diversidad de los microorganismos del suelo y su impacto en el ciclaje de nutrientes desde un punto de vista vertical, es decir que considere la profundidad del suelo. Con esa pregunta en mente, los investigadores del presente estudio, analizaron la diversidad…
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El microbioma de los tardígrados

      Los tardígrados, también conocidos como osos de agua, son metazoarios famosos por su capacidad de sobrevivir la desecación y la congelación. A pesar de ser objeto de estudio para mecanismos moleculares, poco se sabe a cerca de los microorganismos que habitan a este animal. En este estudio, los autores se preguntaron (entre…
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La versatilidad biogeoquímica del hierro en diferentes comunidades microbianas

Al ser el hierro el cuarto elemento más abundante de la corteza terrestre, no es de extrañarse que sea fundamental en el mantenimiento de las comunidades bacterianas del suelo y de ambientes sedimentarios; en otras palabras, el hierro representa un requerimiento fisiológico para la vida. Desde la Tierra primitiva, el hierro fue relevante en la…
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Estudio de rizósferas de frijol: diferentes cultivares reclutan distinta microbiota, con capacidades metabólicas particulares

En este trabajo, se analizó la microbiota asociada a la raíz del frijol común de dos cultivares distintos, que difieren en su capacidad para resistir la invasión del hongo patógeno Fusarium oxysporum, con una variedad considerada como “susceptible” y la otra como “resistente”. Para abordar el problema utilizaron un enfoque metatranscriptómico, el cual les permitió…
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La guerra mundial entre hongos y bacterias reflejada por los patrones de diversidad microbiana en el suelo a escala global

El suelo es un sistema complicado que puede presentar una amplia gama de condiciones contrastantes, como aireación, disponibilidad de nutrientes y pH, por lo tanto es una de los ambientes con mayor diversidad microbiológica conocidos. Los dos grandes grupos de microorganismos que habitan el suelo son los hongos y las bacterias, que además de lidiar…
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Metagenómica de comunidades bacterianas de la superficie oceánica y sus estrategias ante la adquisición del hierro

La disponibilidad de hierro en el océano es muy baja y principalmente se debe a su baja solubilidad, por lo que el consumo de hierro de los microorganismos a partir de fuentes externas está limitado. La proporción de genes involucrados con el metabolismo del hierro incrementa con la disminución de la concentración de hierro en…
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Efecto de los nutrientes en el microbioma de plantas

Es este trabajo Berg y Koskella trabajan con la competencia de microorganismos en la filósfera. Investigan como la microbiota de la filósfera en tomate afecta la colonización de Pseudomonas syringae (Pst). Para su estudio, inocularon con spray distintas dosis de microorganismos, aislados previamente de filósfera, a hojas de plantas de jitomate. Después de una semana…
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Microbioma núcleo y heredabilidad en rizósfera de maíz

El presente estudio se realizó con la finalidad de comprender los factores que determinan la estructuración del microbioma de raíz en plantas de maíz. Para ello, analizaron amplicones del gen 16S rRNA de alrededor de 5 mil muestras. Las muestras colectadas correspondieron a 27 genotipos, plantados en tres localidades diferentes, que se muestrearon a partir…
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La filogenia permite detectar familias génicas relevantes para la colonización bacteriana en ambientes específicos

Conocer los genes que permiten el establecimiento de los microorganismos en el medio ambiente es uno de los principales objetivos de la microbiología moderna con el fin de desarrollar aplicaciones médicas, agrícolas, entre otras. Un factor importante a tomar en cuenta es la genealogía de los miembros de la comunidad, ya que organismos emparentados podrían…
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Aceptados al curso de bioinformática (posgrado UNAM)

Comenzamos el 7 de agosto, las instrucciones horario y salón te fueron proporcionado por correo electrónico. Si estás en esta lista y no recibiste el correo por favor contáctame.

Calificaciones biotecnología

Calificaciones finales

Reseña segunda parte del libro

Estimados, para complementar sus evaluaciones tienen hasta el 3 de junio a las 11:59 p.m. para completar esta evaluación. Pueden contestar en el siguiente vínculo: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeWltZltcH_dnWewgZNGvnDnIrL6Iwqm2dXZEDxr4SFTtJYIw/viewform?usp=sf_link O aquí mismo en la página:   Cargando…  

Mini dispositivo para estudiar interacciones planta-microorganismo

El estudio de las interacciones planta-microorganismo ofrecen una solución biológica con el potencial de impulsar la producción de alimentos.  Sin embargo resulta difícil investigar estos mecanismos  debido a la complejidad, la irreproducibilidad asociada. Una estrategia es construir sistemas modelo simplificados para permitir experimentos de laboratorio controlados y replicables. En este trabajo se presenta una descripción…
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