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En la actualidad existen diversos programas para el tratamiento de desechos de una manera sustentable.La biomasa de lignocelulosa consiste en tres polímeros: celulosa, hemicelulosa y lignina. Los procesos químicos que se emplean para la hidrólisis de estos polímeros generalmente contaminan al ambiente. En este artículo, Konanani, et. al., utilizando metagenómica, realizaron un screening de genes…
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En este artículo prueban las interacciones huésped-patógeno mediante RNAseq de los dos organismos simultaneamente durante la interacción. Este tipo de metodología nos da la posibilidad de estudiar en grado fino las respuestas transcripcionales y la regulación de dos organismos interactuando. 1. Westermann AJ, Förstner KU, Amman F, Barquist L, Chao Y, Schulte LN, et al.…
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La estructuración de las comunidades bacterianas en rizósferas se encuentra sujeta a las variables ambientales (fisicoquímicas) inherentes al suelo, que a su vez pueden ser modificadas por la presencia de las plantas, ya sea tomando o depositando nutrientes y finalmente modulando la actividad bacteriana en sus raíces. En este trabajo se muestra que la absorción…
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Con un estudio de biología de sistemas alrededor del microbioma de  Arabidopsis thaliana, Mathew T. Agler y compañía estudiaron la dinámica de la filosfera tomando en cuenta factores bióticos y abióticos. Los grupos estudiados fueron bacterias, hongos y oomicetes, y observaron que las comunidades microbianas en estos microecosistemas están reguladas principalmente por organismos ¨meollo¨, los…
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El análisis de los microbiomas nos ha enseñado que los organismos no están solos en su ambiente, no se encuentran aislados. Las interacciones microbio-microbio comienzan a estudiarse a nivel de comunidades y en este artículo estudian que implicaciones tienen los microorganismos que interactuan con una gran cantidad de integrantes de una comunidad, que aquí definen…
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En este trabajo se comparan las comunidades bacterianas de variedades de papa con diferente contenido de almidón, durante tres estados del desarrollo (plantas jóvenes, floración y senescencia) por medio de secuenciación del gen 16S rRNA. Encuentran que en las plantas jóvenes se encuentran las comunidades mas divergentes de forma cultivar-especifica, y que a lo largo…
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En este artículo se empleó metatranscriptómica para identificar los genes involucrados en las reacciones de hidrólisis de polifosfato intracelular (Ppk) y la síntesis de polifosfato (Ppx), en sedimentos marinos con presencia y ausencia de oxígeno (sistema de transporte Pit). A partir de las secuencias de 16S rRNA se observó la composición de la comunidad microbiana…
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Este algoritmo, llamado SeMeta, agrupa las lecturas metagenómicas por empalme y por cada grupo, asigna una serie de lecturas de referencia, las cuales serán las únicas utilizadas como secuencias problema para llevar a cabo la búsqueda de homólogos en bases de datos. Los hits de cada búsqueda son filtrados por bit-score y por sus frecuencias…
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Aagaard et al., realizaron un estudio clínico donde se observó que la comunidad microbiana en mujeres embarazadas varía de acuerdo al periodo gestacional y la proximidad al cervix y presenta menor diversidad y riqueza que en mujeres no embarazadas. Se compararon diversos métodos de alfa diversidad (Chao 1, Shannon y Renyi), beta diversidad (análisis no…
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En este trabajo se colectan las exudados de raíces de plantas de Arabidopsis thaliana (Col-0), estos exudados se fraccionan y se caracterizan algunos de sus componentes, para probar el efecto de los rizodepósitos en las comunidades bacterianas de un suelo. Determinaron que los compuestos fenólicos son los que tienen una mayor influencia en las comunidades…
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El artículo es el siguiente: Rime T, Hartmann M, Frey B. Potential sources of microbial colonizers in an initial soil ecosystem after retreat of an alpine glacier. ISME J. Nature Publishing Group; 2016; 1–17. doi:10.1038/ismej.2015.238 Se aborda con amplicones tanto para bacteria, archaea y hongos la dinámica de colonización de un ambiente natural. Nos sirve…
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