Este algoritmo, llamado SeMeta, agrupa las lecturas metagenómicas por empalme y por cada grupo, asigna una serie de lecturas de referencia, las cuales serán las únicas utilizadas como secuencias problema para llevar a cabo la búsqueda de homólogos en bases de datos. Los hits de cada búsqueda son filtrados por bit-score y por sus frecuencias…
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Aagaard et al., realizaron un estudio clínico donde se observó que la comunidad microbiana en mujeres embarazadas varía de acuerdo al periodo gestacional y la proximidad al cervix y presenta menor diversidad y riqueza que en mujeres no embarazadas. Se compararon diversos métodos de alfa diversidad (Chao 1, Shannon y Renyi), beta diversidad (análisis no…
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En este trabajo se colectan las exudados de raíces de plantas de Arabidopsis thaliana (Col-0), estos exudados se fraccionan y se caracterizan algunos de sus componentes, para probar el efecto de los rizodepósitos en las comunidades bacterianas de un suelo. Determinaron que los compuestos fenólicos son los que tienen una mayor influencia en las comunidades…
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El artículo es el siguiente: Rime T, Hartmann M, Frey B. Potential sources of microbial colonizers in an initial soil ecosystem after retreat of an alpine glacier. ISME J. Nature Publishing Group; 2016; 1–17. doi:10.1038/ismej.2015.238 Se aborda con amplicones tanto para bacteria, archaea y hongos la dinámica de colonización de un ambiente natural. Nos sirve…
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En este estudio se comparó la diversidad y el potencial genético de las comunidades microbianas por medio de metagenómica en seis secciones de un jal minero producido por la extracción de Pb y Zn. Estas secciones se encontraban en distintas etapas de la formación de drenaje ácido de minas. Las zonas con poca acidificación mostraron…
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Lean el siguiente artículo y a tener al día las bitácoras! PLOS Computational Biology: Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004385
En este trabajo realizaron un análisis espacial de la estructura de las comunidades de microorganismos de suelos contaminados metales pesados (Pb, Zn y Cd) al obtener el metatranscriptoma de zonas con contamiación baja, media y alta. Encontraron que los factores fisicoquímicos que determinaban la estructura de las comunidades microbianas fueron la concentración de metales, el…
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Este trabajo estudia la relación existente entre razgos fenotípicos contrastantes (diferencias en talla, biomasa y plantas que murieron) en plantas del género Salix spp. crecidas en suelos contaminados con petróleo y el microbioma de rizósfera, planteando un panorama de heredabilidad de estos razgos por medio de la inoculación de microbioma a una segunda generación de…
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Este artículo estudia las interacciones que se dan en la rizósfera del pepino, entre el agente de biocontrol Bacillus subtilis B068150 contra el patógeno Fusarium oxysporum cucumerinum. Además, analizaron el impacto que tiene dicho agente de biocontrol en la comunidad bacteriana de la riszósfera en tres suelos con diferentes características fisicoquímicas. Este análisis se realizó…
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Este trabajo estudia la variabilidad de una misma especie (16S rRNA) a nivel pangenómico de la misma poza en Cuatro Ciénegas. Además de analizar las estrategias para la asimilación de fósforo. Además remarca la importancia de que la predicción in silico tiene sus limitantes ya que varias de las auxotrofías a aminoácidos no pudieron ser…
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En este trabajo se analizan las comunidades bacterianas en un gradiente de sucesión primaria de una marisma, así como las comunidades de la rizósfera y endosfera de Limonium vulgare, una planta presente en todas las etapas sucesionales de esta marisma (5, 15, 35, 65 y 105 años). Los phyla dominantes en el suelo, rizósfera y…
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