El ejercicio resuelto (negritas) se pone como comentario en esta entrada, se evaluará. 1. Haz una carpeta nueva que se llame gene_prediction 2. Coloca un enlace simbólico del genoma de Bacillus subtilis, de la carpeta donde viva a gene_prediction ln -s /home/biolinux/NC_000964.fna /home/biolinux/gene_prediction/subtilis.fna 3. Escribe ls -lh y ¿qué te dice el nuevo archivo subtilis.fna?…
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Primero, hay que instalar bio-linux. Para determinar que opción te conviene más voy a considerar 4 escenarios: *Recomendada para el curso. Tienes Mac/Windows, con capacidad de usar Virtualbox (Procesador X64, virtualización, memoria suficiente (min 4 GB), disco duro (min 10 Gb)). Versión para Windows, para generar un disco de inicio, cargar una sesión en vivo.…
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Santamaria, M., Fosso, B., Consiglio, A., De Caro, G., Grillo, G., Licciulli, F., Liuni, S., et al. (2012). Reference databases for taxonomic assignment in metagenomics. Briefings in bioinformatics, 13(6), 682–695. doi:10.1093/bib/bbs036 Metagenomics is providing an unprecedented access to the environmental microbial diversity. The amplicon-based metagenomics approach involves the PCR-targeted sequencing of a genetic locus…
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De Filippo, C., Ramazzotti, M., Fontana, P., & Cavalieri, D. (2012). Bioinformatic approaches for functional annotation and pathway inference in metagenomics data. Briefings in Bioinformatics, 13(6), 696–710. doi:10.1093/bib/bbs070 Metagenomic approaches are increasingly recognized as a baseline for understanding the ecology and evolution of microbial ecosystems.The development ofmethods for pathway inference frommetagenomics data is of paramount…
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Konstantinidis, K. T., & Tiedje, J. M. (2007). Prokaryotic taxonomy and phylogeny in the genomic era: advancements and challenges ahead. Current opinion in microbiology, 10(5), 504–9. doi:10.1016/j.mib.2007.08.006 Advancing prokaryotic taxonomy constitutes a contemporary academic challenge as well as practical necessity. Genome sequencing has greatly facilitated the evaluation of the current taxonomic system and the development…
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