Posgrado: Sesión práctica 1. Martes 25 de febrero
Tux, the Linux penguin (Photo credit: Wikipedia)
Primero, hay que instalar bio-linux. Para determinar que opción te conviene más voy a considerar 4 escenarios:
- *Recomendada para el curso. Tienes Mac/Windows, con capacidad de usar Virtualbox (Procesador X64, virtualización, memoria suficiente (min 4 GB), disco duro (min 10 Gb)).
- Versión para Windows, para generar un disco de inicio, cargar una sesión en vivo.
- Versión para Mac, para instalar (definitivo) Linux al lado de Mac OS.
- Versión previa de Linux presente en tu equipo (basado en Debian, Ubuntu, Mint).
Pero hay más opciones, consulta este manual si quieres saber que opción te conviene:
http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/other-bl-docs/installoptionsleaflet
Es necesario que tu procesador sea de 64 bits, revisa en tu pc (windows) o mac si se cumple esta condición:
http://windows.microsoft.com/en-us/windows7/find-out-32-or-64-bit
http://support.apple.com/kb/ht3696
En Linux, en una terminal:
$ lscpu
Debiendo aparecer esto:
Architecture: x86_64
CPU op-mode(s): 32-bit, 64-bit
1. Tienes Mac/Windows/Linux, con capacidad de usar Virtualbox (Procesador X64, virtualización, etc.).
Instala VirtualBOX ( https://www.virtualbox.org/ )
Descarga el siguiente archivo http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/biolinux.ova
Importa la aplicación, usualmente se abre automático con VirtualBox, si tienes problemas ve este video: http://youtu.be/axqiuZ883A8
2. Tienes Windows y quieres instalar el sistema, o hacer un DVD o memoria flash que cargue el sistema sin modificar tus archivos.
Hay que descargar bio-linux, puedes hacerlo en el siguiente enlace
http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/bio-linux-7-latest.iso
Si quieres quemar el dvd, baja e instala software para quemar ISOs, si no tienes uno por defecto usa:http://www.freeisoburner.com/
Si quieres hacer una USB que sirva como sesión en vivo descarga e instala UNetbootin ( http://unetbootin.sourceforge.net/ ). Sigue las instrucciones de UNetBootin, selecciona que no quieres dejar espacio libre en el USB para escribir, como en esta imagen ( http://goo.gl/30YG2V ; space used to preserve files across reboots = 0 ) esto es importante! Selecciona Ubuntu 12.04 (X64) como la distribución que se va a instalar.
Reinicia tu máquina y selecciona cargar el sistema desde USB o DVD, esto varia segun la marca de PC pero usualmente después de prender es presionar alguna de las teclas F8, F9, F10, F11, F12.
Selecciona probar la sesión live de Linux.
3. Tienes Mac y quieres instalar Linux… Buena suerte…
Primero hacer esto: http://www.maclife.com/article/howtos/install_linux_your_mac
Hay que descargar bio-linux (es a lo que se refiere con DISTRO en el tutorial del enlace anterior), puedes hacerlo en el siguiente enlace:
http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/bio-linux-7-latest.iso
Si quieres quemar el dvd, baja el archivo ISO y sigue estas instrucciones: http://hints.macworld.com/article.php?story=20060619181010389
Si quieres hacer una USB que sirva como sesión en vivo descarga e instala UNetbootin ( http://unetbootin.sourceforge.net/ ). Sigue las instrucciones de UNetBootin, selecciona que no quieres dejar espacio libre en el USB para escribir, como en esta imagen ( http://goo.gl/30YG2V ; space used to preserve files across reboots = 0 ) esto es importante! Selecciona Ubuntu 12.04 (X64) como la distribución que se va a instalar.
4. Ya tienes Linux instalado (Debian, Ubuntu, Mint). Solo tienes que agregar las siguientes los repositorios del bio-linux:
sudo gedit /etc/apt/sources.list
Agregar al final del archivo las siguientes lineas y guardar:
deb http://distro.ibiblio.org/bio-linux/packages/ unstable bio-linux
deb http://ppa.launchpad.net/nebc/bio-linux/ubuntu precise main
deb-src http://ppa.launchpad.net/nebc/bio-linux/ubuntu precise main
Luego hay que actualizar los repositorios del sistema, además de agregar la llave de los paquetes:
sudo apt-get update
sudo apt-get install bio-linux-keyring
Aquí está la lista de paquetes que se pueden instalar. http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/package-list
Si eres valiente y quieres instalar todo biolinux en tu sistema tienes que dar la siguiente instrucción:
sudo apt-get install -y bio-linux*
Cuando ya tengas instalado todo, ingresa a la siguiente dirección y completa el tutorial
4 comentarios
Hola,
Escenario:
Maquina virtual con UBUNTU 10.12,
Duda: Vamos a ocupar mañana alguno de estos directorios:
-clcsequenceviewer
-dialing
-maxd
-prot4est
-sequin
-trace2dbest
Ya descargue las librerías de bio-linux pero entra en conflicto con esos directorios Intente paquete por paquete pero no resuelve nada
nop, pero si ya lo tienes en máquina virtual porqué no instalas una máquina virtual directamente con el biolinux? o usas la imagen (archivo .ova)?
Lo intenté, pero no reconoce la tarjeta de video, y bueno, instalé la maquina virtual con Ubuntu.
Resumen “Open software for biologists: from famine to feast”
Las computadoras son una herramienta de uso diario, y sus cualidades incluyen velocidad, estabilidad, seguridad y un potencial de integrar una gran gama de software de frontera. Además, este tipo de soluciones deben ser de preferencia de acceso libre. Con el desarrollo de las “omicas” el reto a terminar es generar soluciones para el análisis de datos de forma más rápida y eficiente. A menudo, el desarrollo de estas tecnologías requiere de tener un ambiente de cómputo adecuado, algo que solo se encuentra en centros especializados. Los autores argumentan que, el uso de software libre que esté correctamente configurado en una estación de trabajo puede ayudar a las investigaciones individuales. También, el software libre se presta para la modificación, distribución y un desarrollo activo por parte de la comunidad. El motor de este tipo de software es Linux. La demanda de infraestructura computacional experta en diversos campos ha permitido optimizar los sistemas para las necesidades específicas. Por lo anterior, ha emergido una plataforma de Linux que se usa para la bioinformática.
El software Biolinux (NEBC: Natural Environment Reasrch Council) está desarrollado en función de los requerimientos de los usuarios que dan solución a problemas como: un plataforma bioinformática para el desarrollo de investigaciones en “omicas”, y que pueda compartir datos además de recopilarlos. También que tenga una gran cantidad de programas bioinformáticos, y con capacidad de ser amigable con el usuario. Este tipo de software (NEBC Biolinux) está basado en Debian, y es una imagen del tipo de software que está en NEBC. El repositorio de software es una herramienta que permite la creación de nuevo software y la comunidad de Linux ha simplificado el proceso al diseñar paquetes, lo que permite ahorrar tiempo en la instalación del software y mejorar la distribución de actualizaciones. De manera paralela, la instalación de una plataforma paralela entre laboratorios, permite compartir datos, y un buen análisis y manejo de estos. Además de permitir la generación de bases de datos estandarizadas que pueden ser compartidas de manera internacional. En conjunto, la necesidad del procesamiento de datos es limitado por el acceso al poder de cómputo de alto rendimiento como lo son los clúster de computo. Al tener clones de software en distintas maquinas, permite obtener suites de computadoras para proyectos a gran escala.
El objetivo a largo plazo es llevar la visión de la ciencia electrónica proveniente de las comunidades virtuales a travesando los límites institucionales usando la tecnología de arquitectura de procesamiento paralelo en las que cada CPU/computadora son compartidos a lo largo de una red (GRID). Además, de que existen programas específicos como Condor que permite que grupos de máquinas puedan ser usadas como clúster de cómputo en lugar de que se encuentren inactivas.
Los usuarios ahora deben ser responsables por sus propios sistemas, además de que el aprendizaje es por el uso del software. Para concluir, el uso de este tipo de herramientas permite reducir costos además de que permite formar a los especialistas en ciencias de la vida con conocimientos de bioinformática y sistemas de cómputo.
Los comentarios están cerrados.