Reglas del trabajo final

Se podrán analizar los siguientes metagenomas:

a) Cuatro Ciénegas

b) Microbioma humano

Hay que elegir un sistema en cual se desee trabajar.

1. El trabajo puede se hará en equipos de trabajo de 2 a 3 personas.

2. Se tiene que elegir un problema de interés, previamente aprobado por los profesores, para analizar distintos metagenomas.

3. Los objetivos que tienen que cubrirse en el trabajo final son:

Utilizar las herramientas del curso para analizar la composición taxonómica y/o funcional de distintos metagenomas.

Hacer un análisis de funciones específicas o genes que den información taxonómica en distintos metagenomas, así como comparar los resultados con microbiomas similares.

Se evaluará la capacidad de análisis, la calidad del escrito reportando los resultados, así como se tiene que específicar qué parte fue realizada por cada estudiante.

En cuanto al formato del trabajo final:

1. Deberá ser entregado tanto en formato .doc y .pdf

2. La extensión del documento principal no debe de exceder 10 páginas (12 pto. Arial; espaciado sencillo).

3. Un máximo de dos tablas y 3 figuras adicionales al espacio del documento principal.

4. El documento principal se compone de las siguientes secciones:

Título
La página de título debe contener:

El título del artículo
La lista completa de autores, domicilio institucional y correos electrónicos.
Indicar que parte del trabajo fue realizada por cada autor.

Resumen
El resumen del manuscrito no debe de exceder las 350 palabras y se debe de estructurar de la siguiente forma: Antecedentes, el contexto y el propósito del estudio; Resultados, los descubrimientos principales; Conclusiones; un breve resumen y las consecuencias potenciales del estudio. Minimizar el uso de abreviaciones y no citar bibliografía en el resumen.

Abstract
Los mismos lineamientos descritos en resumen, pero en inglés.

Palabras clave
De tres a diez palabras clave que representen el contenido de este trabajo.

Introducción.
La sección de introducción debe de estar escrita de tal manera que sea accesible a otros investigadores, que no tengan especialización en el tema. También poner claro el marco teórico de nuestra investigación y sus metas.

Resultados y discusión.
Los resultados y la discusión pueden ser mezclados en una sola sección, o presentados de forma separada. Se permite tener encabezados informativos en forma de sub-secciones.

Métodos.
Los métodos de esta sección deben de incluir el diseño del estudio, tipo de material usado, una clara descripción de todas las comparaciones, bases de datos, y análisis empleados.

Lista de abreviaciones
Las abreviaciones deben definirse la primera vez que aparezcan en un texto, se puede hacer una lista de abreviaciones. Se incluirá antes de la bibliografía.

Bibliografía
Todas las referencias, incluidos los URLs, deben de ser numerados secuencialmente entre brackets [] en el orden en el que aparecen en el texto. Por favor eviten incluir bibliografía en exceso.

Solo son válidas referencias a artículos publicados y preprints; abstracts y datos no publicados, así como, comunicaciones personales no deben de ser incluidas en la bibliografía. Las notas al pie de página no están permitidas.

Ejemplos válidos:

Article within a journal
Koonin EV, Altschul SF, Bork P: BRCA1 protein products: functional motifs. Nat Genet 1996, 13:266-267.

Article within a journal supplement
Orengo CA, Bray JE, Hubbard T, LoConte L, Sillitoe I: Analysis and assessment of ab initio three-dimensional prediction, secondary structure, and contacts prediction. Proteins 1999, 43(Suppl 3):149-170.

In press article
Kharitonov SA, Barnes PJ: Clinical aspects of exhaled nitric oxide. Eur Respir J, in press.

Published abstract
Zvaifler NJ, Burger JA, Marinova-Mutafchieva L, Taylor P, Maini RN: Mesenchymal cells, stromal derived factor-1 and rheumatoid arthritis [abstract]. Arthritis Rheum 1999, 42:s250.

Article within conference proceedings
Jones X: Zeolites and synthetic mechanisms. In Proceedings of the First National Conference on Porous Sieves: 27-30 June 1996; Baltimore. Edited by Smith Y. Stoneham: Butterworth-Heinemann; 1996:16-27.

Book chapter, or article within a book
Schnepf E: From prey via endosymbiont to plastids: comparative studies in dinoflagellates. In Origins of Plastids. Volume 2. 2nd edition. Edited by Lewin RA. New York: Chapman and Hall; 1993:53-76.

Whole issue of journal
Ponder B, Johnston S, Chodosh L (Eds): Innovative oncology. In Breast Cancer Res 1998, 10:1-72.

Whole conference proceedings
Smith Y (Ed): Proceedings of the First National Conference on Porous Sieves: 27-30 June 1996; Baltimore. Stoneham: Butterworth-Heinemann; 1996.

Complete book
Margulis L: Origin of Eukaryotic Cells. New Haven: Yale University Press; 1970.

Monograph or book in a series
Hunninghake GW, Gadek JE: The alveolar macrophage. In Cultured Human Cells and Tissues. Edited by Harris TJR. New York: Academic Press; 1995:54-56. [Stoner G (Series Editor): Methods and Perspectives in Cell Biology, vol 1.]

Book with institutional author
Advisory Committee on Genetic Modification: Annual Report. London; 1999.

PhD thesis
Kohavi R: Wrappers for performance enhancement and oblivious decision graphs. PhD thesis. Stanford University, Computer Science Department; 1995.

Link / URL
The Mouse Tumor Biology Database [http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do]

Link / URL with author(s)
Neylon C: Open Research Computation: an ordinary journal with extraordinary aims. [http://blogs.openaccesscentral.com/blogs/bmcblog/entry/open_research_computation_an_ordinary]

Dataset with persistent identifier
Zheng, L-Y; Guo, X-S; He, B; Sun, L-J; Peng, Y; Dong, S-S; Liu, T-F; Jiang, S; Ramachandran, S; Liu, C-M; Jing, H-C (2011): Genome data from sweet and grain sorghum (Sorghum bicolor). GigaScience. http://dx.doi.org/10.5524/100012.

Figuras
Las figuras deben de ser entregadas en archivos separados, fuera del texto principal. Cada figura debe de ser ajustada al tamaño de una página (carta) en formato vertical. Si se trata de una figura compuesta se deben de poner en una sola figura el total de los paneles de la misma.

Lo formatos en los que se aceptan las figuras son:

PDF, PNG, JPG

Pies de Figuras.
Se debe incluir la información del pie de figuras al final del archivo del texto principal. Cada pie de figura debe contar con la siguiente información:

Número de Figura (secuencial, usando números arábicos – i.e. Figura 1, 2, 3, etc.); Título corto de la figura (máximo 15 palabras); pie de figura detallado (hasta 300 palabras).

Tablas.

Cada tabla debe de estar numerada y citada usando números arábicos (Tabla 1, 2, etc.). Las tablas deben de tener un Titulo (en la parte superior de la tabla) que haga un resumen de la intención de la tabla. No más de 15 palabras. Si las tablas exceden el tamaño de una página, deberan de entregarse como archivos suplementarios (archivos separados por comas, tabulaciones, xls).