Lectura 22/04/2014

2 comentarios

1. Andrés Argüelles Moyao dice:

   22 abril, 2014 a las 3:33 AM

   Las relaciones filogenéticas entre grupos requieren de muchos datos y herramientas de cómputo que permitan ensamblarlos. Esto ha limitado la resolución de las relaciones entre los grupos de plantas con semilla por la carencia de varios genomas completos. Las hipótesis existentes han obtenido distintas topologías en conflicto, y son derivadas de marcadores provenientes de plástidos. Estas topologías pueden ser corroboradas sí se utiliza un mayor número de genes nucleares. Además, es posible inferir que tipo de genes son importantes en los eventos de divergencia de las plantas. Para obtener esto, Lee y colaboradores (2011), identificaron un grupo de genes ortólogos y examinaron la distribución de los soportes por cada nodo de la filogenia generada. También, buscaron la significancia estadística de la categoría de genes involucrados en el desarrollo (gene ontology) que proporcionaran algún tipo de soporte filogenético.
   Los autores del artículo, encontraron 22833 conjuntos de ortólogos de 150 especies de plantas. Con estos ortólogos elaboraron dos árboles, uno de máxima parsimonia (MP) y el otro de máxima verosimilitud (ML) completo y con el 30% de los genes representado. Con la topología de los árboles, corroboraron la monofila de las plantas con semilla. Asimismo, colocan a Gnetophyta como gimnospermas basales extintas. Esto es interesante, porque en otros árboles los colocan como grupo hermano de las coníferas, o anidadas dentro de las Gimnospermas, o como grupo hermano de todas las plantas con semilla. Con el posicionamiento de Gnetales como grupo hermano de las gimnospermas, sustenta la interpretación de que cada carpelo es un estróbilo simple. Otro aspecto controversial que manejan los autores es el posicionamiento de las monocotiledóneas entre Nuphar y magnólidas. En su árbol, encuentran que eudicotiledóneas y magnólidas son el grupo hermano de las monocotiledonias.
   Al reducir la matriz de datos, y realizarles análisis métricos de soporte de Bremer particionado (PBS), identifican 7689 con valores positivos de PBS. De estos 4803 tienen ortologos identificables en Arabidopsis. De manera paralela, encontraron que existen nodos que están sobrerrepresentados en la cantidad de genes. Estos nodos tienen una gran cantidad de genes involucrados, por ejemplo, en los procesos catabólicos de compuestos de azufre, o de detoxificación del oxígeno y radicales libres. De manera interesante, los genes que están sobrerrepresentados, aparecen en distintos organismos que no están relacionados de manera filogenética.

2. Laura Figueroa dice:

   22 abril, 2014 a las 3:59 AM

   Estudiar las relaciones evolutivas entre los organismos ha modulado diferentes estrategias que permitan a la sistemática reconocer y clasificar a la diversidad biológica para reconstruir su filogenia. Sin embargo, elaborar una reconstrucción requiere:
   1) Un muestreo bueno entre los taxones
   2) Marcadores genéticos con la resolución apropiada para la escala temporal a datar.
   Hoy, las exploraciones genómicas ofrecen la posibilidad de reconocer muchos marcadores genéticos que favorezcan la identificación de la variación genética, como los sitios altamente conservados, sitios de variación constante y las regiones de copia única a lo largo de todo el genoma.
   El estudio de Lemmon hace una revisión de los genomas de cinco especies modelo de vertebrados, para la detección de sitios genéticos que funcionen la detección de marcadores genéticos en el resto de las especies de vertebrados, con el objetivo de proveer mecanismos metodológicos que faciliten la inclusión de organismos poco representados (peces, anfibios y reptiles). Utilizando secuencias de copia única sin elementos repetitivos y sin incidencia de indels logra condensar en 122 800bp sitos que puedan a partir de herramientas filogenéticas resolver las divergencias.
   Para lo cual es muy importante enfatizar que los autores fueron muy conservadores para la localización de zonas de alta calidad, con una buena cobertura y a partir de un ensamble cuidadosamente revisado. Así realizaron dos hipótesis filogenéticas una a partir de un análisis de concordancia y un análisis de las especies. Se tuvo el cuidado de revisar el modelo de mutación apropiado para cada gen incluido siendo que entre los árboles obtenidos las topologías y el largo de las ramas no eran siempre coincidentes.
   Lo innovador de este trabajo surge en el enriquecimiento de secuencias informativas, al ampliar secuencias identificadas con baja cobertura (ie. De copia única) en secuenciaciones quasi-de novo en organismos no modelos. Logrando a través de una selección muy cuidada de secuencias, descartando por el tamaño de la secuencia, si encontraban ortólogos.
   Esté mecanismo de enriquecimiento reduce su eficiencia en la detección de eventos de divergencia profundos, requeriría enfocar la detección de marcadores en las secuencias genéticas de la especies.

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