Agrupamiento de secuencias metagenómicas por conectividad de rutas metabólicas

Biggs y Papin proponen un algoritmo para reconstruir genomas a partir de secuencias metagenómicas tomando como base un índice de conectividad metabólica. Este índice describe la conectividad de cierta reacción con respecto a una ruta metabólica (asiganada a un contig de cierto organismo) y se calcula para todas las rutas metabólicas disponibles para una reacción (secuencia) problema; la reacción es asignada a la ruta con la que obtuvo la mayor puntuación. La puntuación depende de los sustratos y productos no utilizados hasta ahora en la ruta actual, que están presentes en la reacción problema. El método se basa en el supuesto de que todas las rutas metabólicas están efectivamente completas y toda la materia que entra a la célula es finalmente asimilada o expulsada de la misma. Los autores demuestran la utilidad de esta estrategia con 94 muestras del proyecto del microbioma humano y su complementariedad con otras estrategias de «binning» de secuencias metagenómicas.

Biggs, M. B., & Papin, J. A. (2015). Metabolic network-guided binning of metagenomic sequence fragments. Bioinformatics, btv671.