Desde hace ya algunas décadas, el marcador molecular usado por excelencia para clasificar bacterias es el gen de RNA ribosomal 16S que una vez transcrito forma parte del ribosoma bacteriano. Por esta razón, muchos estudios prospectan este marcador por medio de amplicones de PCR para conocer la diversidad taxonómica de comunidades bacterianas. Aunque este método…
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A veces cuando dos comunidades microbianas entran en contacto por primera vez, ocurre un fenómeno al que se le ha llamado “coalescencia de comunidades” y da lugar a una nueva comunidad. Es de gran importancia entender cómo las estructuras de interacción de las comunidades parentales determinan el resultado de la coalescencia. Mientras que el papel…
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El microbioma intestinal de abejas y abejorros se caracteriza por comunidades sencillas pero con una alta diversidad a nivel de cepa. Además se ha observado que entre estas cepas pueden haber diferencias en la presencia y ausencia de genes que podrían ser muy importantes a nivel funcional para sobrevivir en este ambiente. En este trabajo,…
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Las bases de datos de la Enciclopedia de Kyoto de Genes y Genomas (KEGG) son ampliamente usadas para analizar genomas y metagenomas bacterianos por su información detallada y la posibilidad de analizar rutas metabólicas visualmente. En el portal de internet de esta institución, existen servicios de anotación de secuencias como son el BlastKoala, GhostKoala y…
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La lignina es uno de los componentes principales de las biomasa de las plantas y se estima que de hecho es el segundo biopolímero más abundante en la naturaleza. A pesar de ser un compuesto fenólico, puede ser degradada vía enzimática por hongos y bacterias, además de servir como fuente de carbono. Hoy en día,…
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Se estima que hoy en día, el 55% de la población mundial habita zonas urbanas, lo cual tiene repercusiones importantes en la estructura y transmisión del microbioma humano. Una de las características de mayor interés en los microbiomas de las grandes urbes es que existe una alta frecuencia de genes de resistencia a antibióticos (AMR,…
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La minería aporta buena parte de los materiales necesarios para mantener nuestro estilo de vida: la producción de dispositivos electrónicos (como el que está usted usando para leer este texto), utensilios médicos y maquinaria dependen de ella. Uno de los métodos más empleados en la actualidad es la minería a cielo abierto, que consiste en…
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El contenido de genes de los genomas bacterianos se considera como un buen indicador de su potencial funcional a pesar de que este se encuentre regido por la maquinaria de regulación de la expresión. Esto es porque existe una tendencia a perder genes y se supone que si los genes se están manteniendo en el…
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Se sabe que los microorganismos del suelo tienen un papel fundamental en el establecimiento de las plantas ya que mantienen la estructura del suelo y la disponibilidad de nutrientes. A pesar de la reciente bonanza en investigación sobre la diversidad biológica en el suelo, el conocimiento sobre los organismos clave en el ecosistema del suelo…
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A casi 20 años de la publicación del primer borrador del genoma humano, el ensamblado del genoma se encuentra fragmentado en cientos de secuencias continuas. Esto se debe a que el genoma humano tiene un alto contenido de secuencias repetitivas que generan confusión cuando se intenta armar la secuencia a partir de lecturas cortas de…
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Uno de los problemas más graves de la industrialización es el aumento de la frecuencia de los genes de resistencia a antibióticos (ARGs) en las poblaciones microbianas debido a las actividades humanas. Aunque se sabe que el viento puede transportar microbios y otras partículas microscópicas a grandes distancias, no está claro si existe una relación…
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Conocer la tasa de crecimiento de los organismos es útil para llevar a cabo experimentos de ecología experimental y para modelar matemáticamente las dinámicas de crecimiento de comunidades. Gracias a la bonanza actual de datos de secuenciación, ha sido posible ligar ciertas características genómicas o de los propios datos de secuenciación a la velocidad de…
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Helicobacter pylori es una bacteria que habita el estómago humano que bajo ciertas condiciones puede generar úlceras y en casos graves cáncer. La demografía de esta bacteria refleja la del ser humano y ya que su transmisión se da por contacto cercano en familias y comunidades, se ha hipotetizado que existe una alta estructura en…
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El gen de rRNA 16S es el marcador molecular por excelencia en los estudios de ecología molecular para comunidades bacterianas. Aunque en teoría cada amplicón secuenciado representa a una célula de la comunidad, se sabe que muchos organismos pueden tener varias copias de este gen en su genoma e incluso se han detectado adquisiciones de…
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La fermentación del mosto por parte de los microorganismos es una de las etapas más importantes de la producción vinícola ya que interviene en el color, aroma y sabor del producto final. Aunque se sabe que varios factores pueden explicar la composición de esta comunidad microbiana, hasta ahora no se conocen a profundidad las diferencias…
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