Revisita al genoma de Bacillus pumilus SAFR-032
Bacillus pumilus, una especie que forma endosporas, ocurre naturalmente en los sistemas de raices de plantas de importancia comercial. Sorprendentemente, sus esporas presentan altas tasas de sobrevivencia al ser expuestas a condiciones espaciales en la Estación Espacial Internacional. Por su resistencia a la desecación y radiación B. pumilus SAFR-032 se ha clasificado como un organismo extremo.
Su genoma se publicó en 2007 y es utilizado a menudo como referencia para el ensamblado, corrección y anotación de genomas de especies cercanamente relacionadas. Recientemente, la secuenciación de otras cepas de B. pumilus ha revelado discrepancias en el orden de los genes, posiblemente debidos a errores en el ensamblado original del genoma de SAFR-032. Stepanov et al alinearon seis genomas de B. pumilus ensamblados de novo y detectaron dos segmentos en SAFR-032 cuya posisción no concordaba con el resto de los genomas. Uno estaba ‘desplazado’ 522 kpb y el otro invertido, ambos estaban flanqueados por secuencias repetitivas (operones rRNA y genes de transposasa). Verificaron la posición correcta de los segmentos discrepantes a partir de secuenciación de Sanger.
Los autores reanotaron el genoma la cual incluyendo genes que no se encontraron en la anotación original, entre ellos dos genes involucrados en la integridad estructural y en la esporulación y que podrían ser candidatos a conferir resitencia.
La mayoría de los genomas procariotes son borradores. Esto no es suficiente para estudiar arquitectura, función y evolución genómica. Los autores concluyen que la anotación automatizada es imperfecta y que se debe tener cuidado al utilizarla. El ensamblado equivocado de SAFR afectó el ensamblado de los genomas BP W3 y kubf1 y a los estudios de sintenia que involucraron B. pumilus
Stepanov VG, Tirumalai MR, Montazari S, Checinska A, Venkateswaran K, Fox GE (2016) Bacillus pumilus SAFR-032 Genome Revisited: Sequence Update and Re-Annotation. PLoS ONE 11(6): e0157331. doi:10.1371/journal.pone.0157331
Proposed B. pumilus SAFR-032 genome rearrangements (Stepanov et al 2016)
