Autor: Eugenia Zarza

Anotación funcional genómica rápida a través de asignación de ortología con eggNOG-mapper

La identificación de los genes originados por especiación, conocidos como genes ortólogos, es una pregunta central en biología evolutiva. La teoría dice que la retención de funciones ancestrales es más probable entre genes ortólogos que entre parálogos. En este artículo, Huerta-Cepas et al. Describen una herramienta que utiliza la base de datos de ortólogos ‘eggNOG’…
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Módulo de asociación eucariota en los genomas del fago WO de Wolbachia

Existen virus específicos para cada uno de los tres dominios: eucariontes, bacterias y archea. El presente estudio sugiere que los virus de bacterias intracelulares obligadas que infectan eucariontes pueden promover transferencias de DNA entre eucariontes y bacteriófagos. Bordenstein y Bordenstein hicieron un analisis metagenómicos de varias cepas del fago WO que infecta Wolbachia. Esta bacteria…
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Aplicación de métodos de etiquetado estocástico con códigos de barra de secuencia aleatoria para la cuantificación y secuenciación simultánea de genes 16S rRNA ambientales

Los métodos de secuenciación de nueva generación (NGS) han permitido el estudio de las comunidades microbianas a nivel molecular. En ocasiones los investigadores requieren saber el número de copias de cierta secuencia en la muestra. Para ello se han empleado métodos cuantitativos basados en PCR (qPCR y dPCR). Sin embargo el número de secuencias obtenidas…
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Revisita al genoma de Bacillus pumilus SAFR-032

Bacillus pumilus, una especie que forma endosporas, ocurre naturalmente en los sistemas de raices de plantas de importancia comercial. Sorprendentemente, sus esporas presentan altas tasas de sobrevivencia al ser expuestas a condiciones espaciales en la Estación Espacial Internacional. Por su resistencia a la desecación y radiación B. pumilus SAFR-032 se ha clasificado como un organismo…
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