Bioinformática 30 de octubre
Alineamiento de genomas
Vamos a hacer alineamientos entre todos los genomas de las especies de Agrobacterium y tratar de determinar quienes son los más parecidos entre sí (visualmente). Para este objetivo vamos a utilizar el programa MUMmer.
Consulte la publicación de MUMmer 3:
Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C, et al. Versatile and open software for comparing large genomes. Genome Biol. 2004;5: 0. Available: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=14759262
El manual se encuentra en la siguiente dirección:
http://mummer.sourceforge.net/manual/
En esta ocasión les damos permiso de instalar desde los repositorios:
sudo apt-get install mummer
sudo apt-get install gnuplot-x11
Ejercicios
- Alinee los genomas de Agrobacterium completos todos contra todos (por pares) usando nucmer y graficalos, puede guiarse de los ejemplos que se proponen en el manual, conviene que revise para qué sirve cada comando. Interprete brevemente cada comparación usando esta guía: http://mummer.sourceforge.net/manual/AlignmentTypes.pdf
- Descargue el siguiente genoma (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/Escherichia_coli/latest_assembly_versions/GCF_000005845.2_ASM584v2/GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna.gz) y utilice nucmer para alinearlo contra el genoma de Agrobacterium que desee. Grafique los resultados.
- Alinee el mismo genoma con promer, en lugar de nucmer. Grafique los resultados.
- Experimente con las opciones mummerplot (-l , -c, -S, -t, etc.).
- ¿Qué puede concluir de la comparación entre usar nucmer y promer en la comparación entre E. coli y Agrobacterium?
