Identificación simultanea de bacterias y hongos en comunidades de microorganismos. Una estrategia alternativa al uso de metagenomas, amplicones de 16S rRNA e ITS.
En este artículo los autores proponen una técnica por extracción total de RNA para detectar y cuantificar miembros de una comunidad microbiana. A diferencia del uso de metagenomas, amplicones de 16S rRNA e ITS esta técnica promete identificar al mismo tiempo y de forma más eficiente bacterias y hongos que se encuentren en las muestras. Esta estrategia se basa en la extracción de RNA total, su secuenciación, y el mapeo de las lecturas sobre una base de datos de rDNA (SILVA) consiguiendo así la asignación taxonómica de cada lectura para conocer los miembros que componen la comunidad de interés.
Para comparar los tres métodos usaron una muestra fecal de humano, a la cual agregaron 3 especies de bacterias y 3 de hongos en un rango de diferentes concentraciones. Así, después de la secuenciación del metagenoma, del RNA total, de los amplicones 16S rRNA e ITS compararon los resultados a diferentes concentraciones de inoculo. Esto les permitió, también, comparar parámetros como la abundancia en cada método.
Con el análisis por secuenciación total de RNA (meta-total RNA sequencing MeTRS) lograron recuperar los seis taxa que agregaron (3 de bacteria, 3 de hongos) a la muestra fecal, situación que por los métodos de amplificación de 16S rRNA e ITS (separados) no es posible. Incluso, por MeTRS lograron recuperar, en concentraciones menores de inoculo, los tres hongos agregados a la muestra a diferencia de el análisis por ITS donde uno de los hongos es detectado únicamente a muy altas concentraciones.
Los autores reportan haber obtenido un 80% de las lecturas con asignación taxonómica a nivel de género, resultados equiparables a lo que se obtiene por el método de amplicones de 16S rRNA. Sin embargo, los autores observan que el análisis por MeTRS es más eficiente que el análisis por metagenomas para la identificación de hongos. Por otro lado, reportan que las abundancias mediante MeTRS fueron más reproducibles en comparación con los otros métodos.
Finalmente, los autores concluyen que a pesar de ser un método más costoso y quizá más complejo metodológicamente, tiene ciertas ventajas como la identificación de bacterias y hongos de forma simultanea.
Fuente:
Cottier, F., Srinivasan, K. G., Yurieva, M., Liao, W., Poidinger, M., Zolezzi, F., & Pavelka, N. (2018). Advantages of meta-total RNA sequencing (MeTRS) over shotgun metagenomics and amplicon-based sequencing in the profiling of complex microbial communities. npj Biofilms and Microbiomes, 4(1), 2.
