El microbioma rizosférico de jitomate es consistente en distintos cultivares y suelos
Los autores de este trabajo analizan la diversidad taxonómica del microbioma de rizosfera de 11 variedades de tomate dentro de un mismo suelo y la comparan contra el microbioma de una de las variedades creciendo en 7 diferentes tipos de suelo, entre ellos, dos sustratos comerciales, con el objetivo de encontrar las similitudes y los OTUs en común que el tomate recluta en su microbioma rizosférico.
Al utilizar diferentes cultivares, encontraron que el microbioma de todas las variedades es consistente, compartiendo un microbioma núcleo conformado por 655 OTUs distribuidos en 68 órdenes bacterianos (Sphingobacteriales, Xanthomonadales, Nitrospirales, Cytophagales, Rhizobiales, Burkholderiales). Por otro lado, al utilizar los OTUs más abundantes, observaron que no hay un efecto del cultivar (genotipo del huésped) en la estructura de las comunidades. Este es un análisis cuestionable, ya que sólo toman la información de los 100 OTUs más abundantes.
Para evaluar la influencia del suelo en la estructuración de la comunidad microbiana de rizosfera, eliminan la variación genotípica y cultivan a la variedad MG en 5 suelos distintos y dos sustratos comerciales. En general, los suelos provocaron la diferenciación de los microbiomas de rizosfera y las plantas cultivadas en los sustratos comerciales presentaron las mayores diferencias en la composición del microbioma con los valores más bajos de diversidad. Además de esto, el microbioma núcleo de un genotipo fijo de tomate en los 7 suelos está constituido por un 105 OTUs en 27 órdenes, un número menor que en el experimento de cultivares.
Finalmente, los autores calcularon la diversidad beta de los microbiomas de rizosfera del experimento de cultivares y suelos para identificar la cantidad de variación explicada por el suelo y la variedad de genotipos. Los análisis de ordenamiento muestran que la mayor parte de la variación entre los microbiomas es explicada por el suelo utilizado.
En conjunto, sus resultados señalan al suelo como el primordial factor estructurante del microbioma de rizosfera en tomate; sin embargo, la planta parece seleccionar algunos pocos grupos taxonómicos que son consistentes entre genotipos y suelos.
Referencia: Cheng, Z., Lei, S., Li, Y., Huang, W., Ma, R., Xiong, J., … & Tian, B. (2020). Revealing the Variation and Stability of Bacterial Communities in Tomato Rhizosphere Microbiota. Microorganisms, 8(2), 170.ISO 690
