En este artículo caracterizan el microbioma de una planta halotolerante Suaeda salsa y analizan su microbioma tanto por secuenciación del gen 16S rRNA, como de ITS para hongos. Se explora la hipótesis de que hay un microbioma seleccionado por parte de la planta en la condición de alta salinidad. En este artículo toman algunos de los…
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Estimad@s, Para la siguiente clase les pido que traigan descargados los siguientes archivos: $wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz $wget http://eddylab.org/software/ssu-align/ssu-align-0.1.1.tar.gz $wget http://132.247.90.91/bioinfo/cog.tar.gz Instalar glimmer: $sudo apt-get install tigr-glimmer
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Fecha límite de entrega el domingo 4 de septiembre a las 23:00 El ejercicio de hoy es clave para comprender como organizar la información genómica, en particular las familias de genes/proteínas. Es una actividad por equipos de al menos 2, máximo 3 personas (obligatorio, no se califican trabajos individuales). Primero hay que hacer algunas lecturas:…
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Estimad@s alumnos: Por favor, completen el siguiente tutoral de Linux: http://ryanstutorials.net/linuxtutorial/ Este es una muy buena opción sobre el sistema que estamos utilizando: https://help.ubuntu.com/community/Beginners/BashScripting Los que ya tengan algún tipo de experiencia en Linux, pueden adelantar la lectura de Blast: https://www.dropbox.com/s/y5imiep2ksfyks4/Problem%20solving%20handbook%20in%20computational%20biology%20and%20bioinformatics.BLAST.pdf?dl=0 Loading…
En el libro Field Guidelines for Genetic Experimental Designs in High-Throughput Sequencing http://www.springer.com/gp/book/9783319313481
En este trabajo utilizan secuenciación de amplicones y un microarreglo funcional (Geochip) para caracterizar la microbiota de un sedimento de río contaminado por desechos de minería. Yin H, Niu J, Ren Y, Cong J, Zhang X, Fan F, et al. An integrated insight into the response of sedimentary microbial communities to heavy metal contamination. Sci…
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En este artículo prueban las interacciones huésped-patógeno mediante RNAseq de los dos organismos simultaneamente durante la interacción. Este tipo de metodología nos da la posibilidad de estudiar en grado fino las respuestas transcripcionales y la regulación de dos organismos interactuando. 1. Westermann AJ, Förstner KU, Amman F, Barquist L, Chao Y, Schulte LN, et al.…
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El artículo es el siguiente: Rime T, Hartmann M, Frey B. Potential sources of microbial colonizers in an initial soil ecosystem after retreat of an alpine glacier. ISME J. Nature Publishing Group; 2016; 1–17. doi:10.1038/ismej.2015.238 Se aborda con amplicones tanto para bacteria, archaea y hongos la dinámica de colonización de un ambiente natural. Nos sirve…
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Estimados, aquí van sus calificaciones hasta la fecha. Como se mencionó al inicio del curso los exámenes tienen un valor del 60%, tareas y trabajos del 30% y finalmente se califica la participación y asistencia (10%). Sus calificaciones son las estimadas. Para dudas y aclaraciones agendar cita el lunes 7 de diciembre a partir de…
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Para hacer las reposiciones es necesario llevar una identificación oficial. Loading…
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