Mil-FISH: Una aplicación útil para visualizar células bacterianas en su localización precisa en tejidos
La técnica de hibridación fluorescente in situ o FISH ha sido ampliamente utilizada en microbiología ambiental y clúnica para identificar, aislar, identificar y aislar taxas microbianos. Sin embargo, la intensidad de la señal de fluorescencia es un factor limitante para la localizar a todos los miembros de la comunidad, debido a la autoflorescencia de la matriz…
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Efectos de la formación de biofilms sobre la biolixiviación de metales pesados
La biolixiviación es un proceso llevado a cabo generalmente por bacterias autótrofas que no forman biofilms, por ejemplo Acidithiobacillus sp B12. Aunque se sabe que estas bacterias coexisten con heterótrofas que sí forman biofilms, los efectos que genera la coexistencia de ambos grupos no están claros. Jeremic y compañía abordaron este problema con un experimento…
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Análisis taxonómico y funcional de un sedimento contaminado por metales pesados.
En este trabajo utilizan secuenciación de amplicones y un microarreglo funcional (Geochip) para caracterizar la microbiota de un sedimento de río contaminado por desechos de minería. Yin H, Niu J, Ren Y, Cong J, Zhang X, Fan F, et al. An integrated insight into the response of sedimentary microbial communities to heavy metal contamination. Sci…
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Distribución espacial de actividades enzimáticas en la rizósfera
En este trabajo se analiza in situ la distribución espacial de algunas enzimas de la rizósfera de maíz y lenteja, para conocer si existen patrones espaciales específicos para cada enzima, o si este depende del sistema radical o de la especie. Analizan la ß-glucosidasa, celobiohidrolasa, leucina-aminopeptidasa y fosfatasa. Encuentran patrones específicos para cada especie y…
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Obtención de genomas a partir de secuencias metagenómicas
El trabajo se realizó con una muestra tomada de un biorreactor de lodos activados. El DNA se extrajo por medio de dos técnicas y se obtuvieron secuencias metagenómicas para cada técnica. Al comparar los niveles de cobertura de los scaffolds obtenidos en cada técnica, se obtuvieron agrupamientos que corresponden a bins de genomas putativos. Posteriormente,…
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Otra utilidad de Tn-seq: Búsqueda de genes novedosos en sistemas bien estudiados como la esporulación en Bacillus subtilis
En este trabajo realizaron un screening de genes implicados en la esporulación de Bacillus subtilis mediante una aproximación de Tn-seq. Se construyó una biblioteca de inserciones de transposones, se secuenciarion en masse las regiones flanco de dichas inserciones y se analizó la diferencia en la frecuencia de lecturas en el tiempo cero (T0, el inicio…
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Una buena guía para generar una variedad de gráficos en R
Aquí la liga al pdf del acordeón de gráficos con ggplot2 en R. https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/ggplot2-cheatsheet.pdf
Tn-seq: Una aproximación para estudiar la adecuación y la interacción genética en microorganismos
Tn-seq se basa en la construcción de una biblioteca saturada con inserciones de transpones. Después de la selección de biblioteca (sometiendo a los mutantes a una condición determinada) los cambios en la frecuencia de inserción de cada mutante se determinan al secuenciar en masse de las regiones flanco de las inserciones. Estos cambios en la…
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Tolerancia a estrés salino en maíz inducido por Bacillus
El estrés salino afecta gran parte de la superficie cultivada, se sabe que las plantas pueden tolerarlo por diferentes mecanismos como detoxificacion, regulación hormonal o síntesis de osmoprotectores. La presencia de bacterias promotoras de crecimiento vegetal genera cambios que pueden mejorar la tolerancia estrés abiótico (Tolerancia Sistémica Inducida). En este trabajo analizan los mecanismos por…
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Caracterización del microbioma en Tracoma
Tracoma es la principal infección que provoca ceguera en humanos y es causada por Chlamydia trachomatis. Se tiene evidencia de que otras bacterias son causantes de signos clínicos de tracoma de manera independiente a la infección por C. trachomatis. En Gambia, se realizó la caracterización del microbioma ocular (conjuntiva), mediante 16S rRNA, a 220 residentes.…
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La actividad de bacterias ureolíticas disminuyen la fracción biodisponible de metales pesados en jales ácidos
Se seleccionó una bacteria aislada de un jal minero en Xinjiang, China y se analizó su capacidad de biomineralizar cobre, plomo y cadmio en sustrato de jal. Se detectó un aumento en el pH y actividad de la enzima ureasa, procesos que podrían inducir la precipitación de metales pesados, ya que la ureasa es una…
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Estimando la dinámica de crecimiento poblacional mediante metagenómica
En este trabajo se utilizan medidas de cobertura de secuenciación metagenómica y la cobertura de los mismos como proxy para estimar el crecimiento poblacional. Bajo el supuesto de que el DNA cercano al origen de replicación se encuentra en mayor proporción en poblaciones que se encuentran dividiéndose activamente. Bibliografía: 1. Korem T, Zeevi D, Suez…
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