Biotecnología 1: aviso grupo
Estudiantes del grupo 5390, si horario se mantiene viernes 14:30-17:30, pero cambian de profesor de teoría al Dr. Juan Luis Chávez Pacheco Muchas gracias por su comprensión.
Clasificación de secuencias a partir de medidas dependientes e independientes de alineamiento
Este modelo, propuesto por Borozan, Watt y Ferreti, integra la información que aporta cada una de una serie de medidas de similitud de secuencias; algunas de ellas dependientes de alineamiento y otras independientes de alineamiento. Dado que algunas medidas son más informativas según las secuencias que se están analizando, este modelo pondera cada medida según…
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Obtención de metagenoma de cultivos de consorcios microbianos: Una mejor resolución de microdiversidad
En este trabajo propusieron cultivar paralelamente dos consorcios microbianos bajo las mismas condiciones que las comunidades naturales, para obtener el metagenoma de ambos y con las diferencias de abundancia de especies entre ambos consorcios reconstruir casi completamente las secuencias de los genomas de las especies. Esto lo proponen como un método para estudiar la…
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Lluvia microbiona (o bioprecipitación) y sus efectos en el medio
La hipótesis de la bioprecipitación, señala que existe un ciclo en el que las plantas liberan ciertas partículas que contienen microorganismos que llegan a formar parte de las nubes. Estos microorganismos favorecen la precipitación y con ello el desarrollo de nuevos microorganismos y el crecimiento de las plantas. En el caso de las γ-proteobacterias, la…
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Uso de técnicas de expresión génica mediada por inductores como herramienta para identificación de genes de interés provenientes de suelos contaminados.
Este trabajo presenta una técnica detallada para la captura de genes relacionados a la degradación de hidrocarburos aromáticos y poliaromáticos a partir de DNA metagenómico de suelos contaminados estos compuestos. La identificación de dichos genes se basa en la inducción por substrato (hidrocarburos aromáticos) en bibliotecas de clonas, las cuales son separadas por citometría de…
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Metagenómica: búsqueda de enzimas hidrolíticas en comunidad bacteriana simbionte de la termita Trinervitermise trinervoides.
En la actualidad existen diversos programas para el tratamiento de desechos de una manera sustentable.La biomasa de lignocelulosa consiste en tres polímeros: celulosa, hemicelulosa y lignina. Los procesos químicos que se emplean para la hidrólisis de estos polímeros generalmente contaminan al ambiente. En este artículo, Konanani, et. al., utilizando metagenómica, realizaron un screening de genes…
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Secuenciación de transcriptomas para ver la interacción huésped – patógeno
En este artículo prueban las interacciones huésped-patógeno mediante RNAseq de los dos organismos simultaneamente durante la interacción. Este tipo de metodología nos da la posibilidad de estudiar en grado fino las respuestas transcripcionales y la regulación de dos organismos interactuando. 1. Westermann AJ, Förstner KU, Amman F, Barquist L, Chao Y, Schulte LN, et al.…
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Dinámicas del balance entre factores bióticos y abióticos, un equilibrio que estructura las comunidades bacterianas en rizósferas.
La estructuración de las comunidades bacterianas en rizósferas se encuentra sujeta a las variables ambientales (fisicoquímicas) inherentes al suelo, que a su vez pueden ser modificadas por la presencia de las plantas, ya sea tomando o depositando nutrientes y finalmente modulando la actividad bacteriana en sus raíces. En este trabajo se muestra que la absorción…
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La diversidad taxonómica del microbioma de las plantas responde a organismos ¨meollo¨
Con un estudio de biología de sistemas alrededor del microbioma de Arabidopsis thaliana, Mathew T. Agler y compañía estudiaron la dinámica de la filosfera tomando en cuenta factores bióticos y abióticos. Los grupos estudiados fueron bacterias, hongos y oomicetes, y observaron que las comunidades microbianas en estos microecosistemas están reguladas principalmente por organismos ¨meollo¨, los…
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Posición Postdoctoral en Genómica Bacteriana
Estamos buscando un candidato motivado para incorporarse como postdoc para un proyecto que involucra el estudio de interacciones múltiples bacteria-bacteria utilizando RNASeq. El candidato seleccionado se incorporará a un proyecto financiado por Conacyt (Fronteras de la Ciencia). La duración del postdoc es de 12 meses con opción a renovación por un segundo período de 12…
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Microorganismos clave en una comunidad y los impactos de las perturbaciones en ellos
El análisis de los microbiomas nos ha enseñado que los organismos no están solos en su ambiente, no se encuentran aislados. Las interacciones microbio-microbio comienzan a estudiarse a nivel de comunidades y en este artículo estudian que implicaciones tienen los microorganismos que interactuan con una gran cantidad de integrantes de una comunidad, que aquí definen…
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Microbioma de cactus: ¿Determinado por las condiciones ambientales o por especificidad de huésped?
En este trabajo obtuvieron el microbioma de dos especies de cactus, Myrtillocactus geometrizans y Opuntia robusta. Realizaron un perfil filogenético de bacterias, arqueas y hongos de 6 compartimentos de la planta: el suelo distal y proximal a la raíz, la rizósfera y filósfera (epísfera), así como el interior de los tejidos de la raíz y…
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Comunidades bacterianas de la rizósfera en cultivares de papa.
En este trabajo se comparan las comunidades bacterianas de variedades de papa con diferente contenido de almidón, durante tres estados del desarrollo (plantas jóvenes, floración y senescencia) por medio de secuenciación del gen 16S rRNA. Encuentran que en las plantas jóvenes se encuentran las comunidades mas divergentes de forma cultivar-especifica, y que a lo largo…
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Metabolismo de polifosfato en sedimentos marinos.
En este artículo se empleó metatranscriptómica para identificar los genes involucrados en las reacciones de hidrólisis de polifosfato intracelular (Ppk) y la síntesis de polifosfato (Ppx), en sedimentos marinos con presencia y ausencia de oxígeno (sistema de transporte Pit). A partir de las secuencias de 16S rRNA se observó la composición de la comunidad microbiana…
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Analysis and characterization of cultivable heavy metal-resistant bacterial endophytes isolated from Cd-hyperaccumulator Solanum nigrum L. and their potential use for phytoremediation
Este trabajo reporta bacterias endófitas aisladas de una planta hiperacumuladora de Cd que presentan actividades promotoras de crecimiento vegetal y son resistentes a metales pesados. Encontraron que 4 cepas aisladas son capaces de colonizar, realizaron ensayos para evaluar el crecimiento y la acumulación de metales en tejidos vegetal de plantas germinadas de semillas inoculadas con…
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