13 de Febrero: Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria.
Pushker, R., Mira, A., & Rodriguez-Valera, F. (2004). Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria. Genome Biol, 5(4), 0. Retrieved from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=15059260
Low-temperature electron micrograph of a cluster of E. coli bacteria, magnified 10,000 times. Each individual bacterium is oblong shaped. (Photo credit: Wikipedia)
BACKGROUND: The wealth of genomic data in bacteria is helping microbiologists understand the factors involved in gene innovation. Among these, the expansion and reduction of gene families appears to have a fundamental role in this, but the factors influencing gene family size are unclear. RESULTS: The relative content of paralogous genes in bacterial genomes increases with genome size, largely due to the expansion of gene family size in large genomes. Bacteria undergoing genome reduction display a parallel process of redundancy elimination, by which gene families are reduced to one or a few me
mbers. Gene family size is also influenced by sequence divergence and physiological function. Large gene families show wider sequence divergence, suggesting they are probably older, and certain functions (such as metabolite transport mechanisms) are overrepresented in large families. The size of a given gene family is remarkably similar in strains of the same species and in closely related species, suggesting that homologous gene families are vertically transmitted and depend little on horizontal gene transfer (HGT). CONCLUSIONS: The remarkable preservation of copy numbers in widely different ecotypes indicates a functional role for the different copies rather than simply a back-up role. When different genera are compared, the increase in phylogenetic distance and/or ecological specialization disrupts this preservation, albeit in a gradual manner and maintaining an overall similarity, which also supports this view. HGT can have an important role, however, in nonhomologous gene families, as exemplified by a comparison between saprophytic and enterohemorrhagic strains of Escherichia coli.
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Genes que guardan gran similitud dan la impresión de haber evolucionado a partir de un ancestro, lo que ha llevado a agrupar a estos genes (parálogos) en familias de acuerdo a su similitud en secuencia y función. Gracias al creciente número de genomas secuenciados es que se pudieron poner a prueba las hipótesis planteadas por este grupo de trabajo. El correlacionar el tamaño del genoma con la presencia de varios genes parálogos me parece interesante. Por ejemplo, con anterioridad se había especulado la posibilidad de que genomas pequeños en bacterias parásito se debiera a que la información genética necesaria para vivir dentro de un comensal fuera poca, siendo que este ambiente es muy estable, no hay limitaciones en los nutrientes y al ser parásitos intracelulares la evasión del sistema inmune tampoco es necesaria. Así, la bacteria no requiere gran plasticidad sino especificidad, igualmente, no requiere de parálogos que en ambientes más adversos permitieran variar la captación de nutrientes o modular la respuesta a los cambios por medio de enzimas con diferentes afinidades por el sustrato. Así, la bacteria va eliminando de su genoma aquello que es prescindible, dando lugar a genomas más pequeños y con familias de genes más simplificadas.
Gracias a la observación de que en cepas de la misma especie se mantiene la relación en el tamaño de las familias de genes e incluso el mantener un patrón similar entre especies de diferentes géneros, contribuye a sugerir el análisis del tamaño de estas familias y su conservación para un análisis evolutivo. También resalta la importancia de estos genes como parte de la función biológica. Si bien, al tratarse de una conservación por transferencia vertical cuando el número de miembros de una familia es similar entre cepas de una misma especie, debe mantenerse en cuenta que existe la posibilidad de una transferencia horizontal antigua. Si el número de miembros difiere visiblemente entonces el evento de transferencia horizontal es más plausible. Así mismo, esta transferencia contribuye a generar nuevas familias de genes.
Este trabajo se centra en la idea de que el contenido de genes parálogos en los genomas bacterianos se ve incrementado con el tamaño de éstos genomas, principalmente por lo que es la expansión de las familias génicas, así como qué papel juega la transferencia horizontal de genes (HGT) en la expansión y variabilidad del genoma. Para poder contestar esto, los autores compararon el tamaño de diversas familias génicas entre distintos taxa bacterianos y se vio la distribución de éstas familias entre los genomas secuenciados de distintas cepas.
Por trabajos previos se sabe que los genomas grandes presentan un mayor número de familias génicas y parálogos que aquellos de tamaños reducidos en gran medida por que aquellos de mayor tamaño tienen una mayor proporción de genes redundantes como es el caso de Streptomyces coelicolor en donde casi el 50% de su genoma se encuentra ocupado por genes parálogos. Una excepción interesante es el caso de Pirellula, una bacteria marina que a pesar del gran tamaño de su genoma tiene un número relativamente bajo de parálogos. Una posible explicación a esto podría ser el ambiente en el cual se encuentra esta bacteria, pues el océano comúnmente es un ambiente homogéneo por lo cual no estaría requiriendo un gran número de reguladores transcripcionales.
Otro factor importante es la historia de vida de la bacteria en cuestión, pues se ha observado que aquellos organismos con un restringido número de hospederos o una vida intracelular, presentan una disminución en las familias génicas. En el caso de aquellas cepas patógenas también se sabe que si bien presentan un conjunto de genes en común, cada virotipo es portador de un conjunto de genes característicos. Este hecho da soporte a la idea de que la HGT podría estar jugando un papel en la generación y expansión de familias génicas.
Un hecho interesante es que a pesar que dentro de las mismas especies podemos encontrar una diferencia en lo que es el contenido génico, el tamaño de varias familias se ha mantenido incluso entre dos bacterias con un estilo de vida muy distinto como son Pseudomonas y Bacillus. Que estas familias se encuentren muy conservadas puede ser un indicativo de eventos de transferencia muy antiguos o de eventos de duplicación ancestrales, además de que estas familias serían importantes para su supervivencia.
Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria
El genoma procariota tiene una elevada redundancia génica, ejemplo, en Escherichia coli cerca del 30 % de las secuencias que codifican proteínas se podrían agrupar dentro de familias de genes paraloga. El número de genes paralogos y familias pareciera que esta correlacionado con el tamaño de su genoma. Al parecer los genes paralogos en procariontes son más funcionales que en eucariontes proveen diferentes especificidades para reacciones químicas similares. La presencia de genes paralogos en pequeños genomas es menor, es probable que el contenido génico sea debido a la duplicación genética como una forma de expandir el tamaño del genoma. También influye en ambiente en donde estén adaptados como el caso de Pirellula una bacteria marina que tiene pequeños grupos de familias de genes, se cree que es debido a la homogeneidad de su ambiente, como se presentó también en el artículo de “deletional bias” las grandes familias de genes se han ido acumulando probablemente por la presencia de elementos SI (secuencias insertadas), como el ejemplo de M. penetrans, que tiene un tamaño considerable en las familias que codifican lipoproteínas de membrana, pues interactúan con el sistema inmune del hospedero. La mayoría de las familias génicas fueron formadas por una duplicación génica ancestral y en suma a esto la preservación de su tamaño en diferentes cepas, de una misma especie, sugieren que los genes de las familias tienen un alto valor de sobrevivencia. Mientras que las familias que no muestran homología en parientes cercanos, se ha adquirido por THG. Las diferencias de las familias de forma interespecifica, utilizando de ejemplo E. coli y S. typhimutium que ambas tienen un tamaño similar de genoma, presentaron 572 homólogos pertenecientes a familias que diferían en tamaño entre los dos genomas y 423 pertenecientes a familias que tenía el mismo número de miembros en ambas especies. Esto puede ser un ejemplo claro de la evolución de las familias génicas en dos especies que divergieron mostrando cada uno diferencias debido a la especialización de sus hospederos. En conclusión los pequeños genomas corresponden a formas intracelulares que están protegidas a partir del hospedero. Y también la variabilidad de especificidad de antígeno justifica familias génicas en patógenos extracelulares, así las propiedades genómicas de las bacterias parecen ser enormemente por su estilo de vida especialista o generalista. El tamaño de la familia génica tiene un nivel de conservación.
En los genomas de procariontes se pueden armar grupos de genes cuyas funciones son similares y así tener familias de genes que varían en tamaño y grado de similitud. Estas familias pueden ser el resultado de remplazo incompleto de genes ortólogos, proceso en el que un gen de otro genoma se incorpora a una familia de genes con los que comparte similitud de secuencia. La divergencia entre miembros de una familia o su contenido de DNA puede ser evidencia de que se originaron por transferencia horizontal.
Para tener una idea del por qué de estos elementos redundantes en el trabajo compararon el tamaño de las familias de genes de varios grupos taxonómicos: si los miembros de una familia se obtuvieron por transferencia horizontal sus números serán variables pero si son parecidos entre sí se considera que vienen de descendencia vertical o un evento de transferencia horizontal muy antiguo.
Para identificar si la función de un gen lo predispone a formar parte de una familia se identificaron genes que sólo estuvieran presentes en una familia y encontraron que genes monocopia están sobrerrepresentados por genes de función desconocida o hipotética; los autores proponen que esto se puede deber a que la mayoría de estos genes no son genes como tal, encuentran que su secuencia es más corta (en gamma proteobacterias tienen 127 nucleótidos menos) que los genes que pertenecen a una familia.
Al comparar el tamaño de las familias dentro de una misma cepa se ve un alto nivel de conservación, aunque el tamaño de los genomas difiera significativamente, lo cual indica que el tamaño de la familia es una característica que no tiene que ver tanto con el hecho de que los genes se hayan adquirido por transferencia horizontal y más que indicar una relación con el ambiente indican su papel en procesos biológicos fundamentales.
Con la secuenciación de genomas procariontes se puso al descubierto una gran redundancia de genes la cual ya había sido observada en eucariontes. Se considera a la redundancia de genes como un elemento importante para la evolución molecular de los organismos pero solía pensarse que las bacterias al tener genomas (relativamente) pequeños no serían redundantes por lo que al encontrarse este fenómeno surgió la pregunta de cuál era la implicación de la duplicación versus la transferencia horizontal de genes. En este artículo los autores abordan esta interrogante comparando los genomas de varias taxa y evalúan la distribución de familias génicas en cepas de la misma especie y en especies taxonómicamente alejadas.
Trabajos previos habían demostrado que genomas más grandes contienen más parálogos y más familias génicas que genomas pequeños así como que existe una correlación ente el tamaño del genoma y la cantidad de familias génicas. Dado que estos trabajos se llevaron a cabo cuando no se habían secuenciado genomas mayores a 5Mbp los autores quisieron comprobar si ambos dichos se sostenían. Al hacer el análisis de los datos se dieron cuenta que ciertamente esto era verdad incluso en genomas muy grandes y encontraron organismos fuera de esa linearidad, como Pirullela que a pesar de tener un genoma muy grande tiene una cantidad reducida de parálogos, los autores adjudican esto a que este organismo vive en un ambiente relativamente homogéneo. Otra excepción son 3 especies de Micoplasmas que presentan un número mayor al esperado de paralogos, esto nuevamente correlaciona con el ambiente en el que se desarrollan ya que las familias más representadas corresponden a lipoproteínas de superficie que sirven para evadir la respuesta inmune.
Los genomas más pequeños no pueden visualizarse como ancestros de los genomas más grandes dado que el tamaño de los primeros se debe a la reducción evolutiva, como en el caso del bacilo causante de la lepra cuyo estilo de vida intracelular pudo ser importante para que se llevara a cabo la reducción.
Algo que me pareció muy interesante fue la comparación que hicieron entre diferentes taxa procariontes (Escherichia coli, Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus y Chlamydophila pneumoniae), encontraron un patrón muy similar en la distribución de las familias génicas lo que lleva a suponer que las familias se formaron por duplicaciones génicas ancestrales o por transferencia común en todas las cepas.
Se sabe que en los organismos eucariontes el punto clave para la creación de un gen es la duplicación dado que la transferencia horizontal de genes está muy limitada. A pesar de que en los procariontes la transferencia horizontal no es un evento tan frecuente se sabe que contribuye directamente al aumento en las familias génicas y que estas se encuentran conservadas entre organismos lejanos. De manera interesante se puede correlacionar los datos obtenidos con el ambiente y forma de vida del organismo; si es de vida libre en un ambiente homogéneo o heterogéneo; si es parásito o saprófito, lo que indica que las condiciones de vida de la bacteria impactan mucho sobre sus propiedades genómicas.
Comparative genome of gene-family size in closely related bacteria.
El propósito de este paper se basaba en hacer un análisis comparativo para evaluar el tamaño de las familias génicas en las bacterias emparentadas, para lo cual utilizan los genes parálogos, para comenzar, analizan la relación de genes parálogos en 127 genomas de eubacterias, de donde obtienen un dato interesante, ya que encuentran que Pirelluda, posee un gran tamaño en su genoma, sin embargo la cantidad de genes parálogos es baja, es importante este dato, ya que se ha demostrado que la presencia de genes parálogos está directamente relacionada con el incremento en el tamaño de los genomas bacterianos.
Dentro del mismo estudio, comparan bacterias de vida libre con patógenas de humanos en donde observan que las bacterias que parasitan hay una clara reducción en el número de copias de las familias génicas mientras que hay un claro incremento en la presencia de secuencias de inserción (IS) en las bacterias patógenas.
Finalmente del estudio concluyen que los eventos de transferencia horizontal son relevantaes para el incremento del tamaño en los genomas, partiendo de la idea que los genomas tienen un gran contenido de genes esenciales que son necesarios para la supervivencia de las bacterias.
Asimismo, observan que cuando el tamaño de las familias génicas entre especias muy relacionadas es semejante, se debe a un evento de tranferencia horizontal muy antiguo, mientras que cuando hay grandes diferencias, se debe a eventos recientes.
Por otro lado, se observó que la duplicación de genes en los genomas es independiente a los eventos de transferencia horizontal, sin embargo suponen que es más probable que las familias génicas se hayan expandido por eventos de transferecia horizontal que por duplición de genes.
El artículo es un análisis de los mecanismos involucrados en la adquisición de nuevos elementos genéticos en bacterias. Como antecedentes nos mencionan algunas cosas muy importantes: primero, el hecho de que hay una gran cantidad de genes redundantes en bacterias, principalmente representados por familias de genes parálogas: familias de genes que han experimentado duplicaciones dentro de una especie. Segundo, la importancia de la transferencia horizontal de genes para la adquisición de nuevos elementos genéticos. Tercero, que no se sabe con exactitud la importancia de cada uno de estos mecanismos en su contribución a la expansión y variabilidad de los genomas. Los autores examinaron 127 taxones de bacterias y los tamaños de familias genéticas dentro de estás, llegando a los siguientes resultados: el número de familias genéticas aumenta de forma directamente proporcional al tamaño del genoma, como se ve en la figura 1. Una excepción que cabría esperar es la reducción en el tamaño de las familias genéticas de organismos patógenos, puesto que muchas de estas especies toman un estilo de vida intracelular (figura 2). Otra característica interesante es que las familias genéticas que son más grandes son por media más divergentes entre sí. De todos los resultados el que me parece más interesante es el hecho de que las familias de genes homólogas entre cepas de la misma especie poseen prácticamente el mismo número de genes, lo que indica que hay un valor funcional para éstos. Me parece relevante porque se antes se creía que la redundancia funcional en organismos procariontes era mínima, y esto demuestra que no es así.
En este articulo los autores tratan de entender que factores influencian el tamaño de las familias génicas. Para empezar es importante considerar como se generan las familias génicas, una forma es la duplicación, pero no es la única, algunas se pueden formar a través de eventos como la transferencia horizontal de genes (THG), sin embargo que tan relevante es uno u otro proceso aun no es muy claro.
Un primer punto de estudio es el tamaño del genoma, el cual parece que se relaciona directamente con el tamaño de las familias génicas. Los genomas grandes suelen tener grandes familias génicas y dentro de la evolución de las mismas parece que las familias más grandes en realidad son más divergentes. Una excepción parece ser el genoma de Pirellula pues se trata de un genoma grande donde abundan pequeñas familias génicas en lugar de grandes. Esta característica parece ser una especialización al ambiente continuo donde habita. Lo cual hace reflexionar un poco pues muchas veces olvidamos que los organismos habitan en un contexto y la generalidad quizá no sea lo correcto.
Por otro lado, la expansión o la reducción de genomas puede ser en parte explicada por el crecimiento o simplificación de las familias génicas. Sin embargo, es importante aclarar que la duplicación de genes no implica que los genomas evolucionen de pequeños a grandes, en realidad la tendencia parece ser contraria.
En una comparación intra especifica (Escherichia coli, Strepto- coccus pyogenes, Staphylococcus aureus and Chlamydo- phila pneumoniae) se determino que la mayor parte de las familias génicas se habían formado por eventos de duplicación ancestral comunes. Otra comparación se hizo con genomas mas divergentes Gram-negativa (Pseudomonas) y una Gram-positiva (Bacillus), y se encontró que el tamaño de las familias génicas se conserva entre ambas. Por lo que se concluye que el tamaño del genoma es una característica ancestral y no el reflejo de eventos de THG.
Salmonella y E. coli divergieron hace 120 millones de años, Salmonela sigue siendo un comensal de reptiles y E. coli un patógeno oportunista, sin embargo muchas familias génicas se preservan. Por lo que las familias génicas se encuentran altamente conservadas y forman parte de procesos vitales en la célula, de tal manera que no son un reflejo de eventos de THG.
En este trabajo utilizaron la genómica comparativa para resolver si la duplicación génica o la transferencia horizontal contribuyen al aumento en los miembros de una familia génica en bacterias relacionadas.
En primer lugar, determinaron la contribución del porcentaje de parálogos, en el tamaño del genoma de 127 genomas de bacterias. Encontraron una correlación entre el tamaño del genoma, el tamaño de las familias génicas y el porcentaje de parálogos que contiene. Es decir, a mayor genoma, mayor número de miembros de una familia génica, y mayor porcentaje de parálogos.
A demás, compararon los tamaños de las familias génicas en genomas que están bajo una evolución reductiva (Shigella flexneri y Mycobacterium leprae), contra grandes genomas filogenéticamente relacionados. En el caso de Shigella se observó una clara reducción en el número de copias de la familia génica, lo cual parece ser mayor al que podría esperarse por una adaptación aleatoria de los elementos mobiles IS, sugiriendo que éstos últimos se insertan preferencialmente en miembros de familias génicas. En el caso de Mycobacterium el principal mecanismo por el cual se inactivan los genes, es la generación de pseudogenes por mutación.
En tercer lugar, estudiaron la distribución del tamaño de familias génicas en genomas completamente secuenciados en diferentes cepas de la misma especie (utilizando 4 especies diferentes). Se encontró un patrón considerablemente similar en distribución de familia génica, es decir, mostraron un nivel de conservación muy grande, incluso cuando el tamaño del genoma era diferente. También realizaron histogramas de familias génicas entre especies, para investigar si la conservación del tamaño de familias homologas se mantenía en genomas más divergentes, y se observó que el patrón general del tamaño de las familias se preserva también entre las especies, sugiriendo que los estilos de vida de las especies estudiadas, se han preservado por millones de años.
Finalmente se utilizó un método de ensamblaje de parálogos para responder si un solo gen que no forma una familia, ¿puede pertenecer a una categoría diferente?, sin embargo se menciona que los datos arrojados no son realísticos, ya existe un sesgo en la sobrerrepresentación de genomas secuenciados. Sin embargo, encontraron datos relativamente uniformes para genomas individuales.
En resumen, en el articulo, nos muestran datos que indican la existencia de un alto grado de conservación en las familias génicas sugiriendo que el tamaño de estas últimas, es una característica ancestral, es decir, que tienen un origen muy antiguo por HGT, o en ves de eventos de transferencia horizontal recientes.
La genómica es una herramienta que ha permitido comprender los procesos que actuan en la evolución genética. En las bacterias se ha observado que asociado a la adquisición y eliminación de material genético, hay una expansión y disminución del tamaño de las familias de genes. Este proceso se ve reflejado en la cantidad de genes paralogos que se suman en las diferentes familias influyendo en el tamaño del genoma y en la eliminación de genes redundantes genera una respuesta inversa; lo cual ha sido confirmado comparando las estiamaciones de los tamaños de los genomas con su contenido de dichos genes, observandose una correlación lineal. Esta correlación se cumple en la mayoría de los genomas analizados; sin embargo, no puede considerarse como una relación continua porque los genomas más pequeños no son más antiguos que los otros. Los genomas que tienen un número reducido de genes paralogos pertenecen a bacterias que han reducido la cantidad de material genético, siendo una respuesta de simplificación en las familias de genes existentes.
A través del análisis de la composición de estas familias se ha observado que las más grandes suelen ser las más divergentes, mientras que las pequeñas son más parecidas. Esto ha sido explicado en relación al efecto que puede generar la incorporan de nuevos genes a estas familias, sugieriendo que estos genes no han evolucinado porque no representan una ventaja competitiva o son el reemplazamiento de incompleto de otros genes.
Siguiendo la relación del tamaño de las familias de genes se ha observado que entre cepas y especies cercanas mantienen un tamaño similar, siendo el resultado de un proceso vertical. En base a esto, se ha propuesto que el mantener varias copias de genes similares es por una funcionalidad diferencial entre las diferentes copias; inverso a lo que se ha observado en las familias de genes en eucariontes. Con lo anterior se ha sugerido que la mayoría de los genes se han formado por duplicaciones o transferencias ancestrales; por lo que, los miembros de estas familias tienen un valor elevado de sobrevivencia. Al analizar bacterias de diferentes géneros, la distancia filogenética o la especialización ecológica limita la similitud entre las familias; sin embargo, se sigue manteniendo una proporsión de similitud.
En algunos casos, la transferencia horizontal puede participar en la variación del tamaño de las familias de genes; sin embargo, es más importante su participación en la formación de nuevas familias que no son homológas entre cepas o especies cercanas.
Por lo que, el que varios genes realicen funciones similares les permite formar nuevas familias, aunque las funciones que están sobrerrepresentadas en especies particulares van a relacionarse con su estilo de vida.
Es interesante el hecho de que distintos genomas (organismos) tienen distinto tamaño en sus respectivas familias génicas. El artículo me parece que hace varias deducciones muy apresuradas sobre el valor o significado de las observado. Creo que se queda en una descripción básica de cómo están las familias génicas en distintos organismos y haría falta más estudios para poder explicar el por qué se da y si se sostiene que responde en particular al estilo de vida. Me quedé con las ganas de que fuera más específico en cuanto a las familias génicas involucradas, de qué proteínas o genes se está hablando, y si los genes con un solo miembro «singletons» qué funciones tienen.
Control de lectura.
Ya en el artículo “Deletional bias . . .” habíamos advertido un cierto comportamiento sobre el genoma bacteriano: que el número de genes tiene una relación lineal con el tamaño del genoma.
Esto, aunado al hecho de que el genoma bacteriano es más pequeño que el de los eucariotas, pudo dar pie a pensar que el genoma de las bacterias es poco redundante. Este artículo parte del descubrimiento de que E. coli K12 cuenta con casi un 30% de su genoma redundante (se agrupo en familias de genes; genes tan similares que se les asignó una misma función).
¿Si analizamos los genes de varios procariotas, qué encontraríamos? Típicamente las familias de genes en casi todos los procariotas, se conforman por 2 a 30 copias. La redundancia es más común de lo que se pensaba. El artículo explora las razones de esta expansión del genoma y de su variabilidad.
Los diferentes miembros de la familia de genes se pudieron haber adquirido por transferencia horizontal, en tal caso, su número sería variable entre las distintas cepas. Si, por otro lado, el número de familias en diferentes cepas, es similar, entonces esto se debería a una descendencia vertical o a una horizontal pero muy vieja
Lo primero que se muestra es que hay una correlación entre el tamaño del genoma y el tamaño de las familias de genes: mientras más grande es el genoma, más grandes son las familias de genes, y la hipótesis es que esto se debe a la expansión de familias ya existentes y de familias nuevas.
Otro comportamiento detectado en la evolución de las familias de genes es que mientras más grande es la familia, mayor es la divergencia. Esto podría ser simplemente un efecto de alta variabilidad en una muestra muy grande, pero también puede interpretarse que las familias más viejas (más divergentes) contienen más miembros.
Para continuar analizando el posible origen de este comportamiento del genoma bacteriano, los autores plantean ahora la pregunta de si la función de los genes los predispone a formar familias; la conclusión es que algunas funciones si parecen tener inclinación a formar familias, aunque las funciones sobre representadas en una especie particular pueden depender del estilo de vida.
La comparación de los tamaños de las familias de genes en las diferentes cepas, muestra un alto nivel de conservación. Esta conservación muestra que el tamaño de la familia de genes es probablemente una característica ancestral que refleja la adquisición de parálogos por transferencia horizontal.
Control de lectura 8
Comparative genomics of gene-familiy size in closely related bacteria Pushker, R., Mira, A., & Rodriguez-Valera, F. (2004). Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria. Genome Biol, 5(4), 0.
La introducción es Buena, siempre y cuando ya tengas un conocimiento previo de los términos y conceptos que aquí te manejan. Falta un poco más de descripción del marco teórico y no obviar la terminología. La hipótesis que se plantean es que si las familias génicas se adquieren por transferencia horizontal de genes THG sus números variaran ampliamente entre diferentes cepas. La otra es que si el número de familias son similares en diferentes cepas, la descendencia vertical o una antigua THG será un origen más probable. Son muy descriptivos los resultados lo cual ayuda a un mejor entendimiento de los datos que obtuvieron. Es bueno que se hagan estudios de este tipo ya que no solo la importancia de la genómica debe radicar en la secuenciación de genomas completos sino en analizar y compararlos y descubrir las implicaciones evolutivas y en otras áreas de conocimiento. Al ver las graficas y leer los resultados lo que podemos ver es que los supuestos que se plantean al inicio se cumplen. Algo importante que ven es que también en bacterias hay redundancia génica. El genoma sufre expansión y adquiere genes de fuera. Pierde tamaño por la inserción de SI en miembros de familias génica.
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