Metatranscriptómica de suelos contaminados con metales pesados
En este trabajo, Epelde y compañía obtuvieron los metatranscriptomas de suelo de tres sitios (concentración baja, media y alta de metales pesados, respectivamente) en una mina abandonada de plomo y zinc en el norte de España. Esta técnica permite observar tanto el rRNA como el mRNA de una muestra en un momento determinado, lo cual provee información no sólo de diversidad taxonómica sino también de las posibles funciones celulares que se están llevando a cabo por parte de la comunidad. Esta información fue complementada con ensayos fisicoquímicos para conocer las concentraciones de metales pesados en los suelos, mediciones de catálisis enzimática y mediciones de biomasa. Los autores encontraron que las comunidades microbianas están dominadas principalmente por bacterias y que a mayor concentración de metales, la biomasa disminuye. Por el otro lado, no encontraron diferencias en índices de diversidad entre los sitios; sin embargo, la igualdad ecológica fue mayor en el sitio de alta concentración de metales. En cuanto al mRNA, encontraron 646 contigs con diferencias en los niveles de expresión entre los tres sitios. El mayor número de transcritos con expresión diferencial en el sitio con concentración alta de metales perteneció a la categoría de transposición y transferencia de material genético, lo cual podría estar explicando la adaptación de estos microorganismos a este ambiente. En segundo lugar, transportadores de la familia de ATP-asas de tipo P y CDF (facilitadores de difusión de cationes) presentaron el mayor número de contigs, lo cual nos revela la estrategia de tolerancia a las altas concentraciones de metales pesados. Este trabajo nos revela tanto la diversidad taxonómica como los factores funcionales que juegan un papel fundamental en las comunidades microbianas que están presentes en sitios contaminados con metales pesados.
Our results provide an example of microbial communities in long-term metal contaminated environments, in terms of composition, diversity and function of highly and differentially transcribed genes.
Epelde, L., Lanzén, A., Blanco, F., Urich, T., & Garbisu, C. (2015). Adaptation of soil microbial community structure and function to chronic metal contamination at an abandoned Pb-Zn mine. FEMS microbiology ecology, 91(1), 1-11.
