Prediciendo tendencias de sucesión ecológica en comunidades bacterianas
Rüdiger Ortiz-Álvarez y compañía analizaron la sucesión ecológica (el cambio de las comunidades biológicas a través del tiempo) en comunidades microbianas por medio de un meta-análisis. Usando la sucesión primaria como modelo, buscaron patrones en los cambios de diversidad taxonómica y funcional en estudios en donde se tuviera información de la composición del microbioma de un ambiente determinado en por lo menos dos puntos en el tiempo. Se analizaron 121 librerías de amplicones del gen rRNA 16S de cuatro ambientes distintos: asociado a intestino, asociado a planta, suelo y acuático. Además, usaron la base de datos llamada Integrated Microbial Genomes & Microbiomes (IMG) para predecir el perfil genómico y funcional de cada comunidad con base en su composición taxonómica.
Se encontró que con el paso del tiempo, la diversidad alfa, tanto taxonómica como funcional, tiende a aumentar mientras que la diversidad beta, dentro de cada tipo de ambiente, disminuye. Además, gracias a las predicciones genómicas fue posible observar que las comunidades tardías están compuestas por organismos adaptados a condiciones oligotróficas.
Aunque se hayan logrado encontrar tendencias en los cambios sucesionales de las comunidades microbianas de distintos ambientes, hay que tomar en cuenta que se descartó el 50% de las secuencias del gen rRNA 16S por no tener homólogos en la base de datos IMG. De la misma forma, la composición genética de los organismos que se encuentran secuenciados puede ser distinta a aquella de los organismos que se encuentran en los distintos ambientes analizados.
Comparison of early and late-stage successional samples in non-metric multidimensional scaling ordinations based on Bray–Curtis dissimilarities of taxonomic (a), and functional (b) matrices.
Ortiz-Álvarez, R., Fierer, N., de los Ríos, A., Casamayor, E. O., & Barberán, A. (2018). Consistent changes in the taxonomic structure and functional attributes of bacterial communities during primary succession. The ISME journal, 1.
