El metagenoma núcleo de Citrus a través del mundo
El cultivo de cítricos se lleva a cabo desde hace aproximadamente 4000 años. El género Citrus se cultiva en 140 países diferentes, implicando un amplio rango biogeográfico, produciendo hasta 122 millones de toneladas anuales. Debido a esto, el International Citrus Microbiome Consortium (2015) ha realizado el esfuerzo de muestrear suelos y rizosferas de 12 variedades Citrus en 23 locaciones representativas en todo el mundo.
En este trabajo se caracterizó la composición taxonómica y metagenómica de los suelos y rizosferas de Citrus obtenidos de Australia, Brasil, China, Italia, Sudáfrica, España y la isla francesa de Réunion con el objetivo de estudiar si existen diferencias biogeográficas en la composición y diversidad de las comunidades microbianas asociadas a estas plantas así como las características comunes de sus microbiomas.
Utilizando los datos taxonómicos de genes marcadores (amplicones de rRNA 16S) observaron que no existen diferencias en la composición del microbioma dependiendo de la región del mundo donde hayan sido obtenidas las muestras. Además de esto, no encontraron diferencias en la diversidad de suelos y rizosferas.
Posteriormente, los autores caracterizaron el metagenoma núcleo de Citrus, encontrando un número de 138 géneros bacterianos que se comparten entre todas las muestras, la mayor parte de éstos son miembros de Proteobacteria, muchos de ellos reportados como microorganismos benéficos para las plantas. A nivel de genes predichos, encontraron que 1748 están enriquecidos en las rizosferas al comparar contra los suelos y que 1417 se encuentran depletados y bajo sus valores de corte, 1620 genes pertenecen al metagenoma núcleo. Estos genes están principalmente relacionados a funciones implicadas en la interacción planta-bacteria y bacteria-bacteria, como son los sistemas de secresión, movilidad, quimiotaxis, sistemas de dos componentes y formación de biofilm. Por otro lado, los genes depletados (implicando su mayor abundancia en el suelo) tienen que ver con funciones como la fijación de carbono y fotosíntesis.
El trabajo hace un compendio de las características comunes entre los metagenomas de rizosfera dentro de un género de plantas de interés comercial y nos acerca a la mejor comprensión de los mecanismos importantes en las comunidades microbianas de raíces, así como propiedades metagenómicas interesantes de los microorganismos del suelo, los cuales no cuentan con la misma disponibilidad de nutrientes que los anteriormente mencionados.
Xu, J., Zhang, Y., Zhang, P., Trivedi, P., Riera, N., Wang, Y., … & Cubero, J. (2018). The structure and function of the global citrus rhizosphere microbiome. Nature communications, 9(1), 1-10.
