Global Catalogue of Microorganisms
En el 2013, menos de una sexta parte de las colecciones cultivables de microorganismos estaban registradas en la base de datos Culture Collection INFOrmation (CCINFO), restringiendo así la accesibilidad a estas. Con el fin de establecer un catálogo electrónico con las colecciones cultivables la World Data Centre for Microorganisms (WDCM) construyó un sistema para manejo de datos y un catálogo global llamado Global Catalogue of Microorganisms (GCM) que permite manejar colecciones cultivables y compartir información respecto a éstas.
El GCM es una base de datos que contiene información de personal involucrado en las colecciones, de fuentes de información públicas como PubMed y de la base de Patentes, hipervínculos a bases de datos externas y herramientas bioinformáticas para análisis.
El catálogo de todas las colecciones que participaron se recibió para ser integrado a la base de datos y procesado para identificar relaciones entre las colecciones. En caso de ser necesario se realizaron clasificaciones manuales por el personal del GCM. Las cepas contenidas en estos catálogos se buscaron en PubMed utilizando tanto el número de cepa como la especie. Se buscaron secuencias nucleotídicas en GenBank, secuencias proteicas en UniProt e información sobre la estructura tridimensional en la base de datos PDB. El sistema de GCM reúne y compara la información entre las colecciones para homogeneizar nomenclatura y descripciones. Cualquier resultado divergente se dirige a los proveedores de la colección para correcciones.
Al recopilar toda esta información en GCM se logra que el usuario pueda realizar búsquedas utilizando nombre del microorganismo, número de cepa, tipo de organismo, fecha de aislamiento, características fisiológicas, origen geográfico, sustrato del que se aisló, proteínas o genes específicos y publicaciones relacionadas. Esta base está conectada a Google Maps para localizar el punto de aislamiento de la cepa mediante coordenadas geográficas siempre que es posible. En este mapa están indicados los países que han participado en este proyecto. También se puede acceder a un árbol taxonómico para evaluar las relaciones entre especies además de poder utilizar BLAST y ClustalW para buscar homología de secuencias y alineamientos. Contiene también información sobre citas, información sobre genomas y patentes.
Para el año 2013, GCM contaba con 36,340 organismos en su base de datos incluyendo arqueas, bacterias, hongos y microalgas. Para septiembre de 2020 contiene 458,062 cepas, 56,136 especies, 113 colecciones y 50 países o regiones participando en el proyecto.
Referencia: Wu, L., Sun, Q., Sugawara, H., Yang, A., Zhou, Y., McCluskey, K., Vasilenko, A., Suzuki, K., Ohkuma, M., Lee, Y., Robert, V., Ingsriswang, S., Guissart, F., Philippe, D., Ma, J. (2013) Global catalogue of microorganisms (gcm): a comprehensive database and information retrieval, analysis, and visualization system for microbial resources. BMC Genomics. 14:933.
