Posgrado: Lectura 8 abril
Les recuerdo que en la pagina de Dropbox ya está el documento de word con la lista de lecturas pendientes.
Seguiré anunciando las lecturas para que puedan subir sus comentarios.
El siguiente artículo es
Eaton, D. A. R. y Richard H. Ree. 2013. Inferring Phylogeny and Introgression using RADseq Data: An Example from Flowering Plants (Pedicularis: Orobanchaceae). Syst. Biol. 62(5):689–706
Y lo presenta Carlos Pavón.
Si llegan a tener algún problema con la liga de dorpbox, mi correo es jonas_aguirre@hotmail.com
Saludos
2 comentarios
En los estudios de reconstrucción filogenética en frentan numerosos incomvenientes: 1) el muestreo de taxa; 2) selección de marcadores que brinden una buena resolución; 3) Procesos intrinsecos a la dinámica evolutiva y los procesos de divergencia, segregación incomplete de polimorfismos, intercambio entre grupos por transferencia horizontal, o introgresiones.
El trabajo de Eaton (2013) se enfoca en un grupo de alta diversificación de plantas de la familia Orobanchaceae en donde se ha sugerido que al menos para la morfología floral se ha adquirido convergencias por diferentes origenes (homoplasia), así pretenden ampliar la resolución en las relaciones filogeneticas del grupo a partir de RADseq.
Sin embargo, la detección filogenética a través de la concatenación de marcadores anónimos y utilizando métodologias de reconstrucción filogenetica como maxima verosimilitud, no se respetan los modelos de evolución, o se contemplan cuestiones fundamentales como correcciones a la tasa de tasa de mutación.
Las diferentes interacciones y fluctuaciones en el grupo, hacen necesario un amplio muestreo entre los taxa, y poner a prueba el aislamiento entre clados, así los autores prueban con un modelo de simulación a partir de la variabilidad entre los loci de las especies. Otra peculiaridad importante a partir de este planteamiento metodologíco es que no pueden discriminar entre los alelos que allos que tienen la misma ancestria y los homoplasicos en el clado con eventos de divergencia más cercanos.
Ahora bien, para tratar de comprender los eventos de intrgresión y el intercambio entre los grupos, los autores sugieren en con contexto filogeográfico la separación temporal y especial de los grupos con eventos de de contacto. Que hubiera resultado interesante de a ver se sugerido en el planteamiento metodologico se hubieran incorporado muestras que incluyeran los diferentes patrones de aislamiento y contacto, o en el poer de los casos incorporar un análisis de patrones de aislamiento y migración en los modelos de simulación.
Apesar de las nuevas estrategias metodológicas es difícil para grupos en donde se ha reconocido homoplasia, radiaciones adaptativas, entrecrusamiento, ibridización plantear un panorama claro y datar los eventos de divergencia, y plantearse buenos mecanismos experimentales.
Inferring phylogeny and introgression using RADseq DAta an example from flowering plants (Pedicularis: Orobanchaceae)
La capacidad de reconstruir la filogenia de las especies a partir de los árboles de genes está limitada por el sorteo incompleto de linajes, la transferencia horizontal de genes y la baja señal filogenética de los marcadores. Para los organismos no modelo la problemática es mayor porque tienen tiempos de divergencia recientes, y los genes ortólogos que están registrados no presentan suficiente variación que permita discriminar entre grupos muy cercanos. Debido a lo anterior, la secuenciación de siguiente generación permite una mayor cantidad de muestras e incluso conocer el genoma completo para hacer las comparaciones. La secuenciación de DNA asociada a los sitos de restricción (RADseq) permite que las regiones que están adyacentes a los sitios donde actúan los sitios de restricción sean muestreados. Los datos de RADseq generan conjunto de datos de tamaño corto de un gran número de loci, por lo que son útiles para los estudios de sistemática de linajes muy cercanos, porque tienen el potencial de detectar introgresión actual o histórica. En el artículo, los autores utilizan esta aproximación para resolver las relaciones filogenéticas de la planta Pedicularis.
Los datos obtenidos permitieron analizar 40000 loci con 60000 sitios potencialmente informativos. Además, con el estadístico D es posible inferir la introgresión. Al identificar la señal de introgresión, fue retirada del análisis filogenético lo que generó una topología distinta para P. thamnophilia. Esto significa que la primera hipótesis de parafilia es rechazada. En conjunto, la proximidad geográfica entre las especies es fundamental para calcular la relación entre el nivel de introgresión y la filogenia. Para el caso de P. rex subsp. rockii, el aislamiento geográfico es evidente al compararlo con el clado rex-thamnophila. Pero, los estadísticos de introgresión señalan que los rangos de distribución de ambos grupos estaban mezclados. También, al no tener introgresión de las otras subespecies de rex, es posible inferir que éstas divergieron después de que ocurriera el aislamiento geográfico.
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