Se tomaron muestras de drenaje ácido de mina de tres sitios (DBS, FK, YFS-P) dentro de la provincia de Guangdong, China. Todos los sitios se caracterizaron por valores muy bajos de pH y carbono orgánico y concentraciones altas de sulfato, hierro y metales pesados; sin embargo cada uno presentó ciertas características fisicoquímicas únicas. Se obtuvieron…
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Los autores probaron la hipótesis de que la sequía tiene un efecto limitante en la diversidad taxonómica de las comunidades bacterianas asociadas a los compartimentos rizosféricos de plantas que crecen en climas semiáridos. Para ello, Taketani y compañía analizaron las rizosferas de dos plantas: Mimosa tenuiflora y Piptadenia stipulacea en cinco sitios del noreste de…
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En este trabajo, Epelde y compañía obtuvieron los metatranscriptomas de suelo de tres sitios (concentración baja, media y alta de metales pesados, respectivamente) en una mina abandonada de plomo y zinc en el norte de España. Esta técnica permite observar tanto el rRNA como el mRNA de una muestra en un momento determinado, lo cual…
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En esta entrega del experimento de evolución a largo plazo, se reportan las tendencias de genómica evolutiva de 12 poblaciones de Escherichia coli creciendo en un medio homogéneo. Los autores investigaron qué fracción de mutaciones nuevas presentes en un linaje son benéficas, para ello secuenciaron el genoma de dos clonas de todas las poblaciones cada…
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Los autores sostienen que un genoma con un código genético modificado se encuentra aislado genéticamente ya que el DNA obtenido a partir de otros genomas, plásmidos o virus sería transcrito de manera errónea. Este aislamiento podría resultar conveniente ya que un organismo con este genoma se volverá insensible a la transferencia horizontal de genes y…
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Se evaluó la actividad transcripcional de la arquea termoacidófila Metallosphaera sedula ante la exposición abrupta a concentraciones inhibitorias y no inhibitorias de cobalto, niquel, cobre, zinc y uranio; para ello se generó un microarreglo ad hoc que contenía sondas para todos los posibles marcos de lectura abiertos (ORFs) identificados en su genoma. Wheaton y compañia…
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Se analizaron 40 muestras con características ambientales contrastantes de drenaje ácido de minas provenientes del sureste de China. Se describió la diversidad taxonómica a partir de la secuenciación de amplicones de 16S y se obtuvieron perfiles funcionales utilizando arreglos GeoChip 4.0. Los autores encontraron que el pH y la abundancia relativa de algunos linajes microbianos…
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Bruto y compañia analizaron la frecuencia de 23 genes relacionados con actividad promotora del crecimiento vegetal (PCV) como fijación de nitrógeno, producción de auxinas, solubilización de fosfatos, entre otros. Buscaron estos genes en genomas de Proteobacterias clasificadas con base en su contexto ecológico (bacterias endosimbiontes, saprofitas, fitopatógenas y patogenas de animales), el análisis incluyó 304…
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Biggs y Papin proponen un algoritmo para reconstruir genomas a partir de secuencias metagenómicas tomando como base un índice de conectividad metabólica. Este índice describe la conectividad de cierta reacción con respecto a una ruta metabólica (asiganada a un contig de cierto organismo) y se calcula para todas las rutas metabólicas disponibles para una reacción…
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La biolixiviación es un proceso llevado a cabo generalmente por bacterias autótrofas que no forman biofilms, por ejemplo Acidithiobacillus sp B12. Aunque se sabe que estas bacterias coexisten con heterótrofas que sí forman biofilms, los efectos que genera la coexistencia de ambos grupos no están claros. Jeremic y compañía abordaron este problema con un experimento…
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Se seleccionó una bacteria aislada de un jal minero en Xinjiang, China y se analizó su capacidad de biomineralizar cobre, plomo y cadmio en sustrato de jal. Se detectó un aumento en el pH y actividad de la enzima ureasa, procesos que podrían inducir la precipitación de metales pesados, ya que la ureasa es una…
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Dado que los métodos heurísticos de agrupamiento de secuencias homólogas sobreestiman el número de relaciones de homología, los autores proponen una estrategia para filtrar alineamientos múltiples de secuencias de aminoácidos putativamente homólogas. Se generó un set de datos de alineamientos etiquetados como “homólogos” y “no homólogos” y a cada uno de estos se les tomaron…
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En esta investigación se evaluó el efecto de la actividad oxidadora de hierro y manganeso llevada a cabo por bacterias en la absorción de asufre y cadmio en diversos tejidos de la planta Oryza sativa. Algunos trabajos anteriores habían descrito la formación de placas de Fe y Mn producidas por la oxidación microbiana de Fe(II)…
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En este estudio se caracterizó y midió la diversidad de comunidades microbianas presentes en hojas de dos especies del género Populus, a los días 6, 14 y 28, tras iniciarse la descomposición en una corriente de agua primaria. Se evaluaron varios factores que podrían modificar la diversidad microbiana; algunos de ellos dependientes de las especies…
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Este modelo, propuesto por Borozan, Watt y Ferreti, integra la información que aporta cada una de una serie de medidas de similitud de secuencias; algunas de ellas dependientes de alineamiento y otras independientes de alineamiento. Dado que algunas medidas son más informativas según las secuencias que se están analizando, este modelo pondera cada medida según…
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