En este articulo los autores se preguntaron cómo la microbiota de raíz está estructurada a lo largo del ciclo de vida del arroz y si los cambios temporales son consistentes entre diferentes ubicaciones geográficas. Para resolver esto tomaron 1550 muestras de rizosfera, rizoplano y endosfera procedentes de plantas de arroz en dos localidades distintas (California…
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El desarrollo de la secuenciación de DNA de alto rendimiento ha permitido recuperar genomas a partir de secuencias de muestras ambientales. Un paso clave en este proceso es clasificar las secuencias en unidades discretas, llamadas cajones (bin en inglés), para ello se utiliza la información de composición de tetranucleótidos y la cobertura de las secuencias…
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El famoso calamar Euprymna scolopes forma una relación simbiótica con Vibrio fischeri, responsable de la bioluminiscencia del animal. Diferentes cepas de esta bacteria han sido aisladas de las criptas en el órgano luminoso del cefalópodo, las cuales son colonizadas inmediatamente después de la eclosión de los huevos por poros que permiten la entrada de una…
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La variación de la disponibilidad de hierro en el ambiente provoca que las células bacterianas tengan que implementar un control complejo sobre los mecanismos involucrados en la homeostasis del hierro. En bacterias, el regulador de consumo del hierro Fur es el principal factor de transcripción que controla la homeostasis del hierro; sin embargo, los detalles…
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El orden Rhizobiales constituye una parte importante del microbiomas núcleo de la raíz de varias especies de plantas, el cual cuenta con especies fijadoras de nitrógeno y promotoras del crecimiento vegetal. Para el estudio del taxa, los autores del trabajo sembraron plantas de Arabidopsis thaliana en suelo, de las cuales obtuvieron la porción de rizósfera,…
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Ya hace más de 10 años se hizo un primer intento de hacer una filogenia de bacterias utilizando información de genomas completos, esto con el bemol de que al usar la información de los genomas completos siempre se termina comparando los genes ortólogos compartidos absolutamente por todos los organismos a comparar. Esta publicación fue la…
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La transformación natural en bacterias, es un mecanismo de transferencia horizontal de genes. Se ha sugerido que el pili es una estructura que, entre otras funciones, une DNA extracelular y lo transloca activamente a través de la membrana. Por otro lado, un modelo alternativo propone que el pili actúa como “guardian” para abrir un poro…
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El género Caulobacter ha sido históricamente aislado de ambientes acuáticos y por ende descrito como un microorganismo con un estilo de vida oligotrófico. En este trabajo, Willhelm realiza un meta análisis de estudios donde se caracterizan microbiomas por medio de bibliotecas de amplicones del gen rRNA 16S y también metagenomas completos. El objetivo del estudio…
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Se sabe que el efecto de los metales sobre la homeostasis celular depende mucho de la dosis a la que las células han sido expuestas y de los mecanismos que regulan su interacción, los cuales pueden variar de un organismo a otro. Como caso particular, la exposición a compuestos metálicos altera la diversidad y…
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Una de las cuestiones más importantes en el análisis de datos metagenómicos es la inferencia de la composición de la comunidad microbiana, es decir las abundancias relativas de los organismos muestreados. Tradicionalmente, este se lleva a cabo alineando las lecturas o contigs con secuencias genómicas o de proteínas en bases de datos. Sin embargo, con…
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En el estudio de la restauración ecosistémica, poco se sabe de la diversidad de diversidad de los microorganismos del suelo y su impacto en el ciclaje de nutrientes desde un punto de vista vertical, es decir que considere la profundidad del suelo. Con esa pregunta en mente, los investigadores del presente estudio, analizaron la diversidad…
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Los tardígrados, también conocidos como osos de agua, son metazoarios famosos por su capacidad de sobrevivir la desecación y la congelación. A pesar de ser objeto de estudio para mecanismos moleculares, poco se sabe a cerca de los microorganismos que habitan a este animal. En este estudio, los autores se preguntaron (entre…
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Al ser el hierro el cuarto elemento más abundante de la corteza terrestre, no es de extrañarse que sea fundamental en el mantenimiento de las comunidades bacterianas del suelo y de ambientes sedimentarios; en otras palabras, el hierro representa un requerimiento fisiológico para la vida. Desde la Tierra primitiva, el hierro fue relevante en la…
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En este trabajo, se analizó la microbiota asociada a la raíz del frijol común de dos cultivares distintos, que difieren en su capacidad para resistir la invasión del hongo patógeno Fusarium oxysporum, con una variedad considerada como “susceptible” y la otra como “resistente”. Para abordar el problema utilizaron un enfoque metatranscriptómico, el cual les permitió…
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El suelo es un sistema complicado que puede presentar una amplia gama de condiciones contrastantes, como aireación, disponibilidad de nutrientes y pH, por lo tanto es una de los ambientes con mayor diversidad microbiológica conocidos. Los dos grandes grupos de microorganismos que habitan el suelo son los hongos y las bacterias, que además de lidiar…
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