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Tn-seq se basa en la construcción de una biblioteca saturada con inserciones de transpones. Después de la selección de biblioteca (sometiendo a los mutantes a una condición determinada) los cambios en la frecuencia de inserción de cada mutante se determinan al secuenciar en masse de las regiones flanco de las inserciones. Estos cambios en la…
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El estrés salino afecta gran parte de la superficie cultivada, se sabe que las plantas pueden tolerarlo por diferentes mecanismos como detoxificacion, regulación hormonal o síntesis de osmoprotectores. La presencia de bacterias promotoras de crecimiento vegetal genera cambios que pueden mejorar la tolerancia estrés abiótico (Tolerancia Sistémica Inducida). En este trabajo analizan los mecanismos por…
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Tracoma es la principal infección que provoca ceguera en humanos y es causada por Chlamydia trachomatis. Se tiene evidencia de que otras bacterias son causantes de signos clínicos de tracoma de manera independiente a la infección por C. trachomatis. En Gambia, se realizó la caracterización del microbioma ocular (conjuntiva), mediante 16S rRNA, a 220 residentes.…
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Se seleccionó una bacteria aislada de un jal minero en Xinjiang, China y se analizó su capacidad de biomineralizar cobre, plomo y cadmio en sustrato de jal. Se detectó un aumento en el pH y actividad de la enzima ureasa, procesos que podrían inducir la precipitación de metales pesados, ya que la ureasa es una…
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En este trabajo se utilizan medidas de cobertura de secuenciación metagenómica y la cobertura de los mismos como proxy para estimar el crecimiento poblacional. Bajo el supuesto de que el DNA cercano al origen de replicación se encuentra en mayor proporción en poblaciones que se encuentran dividiéndose activamente. Bibliografía: 1. Korem T, Zeevi D, Suez…
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La actividad de bacterias y nematodos en la rizósfera afecta las condiciones de nutrientes y el desarrollo de las raíces de las plantas, en este trabajo analizan la actividad de diferentes nematodos ( Cephalobus sp. y C. elegans) y bacterias productoras (Burkholderia sp. y Pseudomonas sp.) y no productoras (E. coli) de de IAA para…
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Partiendo del hecho de que los microorganismos desempeñan un papel importante en la salud y el comportamiento de los hospederos, se hicieron simulaciones computacionales para estudiar la influencia del microbioma en el hospedero, a partir de un modelo de tres módulos. El primer módulo corresponde a una población de E. coli con un interruptor genético…
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Con la finalidad de estudiar las diferencias producidas a nivel de microbioma debidas a la diversificación de los homínidos, se estudarion los microbiomas intestinales de humanos, chimpancés, bonobos y gorilas. Como resultado, se observó que ciertos grupos bacterianos tienen una abundancia diferencial en relación con su ubicación filogenética; que existe una relación entre el tiempo…
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En la actualidad, se sugieren diversos mecanismos para la supervivencia de procariontes en condiciones extremas, en particular en altas concentraciones de sal. En este artículo, se realizó un análisis comparativo de genomas y proteomas de procariontes halófilos y no halófilos, para identificar las características específicas que les permiten sobrevivir en ambientes con alta concentración de…
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Dado que los métodos heurísticos de agrupamiento de secuencias homólogas sobreestiman el número de relaciones de homología, los autores proponen una estrategia para filtrar alineamientos múltiples de secuencias de aminoácidos putativamente homólogas. Se generó un set de datos de alineamientos etiquetados como “homólogos” y “no homólogos” y a cada uno de estos se les tomaron…
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En esta investigación se evaluó el efecto de la actividad oxidadora de hierro y manganeso llevada a cabo por bacterias en la absorción de asufre y cadmio en diversos tejidos de la planta Oryza sativa. Algunos trabajos anteriores habían descrito la formación de placas de Fe y Mn producidas por la oxidación microbiana de Fe(II)…
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